More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1476 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1476  cobalamin synthesis protein P47K  100 
 
 
408 aa  826    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.709417  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3105  cobalamin synthesis protein, P47K  58.27 
 
 
417 aa  465  9.999999999999999e-131  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.934746  normal  0.32479 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2945  cobalamin synthesis protein P47K  58.52 
 
 
406 aa  461  1e-129  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.879984  hitchhiker  0.0065134 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0608  cobalamin synthesis protein P47K  55.92 
 
 
408 aa  452  1.0000000000000001e-126  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.452974  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0192  cobalamin synthesis protein, P47K  55.58 
 
 
410 aa  443  1e-123  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4936  cobalamin synthesis protein P47K  56.71 
 
 
402 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.753815 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1980  hypothetical protein  54.02 
 
 
402 aa  435  1e-121  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  decreased coverage  0.0097799  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1533  cobalamin synthesis protein P47K  56.19 
 
 
422 aa  436  1e-121  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1446  cobalamin synthesis protein P47K  54.89 
 
 
403 aa  432  1e-120  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.454825  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3034  cobalamin synthesis protein, P47K  56.46 
 
 
423 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0820283  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5332  cobalamin synthesis protein, P47K  56.46 
 
 
423 aa  433  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0316  cobalamin synthesis protein/P47K  55.44 
 
 
423 aa  429  1e-119  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2135  cobalamin synthesis protein P47K  54.31 
 
 
407 aa  430  1e-119  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.847477  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3649  cobalamin synthesis protein P47K  55.19 
 
 
423 aa  426  1e-118  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0493761  normal  0.568925 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1231  cobalamin synthesis protein, P47K  53.9 
 
 
406 aa  426  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.201771 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4536  cobalamin synthesis protein, P47K  54.77 
 
 
401 aa  423  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6337  hypothetical protein  54.91 
 
 
400 aa  422  1e-117  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5655  cobalamin synthesis protein/P47K  54.77 
 
 
401 aa  422  1e-117  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.108679 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1098  cobalamin synthesis protein P47K  55.05 
 
 
397 aa  424  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0118986 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5526  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  54.16 
 
 
403 aa  420  1e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_5075  cobalamin synthesis protein/P47K:cobalamin synthesis protein/P47K  54.27 
 
 
402 aa  419  1e-116  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2626  cobalamin synthesis protein P47K  55.7 
 
 
395 aa  419  1e-116  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.153552  normal  0.53013 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0639  cobalamin synthesis protein P47K  54.2 
 
 
402 aa  418  1e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.000744918  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3017  cobalamin synthesis protein P47K  54.87 
 
 
415 aa  416  9.999999999999999e-116  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.168872  normal  0.358971 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2062  cobalamin synthesis protein P47K  53.03 
 
 
397 aa  416  9.999999999999999e-116  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.410151  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0299  cobalamin synthesis protein, P47K  52.79 
 
 
415 aa  417  9.999999999999999e-116  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.376987  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1815  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  52.27 
 
 
402 aa  414  1e-114  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.22864  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_73010  hypothetical protein  53.9 
 
 
400 aa  412  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  decreased coverage  0.00487394  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5361  CobW/P47K family protein  52.51 
 
 
402 aa  409  1e-113  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_5139  cobalamin synthesis protein P47K  52.76 
 
 
402 aa  408  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.522234 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1720  cobalamin synthesis protein P47K  53.05 
 
 
396 aa  408  1e-113  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  decreased coverage  0.00319553  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3014  cobalamin synthesis protein, P47K  54.61 
 
 
540 aa  410  1e-113  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2614  cobalamin synthesis protein P47K  54.61 
 
 
410 aa  408  1.0000000000000001e-112  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.729102 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0064  cobalamin synthesis protein P47K  52.63 
 
 
436 aa  408  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0054  cobalamin synthesis protein, P47K  52.39 
 
 
436 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5410  cobalamin synthesis protein P47K  52.01 
 
 
401 aa  405  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0589592 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5269  cobalamin synthesis protein, P47K  52.51 
 
 
402 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.55186 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3382  cobalamin synthesis protein P47K  52.08 
 
 
435 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_22980  Cobalamin synthesis protein  53.02 
 
 
401 aa  404  1e-111  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3705  cobalamin synthesis protein P47K  52.32 
 
 
435 aa  403  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0083  cobalamin synthesis protein P47K  51.56 
 
 
437 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3246  cobalamin synthesis protein/P47K  51.56 
 
 
437 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.499544 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0006  cobalamin synthesis protein, P47K  51.8 
 
 
470 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.273813  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0065  cobalamin synthesis protein P47K  51.44 
 
 
433 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0064  cobalamin synthesis protein, P47K  51.8 
 
 
437 aa  400  9.999999999999999e-111  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0045  hypothetical protein  51.98 
 
 
424 aa  397  1e-109  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3630  cobalamin synthesis protein P47K  51.89 
 
 
399 aa  395  1e-109  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.0621429 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03818  nitrile hydratase activator  48.15 
 
 
441 aa  396  1e-109  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2441  cobalamin synthesis protein P47K  48.89 
 
 
416 aa  393  1e-108  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1120  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  51.75 
 
 
400 aa  386  1e-106  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.201392  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A1025  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  51.75 
 
