More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_4272 on replicon NC_014149
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_014149  Plim_4272  integrase family protein  100 
 
 		 283 aa  572  1.0000000000000001e-162  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0641822  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1282  tyrosine recombinase XerD  28.33 
 
 		 295 aa  75.1  0.000000000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.63418  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4583  tyrosine recombinase XerD  30.4 
 
 		 317 aa  73.9  0.000000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.422443 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1099  tyrosine recombinase XerD  27.18 
 
 		 296 aa  70.5  0.00000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2257  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.33 
 
 		 299 aa  67  0.0000000003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.977256  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3122  phage integrase family protein  33.15 
 
 		 393 aa  67.4  0.0000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0817  tyrosine recombinase XerD  27.67 
 
 		 305 aa  67  0.0000000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.763193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1906  integrase family protein  29.22 
 
 		 295 aa  65.5  0.0000000009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.713326  normal  0.217947 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_0722  phage integrase family protein  28.71 
 
 		 306 aa  64.7  0.000000001  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  1  normal  0.0599364 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2451  putative integrase/recombinase  32.26 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000001  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.133057  normal  0.202092 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1202  tyrosine recombinase XerC  26.19 
 
 		 304 aa  65.1  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.910177  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1297  phage integrase family protein  22.01 
 
 		 295 aa  65.1  0.000000001  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1300  tyrosine recombinase XerD subunit  26.27 
 
 		 297 aa  65.1  0.000000001  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3090  tyrosine recombinase XerD  28.02 
 
 		 320 aa  65.1  0.000000001  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0106  phage integrase family protein  26.24 
 
 		 295 aa  64.3  0.000000002  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3700  integrase family protein  32.96 
 
 		 295 aa  63.5  0.000000004  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0367  site-specific tyrosine recombinase XerD  29.65 
 
 		 298 aa  63.2  0.000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6131  integrase family protein  27.1 
 
 		 305 aa  63.2  0.000000005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4158  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.37 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.44443  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0235  Integrase  26.67 
 
 		 308 aa  63.2  0.000000005  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.386202  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1132  phage integrase family site specific recombinase  31.22 
 
 		 352 aa  63.2  0.000000005  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0574  integrase family protein  22.01 
 
 		 295 aa  63.2  0.000000005  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4222  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.37 
 
 		 296 aa  63.2  0.000000005  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00160259  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1750  tyrosine recombinase XerD  29.6 
 
 		 294 aa  63.2  0.000000005  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4113  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.00015e-24 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3999  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.189801  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3830  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1513  site-specific recombinase  29.49 
 
 		 295 aa  62.8  0.000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.110584  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4311  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.789664  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1038  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00331502  normal  0.0102802 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1322  integrase family protein  32.69 
 
 		 329 aa  62.8  0.000000007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.86275  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4199  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.8  0.000000007  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00345142  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3920  site-specific tyrosine recombinase XerD  25.37 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000007  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  decreased coverage  0.00000317777  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3846  site-specific tyrosine recombinase XerD  27.19 
 
 		 296 aa  62.4  0.000000008  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0256715  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0396  tyrosine recombinase XerD  26.09 
 
 		 309 aa  62  0.00000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1185  tyrosine recombinase XerD  24.56 
 
 		 315 aa  62  0.00000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0531401  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4429  tyrosine recombinase XerD  28.62 
 
 		 301 aa  61.6  0.00000001  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.0676058  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05531  site-specific tyrosine recombinase XerC  32.04 
 
 		 347 aa  60.8  0.00000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0159  integrase family protein  26.46 
 
 		 295 aa  60.8  0.00000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0623  site-specific recombinase  34.01 
 
 		 332 aa  60.5  0.00000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2276  tyrosine recombinase XerD  29.95 
 
 		 301 aa  60.5  0.00000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.235275  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1703  phage integrase  29.75 
 
 		 285 aa  60.5  0.00000003  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0519  phage integrase family protein  28.14 
 
 		 300 aa  60.5  0.00000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.24612  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1003  tyrosine recombinase XerD subunit  27.27 
 
 		 302 aa  60.5  0.00000003  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.497558  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2544  tyrosine recombinase XerC  25.93 
 
 		 318 aa  60.5  0.00000004  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.774585  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1501  tyrosine recombinase XerD subunit  26.67 
 
 		 295 aa  60.1  0.00000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0063  tyrosine recombinase XerC  25.58 
 
 		 304 aa  60.1  0.00000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0322  phage integrase family protein  23.9 
 
 		 379 aa  59.7  0.00000005  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  decreased coverage  0.00211784  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0067  phage integrase family protein  29.38 
 
 		 328 aa  59.7  0.00000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.183253 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5294  integrase family protein  30.82 
 
