29 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_2279 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_2279  ribosomal protein L28  100 
 
 
86 aa  173  8e-43  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2250  ribosomal protein L28  46.38 
 
 
71 aa  58.9  0.00000002  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0446551  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_10080  ribosomal protein L28  40.54 
 
 
76 aa  56.2  0.0000001  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  8.81205e-19  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4672  ribosomal protein L28  37.66 
 
 
73 aa  52.8  0.000002  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_3015  ribosomal protein L28  52 
 
 
98 aa  52  0.000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3785  ribosomal protein L28  33.33 
 
 
76 aa  47.4  0.00007  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1833  ribosomal protein L28  36 
 
 
63 aa  46.2  0.0001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.00000322971  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1846  50S ribosomal protein L28  37.5 
 
 
69 aa  46.2  0.0002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3523  ribosomal protein L28  31.94 
 
 
68 aa  44.7  0.0005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.877625  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3105  50S ribosomal protein L28  37.5 
 
 
69 aa  44.3  0.0005  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00824796 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0606  ribosomal protein L28  32.84 
 
 
68 aa  44.3  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00000986051  normal  0.618887 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0072  ribosomal protein L28  34.21 
 
 
64 aa  43.9  0.0007  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  0.0514573  hitchhiker  0.000000000000135012 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0071  ribosomal protein L28  34.67 
 
 
63 aa  43.5  0.0009  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0535  50S ribosomal protein L28  48.94 
 
 
84 aa  43.5  0.001  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0072  ribosomal protein L28  37.97 
 
 
66 aa  43.5  0.001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2056  50S ribosomal protein L28  32.43 
 
 
63 aa  42.7  0.002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  unclonable  0.00000000000851837  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2893  ribosomal protein L28  30.56 
 
 
65 aa  42.4  0.002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.00000000123901  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2425  50S ribosomal protein L28  36.25 
 
 
69 aa  42.7  0.002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00488373  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0757  50S ribosomal protein L28  33.78 
 
 
62 aa  42.7  0.002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.744153  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1289  50S ribosomal protein L28  31.58 
 
 
63 aa  42  0.003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  1.61707e-23  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1088  50S ribosomal protein L28  33.78 
 
 
64 aa  42  0.003  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.0368802  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0627  50S ribosomal protein L28  31.58 
 
 
63 aa  42  0.003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  hitchhiker  0.00471545  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0693  50S ribosomal protein L28  35.06 
 
 
70 aa  41.2  0.004  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  unclonable  0.000000218766  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0669  50S ribosomal protein L28  35.06 
 
 
86 aa  41.6  0.004  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  unclonable  0.0000000000239992  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1384  50S ribosomal protein L28  33.75 
 
 
69 aa  41.2  0.005  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.626686  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0861  50S ribosomal protein L28  33.33 
 
 
63 aa  41.2  0.005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.582934  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2199  ribosomal protein L28  32.43 
 
 
62 aa  40.8  0.007  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000434288  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0863  ribosomal protein L28  31.08 
 
 
62 aa  40.4  0.008  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  unclonable  0.00000000649528  normal  0.761868 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2323  50S ribosomal protein L28  32.89 
 
 
63 aa  40  0.009  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  9.28928e-19  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>