More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1777 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1777  phosphoribosylamine/glycine ligase  100 
 
 
428 aa  870    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2591  phosphoribosylamine--glycine ligase  57.18 
 
 
423 aa  470  1.0000000000000001e-131  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3845  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.88 
 
 
423 aa  454  1.0000000000000001e-126  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000183828  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3457  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.82 
 
 
423 aa  452  1.0000000000000001e-126  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.021302  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2453  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.52 
 
 
424 aa  452  1.0000000000000001e-126  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.386914  normal  0.350843 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3523  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.59 
 
 
423 aa  450  1e-125  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0437232 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0610  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.12 
 
 
423 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00101284  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2231  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.18 
 
 
423 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2904  phosphoribosylamine--glycine ligase  53.65 
 
 
423 aa  442  1e-123  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00000288348  normal  0.785686 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3465  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.88 
 
 
456 aa  438  9.999999999999999e-123  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2361  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.94 
 
 
422 aa  437  1e-121  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0224  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.87 
 
 
428 aa  437  1e-121  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0267401  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2759  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.71 
 
 
424 aa  432  1e-120  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.00000179977  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0434  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.11 
 
 
424 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1753  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.11 
 
 
437 aa  434  1e-120  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.528627  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0228  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.4 
 
 
428 aa  432  1e-120  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0316556  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1427  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.1 
 
 
591 aa  429  1e-119  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0221  phosphoribosylamine/glycine ligase  50.59 
 
 
427 aa  429  1e-119  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.529077 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2342  phosphoribosylamine/glycine ligase  53.76 
 
 
428 aa  429  1e-119  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.51337  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0360  Phosphoribosylamine--glycine ligase  51.87 
 
 
430 aa  428  1e-118  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0266  phosphoribosylamine/glycine ligase  50.7 
 
 
424 aa  426  1e-118  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2988  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.46 
 
 
428 aa  426  1e-118  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3844  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
428 aa  425  1e-118  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000315171  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0909  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.52 
 
 
432 aa  425  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_23090  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.54 
 
 
425 aa  424  1e-117  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.121893  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0292  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.77 
 
 
427 aa  424  1e-117  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00181025  normal  0.0133648 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0735  phosphoribosylamine/glycine ligase  53.49 
 
 
425 aa  424  1e-117  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.525706  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0356  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
428 aa  423  1e-117  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.0104682  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0464  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
428 aa  424  1e-117  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00032027  normal  0.0111484 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3708  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.53 
 
 
428 aa  422  1e-117  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0202463  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0438  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.72 
 
 
430 aa  418  1e-116  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.199076  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1628  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.17 
 
 
425 aa  420  1e-116  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2652  phosphoribosylamine--glycine ligase  50 
 
 
429 aa  421  1e-116  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3862  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.35 
 
 
429 aa  419  1e-116  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.256361  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0361  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.86 
 
 
427 aa  418  9.999999999999999e-116  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.292405  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1722  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.88 
 
 
425 aa  416  9.999999999999999e-116  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1863  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.41 
 
 
442 aa  415  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.466784  hitchhiker  0.0074915 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4453  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.58 
 
 
429 aa  415  9.999999999999999e-116  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0221711  hitchhiker  0.000392069 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5575  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.77 
 
 
429 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03882  phosphoribosylamine-glycine ligase  50.81 
 
 
429 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.000860274  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3988  phosphoribosylamine/glycine ligase  50.46 
 
 
429 aa  412  1e-114  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0361396  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5474  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.35 
 
 
429 aa  414  1e-114  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.13476  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4548  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.81 
 
 
429 aa  414  1e-114  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.00000304372  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4496  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.46 
 
 
429 aa  412  1e-114  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.0000225394  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0707  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.77 
 
 
429 aa  413  1e-114  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_4020  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.81 
 
 
429 aa  414  1e-114  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.0000927217  normal  0.0101467 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3458  phosphoribosylamine--glycine ligase  52.35 
 
 
423 aa  413  1e-114  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1699  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.47 
 
 
427 aa  414  1e-114  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.251383  normal  0.989876 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1969  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.46 
 
 
433 aa  414  1e-114  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.949647 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1140  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.41 
 