 		 268 aa  59.7  0.00000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_0758  phage integrase family protein  31.21 
 
 		 304 aa  59.3  0.00000007  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  decreased coverage  0.000222973  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3201  integrase family protein  27.33 
 
 		 351 aa  58.9  0.00000008  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.689071 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1991  metallo-beta-lactamase family protein  31.53 
 
 		 353 aa  59.3  0.00000008  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2788  site-specific tyrosine recombinase XerD  23.88 
 
 		 296 aa  58.9  0.00000009  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.000777667  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1585  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1554  tyrosine recombinase XerD  28.21 
 
 		 295 aa  58.9  0.00000009  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_1634  phage integrase family protein  29.88 
 
 		 322 aa  58.9  0.00000009  Methanococcus vannielii SB  Archaea  hitchhiker  0.00686439  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4012  tyrosine recombinase XerC  24.83 
 
 		 294 aa  58.9  0.00000009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00152232  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2881  tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 		 343 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.312354  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2695  tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 		 342 aa  58.5  0.0000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.400065  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1821  integrase family protein  25.61 
 
 		 307 aa  58.5  0.0000001  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0364742  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0198  tyrosine recombinase XerC subunit  23.38 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0021573 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1786  tyrosine recombinase XerD  26.64 
 
 		 291 aa  58.5  0.0000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.0596225  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2788  tyrosine recombinase XerC  31.88 
 
 		 343 aa  58.9  0.0000001  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0114244  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2821  tyrosine recombinase XerD  26.85 
 
 		 313 aa  58.5  0.0000001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.346068  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0634  phage integrase family protein  34.16 
 
 		 321 aa  57.8  0.0000002  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.650036  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1060  tyrosine recombinase XerD  27.15 
 
 		 295 aa  57.8  0.0000002  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.17947  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0660  integrase family protein  28.16 
 
 		 284 aa  57.8  0.0000002  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1668  tyrosine recombinase XerD subunit  25.22 
 
 		 295 aa  58.2  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.179488  normal  0.0195248 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1633  phage integrase  26.92 
 
 		 362 aa  57.4  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0727  tyrosine recombinase XerD  28.31 
 
 		 304 aa  57.4  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.689003 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1179  integrase family protein  32.61 
 
 		 387 aa  57.8  0.0000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.208584 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3300  tyrosine recombinase XerD  27.05 
 
 		 299 aa  57.8  0.0000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0843  phage integrase family site specific recombinase  28.65 
 
 		 354 aa  58.2  0.0000002  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  hitchhiker  0.00824905  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3738  hypothetical protein  27.61 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00203  tyrosine recombinase  25 
 
 		 306 aa  57  0.0000003  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1209  phage integrase family site specific recombinase  27.59 
 
 		 305 aa  57.4  0.0000003  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.764611  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0861  integrase/recombinase XerC  29.91 
 
 		 304 aa  57  0.0000003  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2544  site-specific tyrosine recombinase XerD  30.56 
 
 		 308 aa  57.4  0.0000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3654  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 301 aa  57  0.0000003  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000489449  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1001  integrase family protein  31.33 
 
 		 333 aa  57  0.0000003  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2497  integrase family protein  29.83 
 
 		 308 aa  57  0.0000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0341  tyrosine recombinase XerC  30.38 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.000100724  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1082  integrase family protein  27.03 
 
 		 290 aa  56.6  0.0000004  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3682  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.245295  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3572  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00000000685052  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3590  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0796955  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0736  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.93 
 
 		 294 aa  56.6  0.0000004  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3969  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  56.6  0.0000004  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00000391393  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0060  phage integrase family protein  32.92 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.106477  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3843  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.8 
 
 		 299 aa  57  0.0000004  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    unclonable  4.27577e-62 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1842  integrase family protein  32.92 
 
 		 340 aa  57  0.0000004  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  hitchhiker  0.00549349  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11988  putative tyrosine recombinase  30.41 
 
 		 298 aa  56.6  0.0000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0825  site-specific tyrosine recombinase XerC  29.93 
 
 		 277 aa  56.6  0.0000005  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0104756  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0735  integrase/recombinase  31.03 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000005  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  decreased coverage  0.000138239  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2854  integrase family protein  26.78 
 
 		 351 aa  56.2  0.0000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.820272 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0431  phage integrase  26.6 
 
 		 291 aa  56.2  0.0000005  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  1  normal  0.173073 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3066  integrase family protein  27.65 
 
 		 390 aa  56.6  0.0000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0221886  normal  0.652565 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0135  integrase family protein  29.27 
 
 		 322 aa  56.2  0.0000006  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0689406  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1751  tyrosine recombinase XerD  24.68 
 
 		 294 aa  56.2  0.0000006  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>