106 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0159 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009439  Pmen_0159  endonuclease/exonuclease/phosphatase  100 
 
 		 290 aa  590  1e-167  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.171713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_72430  hypothetical protein  82.48 
 
 		 292 aa  457  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0267  endonuclease/exonuclease/phosphatase  77.82 
 
 		 291 aa  441  1e-123  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0128  endonuclease/exonuclease/phosphatase  76.95 
 
 		 284 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.503703  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0145  endonuclease/exonuclease/phosphatase  76.95 
 
 		 284 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.883526  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5100  endonuclease/exonuclease/phosphatase  78.01 
 
 		 284 aa  439  9.999999999999999e-123  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.0779207 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0340  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  76.41 
 
 		 291 aa  437  1e-121  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0051  endonuclease/exonuclease/phosphatase  74.39 
 
 		 292 aa  431  1e-120  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.171004 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6287  hypothetical protein  82.42 
 
 		 274 aa  432  1e-120  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0143  endonuclease/exonuclease/phosphatase  76.24 
 
 		 284 aa  433  1e-120  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01980  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  76.14 
 
 		 286 aa  428  1e-119  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.496471  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3567  endonuclease/exonuclease/phosphatase  57.43 
 
 		 286 aa  300  2e-80  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.202667  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2849  endonuclease/exonuclease/phosphatase  54.96 
 
 		 276 aa  276  4e-73  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.942011  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3119  endonuclease/exonuclease/phosphatase  56.25 
 
 		 271 aa  270  2e-71  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.635423  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2393  endonuclease/exonuclease/phosphatase  50.4 
 
 		 277 aa  251  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2639  endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.38 
 
 		 288 aa  236  5.0000000000000005e-61  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2601  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  46.4 
 
 		 282 aa  225  8e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.792599  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0035  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  49.39 
 
 		 290 aa  224  1e-57  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.742577  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0093  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  46.72 
 
 		 294 aa  221  9e-57  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04435  endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.44 
 
 		 255 aa  206  5e-52  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3406  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  44.26 
 
 		 245 aa  201  8e-51  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.325788  normal  0.617389 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0694  endonuclease/exonuclease/phosphatase  41.53 
 
 		 256 aa  194  2e-48  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.4725  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2166  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.89 
 
 		 286 aa  188  8e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0781  hypothetical protein  40.73 
 
 		 256 aa  187  2e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0649  endonuclease/exonuclease/phosphatase family protein  40.41 
 
 		 250 aa  178  8e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.441021  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0800  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  40.08 
 
 		 258 aa  178  9e-44  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.179814  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1193  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.49 
 
 		 244 aa  83.6  0.000000000000003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1010  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  35.55 
 
 		 261 aa  70.5  0.00000000003  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4697  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.36 
 
 		 328 aa  69.7  0.00000000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5127  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.21 
 
 		 242 aa  69.7  0.00000000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.336729  normal  0.0539363 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4328  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.57 
 
 		 328 aa  69.3  0.00000000007  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.215897  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2555  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.82 
 
 		 257 aa  67  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.337597  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_21370  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.72 
 
 		 281 aa  65.1  0.000000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0692  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.26 
 
 		 245 aa  64.7  0.000000002  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.221154  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5423  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.18 
 
 		 242 aa  64.7  0.000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.313531  hitchhiker  0.0062358 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4845  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.01 
 
 		 283 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.346949  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2799  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.52 
 
 		 244 aa  61.6  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4045  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.55 
 
 		 242 aa  61.6  0.00000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0900  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.89 
 
 		 257 aa  62  0.00000001  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.987325  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2865  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.22 
 
 		 261 aa  62  0.00000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2772  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.22 
 
 		 261 aa  61.6  0.00000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.472556  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4022  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.86 
 
 		 271 aa  60.8  0.00000002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2329  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.3 
 
 		 248 aa  60.1  0.00000004  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.000636938  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2679  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.8 
 
 		 282 aa  59.3  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3513  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.29 
 
 		 236 aa  58.2  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00703913  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1188  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.39 
 
 		 837 aa  57.4  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5005  hypothetical protein  26.39 
 
 		 245 aa  56.6  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0791  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.74 
 
 		 808 aa  56.2  0.0000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.548418  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0607  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.5 
 
