More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_R0065 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014148  Plim_R0065  tRNA-Met  100 
 
 		 74 bp  147  4.0000000000000006e-34  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.427858  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_R0025  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.279282  normal  0.0688605 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_R0058  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0349408  decreased coverage  0.0094622 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0048  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.459863  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0054  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0060  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0039  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_R0049  tRNA-Met  93.06 
 
 		 77 bp  103  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0059  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6553  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4581  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_R0026  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0023  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t31  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR_t36  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.811288  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRAt12  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_R0013  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.0374183  normal  0.419184 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_R0015  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0030  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.197541  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4307  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4351  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4356  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4553  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0035  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_R0067  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0009  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0023  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_AR0041  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_R0042  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.101529  hitchhiker  0.00000213655 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0061  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.464968  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0024  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0037  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0010  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.201616  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_R0046  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_6556  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_R0015  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.74865  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0007  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0038  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.21039  normal  0.321257 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_R0026  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_19530  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.241373  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0044  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.801756  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_R0059  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.644136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0263  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1081  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.599791  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_R0047  tRNA-Met  91.67 
 
 		 74 bp  95.6  1e-18  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00182581 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0059  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0007  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.737492  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0055  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0062  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0068  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.368098  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0041  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.485765 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0053  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.668184 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0060  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.514034  normal  1 
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0068  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1016  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1580  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1788  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0993553  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0036  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0683362 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_R0045  tRNA-Met  91.67 
 
 		 77 bp  95.6  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_R0022  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_13960  tRNA-Met  91.55 
 
 		 77 bp  93.7  5e-18  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0056  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.603033 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0016  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0016  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0024  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00230769 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0023  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_6011  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.991195 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0008  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0039  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0037  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.0416385 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0051  tRNA-Met  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0345876 
 
 
-
 
NC_010511  M446_R0046  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.342079 
 
 
-
 
NC_006368  lppt41  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lplt41  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_R0012  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.212092  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_R0021    92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.24709  hitchhiker  0.00028661 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_R0058  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.547375 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_R0079  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_R0046  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_R0046  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_R0056  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_R0027  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_R0057  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.492622  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_R0019  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_R0069  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  hitchhiker  0.00149713  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_R0043  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.343772 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_R0018  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.317768 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0017  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.194904  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_R0029  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.159006  normal  0.829895 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0048  tRNA-Met  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_R0049  tRNA-Met  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_R0050  tRNA-Met  90.28 
 
 		 74 bp  87.7  3e-16  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.0359841 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_R0037  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.110584 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0031  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_R0043  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_tRNA11  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.113777  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0026  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_R0045  tRNA-Met  92.19 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0042  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_R0035  tRNA-Met  90.28 
 
 		 77 bp  87.7  3e-16  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  unclonable  1.84698e-16  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>