 
400 aa  386  1e-106  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0005  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  50.6 
 
 
519 aa  385  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4503  putative cobalamin synthesis protein/P47K  50.61 
 
 
438 aa  381  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.612828 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2789  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.88 
 
 
446 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0635224  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1091  cobalamin synthesis protein P47K  51.74 
 
 
406 aa  379  1e-104  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2707  cobalamin synthesis protein P47K  50.5 
 
 
405 aa  381  1e-104  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.217107 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2829  cobalamin synthesis protein P47K  51.51 
 
 
406 aa  379  1e-104  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.62152 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0218  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.88 
 
 
446 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2212  cobalamin synthesis protein P47K  50.75 
 
 
423 aa  379  1e-104  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.614725  normal  0.208807 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3520  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.88 
 
 
446 aa  381  1e-104  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0399  cobalamin synthesis protein P47K  47.22 
 
 
441 aa  381  1e-104  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.414566  normal  0.973857 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0080  cobalamin synthesis protein, P47K  49.25 
 
 
404 aa  378  1e-104  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3934  cobalamin synthesis protein P47K  51.34 
 
 
438 aa  379  1e-104  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0005  CobW/P47K family protein  50.12 
 
 
446 aa  381  1e-104  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2934  cobalamin synthesis protein P47K  51.13 
 
 
406 aa  379  1e-104  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00608688 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1893  cobalamin synthesis protein/P47K family protein  49.65 
 
 
446 aa  378  1e-103  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0005  CobW/P47K family protein  49.65 
 
 
446 aa  378  1e-103  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.938262  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6213  cobalamin synthesis protein P47K  50.25 
 
 
403 aa  372  1e-102  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.575624  normal  0.0528203 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1101  cobalamin synthesis protein P47K  45.94 
 
 
442 aa  374  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2203  putative regulatory protein (nitrile hydratase activator like)  50.63 
 
 
401 aa  374  1e-102  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.514388  normal 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1193  hypothetical protein  45.71 
 
 
442 aa  372  1e-102  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.619068  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3393  transposase IS116/IS110/IS902 family protein  49.62 
 
 
399 aa  369  1e-101  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0189919  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0862  cobalamin synthesis protein P47K  50.74 
 
 
406 aa  369  1e-101  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00398183 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4174  cobalamin synthesis protein P47K  48.75 
 
 
401 aa  369  1e-101  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1338  cobalamin synthesis protein, P47K  47.98 
 
 
407 aa  366  1e-100  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0581  cobalamin synthesis protein P47K  46.56 
 
 
394 aa  362  5.0000000000000005e-99  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3566  cobalamin synthesis protein, P47K  47.37 
 
 
399 aa  362  9e-99  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.107446  normal  0.0714729 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2487  putative 47 kDa protein  49.62 
 
 
401 aa  361  1e-98  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0485  cobalamin synthesis protein P47K  46.21 
 
 
400 aa  360  3e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0473  cobalamin synthesis protein, P47K  46.21 
 
 
400 aa  360  3e-98  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6409  cobalamin synthesis protein P47K  48.61 
 
 
410 aa  359  5e-98  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2119  cobalamin synthesis protein P47K  50.26 
 
 
393 aa  358  9e-98  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0323303 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2183  hypothetical protein  48.01 
 
 
404 aa  357  2.9999999999999997e-97  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.233817  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3568  putative cobalamin synthesis protein  45.73 
 
 
395 aa  356  2.9999999999999997e-97  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.490171  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2385  cobalamin synthesis protein P47K  48.5 
 
 
401 aa  356  2.9999999999999997e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2254  cobalamin synthesis protein, P47K  47.88 
 
 
403 aa  356  3.9999999999999996e-97  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2719  cobalamin synthesis protein P47K  47.75 
 
 
401 aa  356  3.9999999999999996e-97  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0234236  normal 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1611  cobalamin synthesis protein  45.77 
 
 
395 aa  354  1e-96  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.661095  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4067  cobalamin synthesis protein, P47K  47.37 
 
 
403 aa  355  1e-96  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1633  cobalamin synthesis protein  45.77 
 
 
527 aa  354  2e-96  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0829989  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_1836  cobalamin synthesis protein, putative  45.48 
 
 
395 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.196672  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1760  cobalamin synthesis protein  45.77 
 
 
395 aa  352  5.9999999999999994e-96  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_1810  putative cobalamin synthesis protein  45.52 
 
 
395 aa  352  8e-96  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1584  cobalamin synthesis protein  45.77 
 
 
395 aa  352  8.999999999999999e-96  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0280902  n/a   
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6411  cobalamin synthesis protein P47K  48.74 
 
 
394 aa  352  8.999999999999999e-96  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.352865  normal 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6215  cobalamin synthesis protein P47K  48.99 
 
 
407 aa  351  2e-95  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.103879 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A1776  putative cobalamin synthesis protein  44.72 
 
 
395 aa  350  2e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.909372  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP0080  cobalamin synthesis protein, putative  44.23 
 
 
400 aa  348  1e-94  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2730  cobalamin synthesis protein, P47K  48.46 
 
 
420 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6542  cobalamin synthesis protein, P47K  48.72 
 
 
414 aa  343  2e-93  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.321492  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>