 
430 aa  413  1e-114  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03835  hypothetical protein  50.81 
 
 
429 aa  412  1e-114  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.000931477  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4239  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.81 
 
 
429 aa  414  1e-114  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00124381  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_64220  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.77 
 
 
429 aa  413  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.88359  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3451  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.83 
 
 
428 aa  415  1e-114  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.264337  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0264  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.59 
 
 
430 aa  410  1e-113  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.46971  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.07 
 
 
430 aa  410  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.147919  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4506  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.54 
 
 
429 aa  409  1e-113  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.0278032 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.82 
 
 
424 aa  411  1e-113  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4104  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.24 
 
 
427 aa  409  1e-113  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0266  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.72 
 
 
427 aa  409  1e-113  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.000213794  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3467  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
423 aa  409  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0526  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.97 
 
 
419 aa  410  1e-113  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4407  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.83 
 
 
431 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.357121 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4386  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.65 
 
 
429 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.677738 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0215  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.19 
 
 
430 aa  406  1.0000000000000001e-112  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0406099  normal  0.0125796 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002184  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.6 
 
 
429 aa  406  1.0000000000000001e-112  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.25624  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4613  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.83 
 
 
431 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.302277 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1952  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.69 
 
 
427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4419  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.160091  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4582  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.42 
 
 
429 aa  405  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.213422  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3406  phosphoribosylamine--glycine ligase  50 
 
 
432 aa  407  1.0000000000000001e-112  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.586038  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1626  phosphoribosylamine--glycine ligase  46.99 
 
 
432 aa  408  1.0000000000000001e-112  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1353  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.06 
 
 
427 aa  407  1.0000000000000001e-112  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2506  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0612  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.85 
 
 
430 aa  405  1.0000000000000001e-112  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000692344  hitchhiker  0.00000110971 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4508  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.65 
 
 
429 aa  407  1.0000000000000001e-112  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0778373 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1729  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.81 
 
 
430 aa  408  1.0000000000000001e-112  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.576125 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4823  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.6 
 
 
431 aa  403  1e-111  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4867  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.9 
 
 
431 aa  403  1e-111  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2552  phosphoribosylamine--glycine ligase  47.06 
 
 
426 aa  402  1e-111  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0177333  normal 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2323  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.23 
 
 
429 aa  403  1e-111  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.125717  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00211  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.13 
 
 
429 aa  402  1e-111  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0646  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.3 
 
 
436 aa  404  1e-111  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4876  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.6 
 
 
431 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_06880  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.3 
 
 
426 aa  402  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.285428  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1774  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.3 
 
 
428 aa  404  1e-111  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  hitchhiker  0.0000323466  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03941  Phosphoribosylamine-glycine ligase  48.96 
 
 
430 aa  405  1e-111  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4698  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.6 
 
 
430 aa  404  1e-111  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.744432  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0394  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
431 aa  403  1e-111  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3219  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.26 
 
 
429 aa  404  1e-111  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.708681 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0555  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.02 
 
 
431 aa  401  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02964  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.53 
 
 
429 aa  398  9.999999999999999e-111  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2827  phosphoribosylamine--glycine ligase  51.52 
 
 
437 aa  398  9.999999999999999e-111  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000587328  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1704  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.49 
 
 
428 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.382123  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0875  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.53 
 
 
430 aa  400  9.999999999999999e-111  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.712895  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0231  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.12 
 
 
425 aa  399  9.999999999999999e-111  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.595549  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1338  phosphoribosylamine--glycine ligase  50.23 
 
 
430 aa  400  9.999999999999999e-111  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1899  phosphoribosylamine--glycine ligase  48.72 
 
 
428 aa  401  9.999999999999999e-111  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.543102  normal  0.253787 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1392  phosphoribosylamine--glycine ligase  54.03 
 
 
420 aa  400  9.999999999999999e-111  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010085  Nmar_1119  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.88 
 
 
421 aa  398  9.999999999999999e-111  Nitrosopumilus maritimus SCM1  Archaea  n/a    normal  0.624592 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3202  phosphoribosylamine--glycine ligase  49.65 
 
 
426 aa  399  9.999999999999999e-111  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.462795  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>