 		 253 aa  55.8  0.0000008  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4976  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.07 
 
 		 266 aa  55.1  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000483065 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1916  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.74 
 
 		 230 aa  55.1  0.000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0014  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.91 
 
 		 277 aa  53.9  0.000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.241981 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0383  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.39 
 
 		 266 aa  53.5  0.000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1343  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.61 
 
 		 279 aa  53.5  0.000004  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.591358  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3786  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.64 
 
 		 269 aa  53.1  0.000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1524  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.88 
 
 		 228 aa  52  0.00001  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0239  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.25 
 
 		 258 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.577245  normal  0.289646 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0877  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.37 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.23458  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1327  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.89 
 
 		 245 aa  51.6  0.00001  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.51669  hitchhiker  0.00270426 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0806  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.37 
 
 		 255 aa  52  0.00001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.636912  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2849  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.14 
 
 		 644 aa  52  0.00001  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  hitchhiker  0.00190481  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_24830  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.96 
 
 		 276 aa  51.6  0.00002  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.669671  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2988  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.12 
 
 		 282 aa  50.8  0.00003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.685317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2727  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.76 
 
 		 246 aa  50.1  0.00005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.216689  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0026  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.36 
 
 		 267 aa  49.7  0.00006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5732  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.14 
 
 		 300 aa  49.7  0.00006  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.673881  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2670  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.63 
 
 		 260 aa  49.3  0.00008  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.246537  normal  0.0515035 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3253  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.18 
 
 		 253 aa  48.9  0.00009  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.378001  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4298  endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.74 
 
 		 259 aa  48.5  0.0001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3204  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.85 
 
 		 259 aa  47.8  0.0002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01462  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.47 
 
 		 233 aa  47.8  0.0002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2394  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.58 
 
 		 240 aa  47.4  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0672115  normal  0.448912 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1514  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.45 
 
 		 246 aa  47.4  0.0003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.126297 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2394  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.17 
 
 		 243 aa  47.4  0.0003  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2702  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.1 
 
 		 265 aa  47  0.0004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1034  hypothetical protein  33.33 
 
 		 232 aa  46.2  0.0006  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3358  endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.69 
 
 		 298 aa  46.2  0.0006  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2527  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.11 
 
 		 576 aa  45.8  0.0008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0808  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  33.33 
 
 		 257 aa  45.8  0.0008  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.555445  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4337  putative metal-dependent hydrolase  27.13 
 
 		 265 aa  45.4  0.001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0870  endonuclease/exonuclease/phosphatase  29.02 
 
 		 287 aa  45.4  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.282627  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2520  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.73 
 
 		 232 aa  45.8  0.001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0040  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.91 
 
 		 329 aa  45.4  0.001  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0048  hypothetical protein  31.98 
 
 		 256 aa  44.7  0.002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  hitchhiker  0.00965819  normal  0.1661 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0420  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.39 
 
 		 236 aa  44.7  0.002  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5307  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  24.79 
 
 		 244 aa  44.3  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0080  hypothetical protein  28.09 
 
 		 302 aa  43.9  0.003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_36680  hypothetical protein  33.33 
 
 		 245 aa  43.9  0.003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.21271  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4059  endonuclease/exonuclease/phosphatase  31.08 
 
 		 260 aa  43.9  0.003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.67832 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0384  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.36 
 
 		 265 aa  43.9  0.003  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5036  aminoacyl-tRNA hydrolase  31.22 
 
 		 265 aa  43.5  0.004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185176 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0510  hypothetical protein  24.41 
 
 		 257 aa  43.1  0.005  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1391  endonuclease/exonuclease/phosphatase  32.23 
 
 		 250 aa  43.1  0.005  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0102  endonuclease/exonuclease/phosphatase  25.58 
 
 		 265 aa  43.1  0.006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2528  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  26.07 
 
 		 312 aa  43.1  0.006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.772852  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_0962  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.07 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_0980  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.07 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.28333  normal  0.0626393 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0990  endonuclease/exonuclease/phosphatase  28.07 
 
 		 255 aa  42.7  0.007  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5408  Endonuclease/exonuclease/phosphatase  27.24 
 
 		 634 aa  42.7  0.007  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.521256  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3724  endonuclease/exonuclease/phosphatase  30.28 
 
 		 279 aa  42.4  0.008  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.236792  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>