More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_1472 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_1472  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  100 
 
 
156 aa  320  6e-87  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0119863  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1880  RNA methyltransferase TrmH, group 2  48.34 
 
 
155 aa  152  1e-36  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000892134  normal 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1574  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.41 
 
 
154 aa  150  8e-36  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0805  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  45.03 
 
 
168 aa  150  8.999999999999999e-36  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.309509 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0127  RNA methyltransferase  44.37 
 
 
164 aa  144  3e-34  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.00636988  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0194  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.64 
 
 
156 aa  144  4.0000000000000006e-34  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.141115  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0138  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.26 
 
 
153 aa  143  9e-34  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.0147773  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0432  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  47.02 
 
 
152 aa  142  2e-33  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.112018  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0026  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  51.01 
 
 
160 aa  141  3e-33  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11010  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.72 
 
 
162 aa  141  4e-33  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0271045  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2332  RNA methyltransferase  46.9 
 
 
152 aa  140  8e-33  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0505  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.81 
 
 
157 aa  139  1.9999999999999998e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1049  RNA methyltransferase  46.05 
 
 
153 aa  139  1.9999999999999998e-32  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.432365  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1370  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.81 
 
 
157 aa  137  4.999999999999999e-32  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0827  spoU rRNA methylase family protein  46.9 
 
 
151 aa  137  7.999999999999999e-32  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  hitchhiker  0.000730061  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0602  RNA methyltransferase  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.863015  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0584  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0516  RNA methyltransferase  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0459  RNA methyltransferase  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.172229  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0455  RNA methyltransferase  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0548  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.67047e-31 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0547  RNA methyltransferase  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0694927  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0623  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4754  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.16 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0101258  hitchhiker  0.00000000000898658 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0462  RNA methyltransferase  44.81 
 
 
162 aa  135  2e-31  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0152  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.07 
 
 
166 aa  135  3.0000000000000003e-31  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.143728  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1518  RNA methyltransferase  44.59 
 
 
153 aa  134  3.0000000000000003e-31  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0823  tRNA/rRNA methyltransferase  45.27 
 
 
162 aa  134  5e-31  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2133  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.72 
 
 
154 aa  134  6.0000000000000005e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1700  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.14 
 
 
157 aa  133  9.999999999999999e-31  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00000455125  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0453  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  44.44 
 
 
154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0470  RNA methyltransferase  43.51 
 
 
162 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1308  rRNA methylase-like protein cspR  43.92 
 
 
153 aa  132  1.9999999999999998e-30  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1452  putative rRNA methylase  44 
 
 
156 aa  131  3.9999999999999996e-30  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000390375  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2405  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.06 
 
 
155 aa  130  9e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000095272  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0763  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.27 
 
 
152 aa  129  1.0000000000000001e-29  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  normal  0.635512  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2379  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.05 
 
 
158 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00313017  normal 
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0990  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.31 
 
 
172 aa  129  2.0000000000000002e-29  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0541  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.38 
 
 
152 aa  129  2.0000000000000002e-29  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.854981 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2088  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.33 
 
 
154 aa  129  2.0000000000000002e-29  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.227987  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1687  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  46.62 
 
 
164 aa  129  2.0000000000000002e-29  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3293  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.28 
 
 
160 aa  128  4.0000000000000003e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.212145  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1605  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.69 
 
 
153 aa  127  6e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000286837  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1197  RNA methyltransferase  41.61 
 
 
164 aa  126  9.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.188758  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2278  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  39.31 
 
 
164 aa  125  1.0000000000000001e-28  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.117934  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2343  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.45 
 
 
159 aa  125  2.0000000000000002e-28  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.2665  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1323  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  45.03 
 
 
156 aa  125  3e-28  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.431138  normal  0.429518 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0078  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.95 
 
 
151 aa  124  5e-28  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0272  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  36.3 
 
 
148 aa  123  8.000000000000001e-28  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0924  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.5 
 
 
158 aa  123  1e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    unclonable  5.73808e-35 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3322  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.94 
 
 
158 aa  121  3e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  hitchhiker  0.0000129205  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2107  rRNA methylase (SpoU class)  41.72 
 
 
152 aa  121  3e-27  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0163  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  42.86 
 
 
159 aa  121  3e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0337  RNA methyltransferase TrmH, group 2  44.9 
 
 
151 aa  121  5e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.296895  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0052  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  44.74 
 
 
154 aa  120  8e-27  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0012  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  47.02 
 
 
153 aa  120  9e-27  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.121067  normal  0.063625 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2721  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.05 
 
 
160 aa  120  9e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.647154 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5052  RNA methyltransferase  42.76 
 
 
157 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0599206  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5323  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  42.28 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4881  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.28 
 
 
151 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1909  RNA methyltransferase  39.22 
 
 
156 aa  119  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.0507641  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5103  RNA methyltransferase  42.76 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4925  RNA methyltransferase  42.76 
 
 
153 aa  119  9.999999999999999e-27  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.61078  normal 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1943  RNA methyltransferase  39.22 
 
 
156 aa  119  9.999999999999999e-27  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.158878  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0040  RNA methyltransferase  39.86 
 
 
159 aa  118  3e-26  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1097  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  40.14 
 
 
156 aa  118  3e-26  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.116876  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_0313  rRNA methyltransferase, TrmH family  42.48 
 
 
169 aa  118  3e-26  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  unclonable  0.000000102446  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_09600  predicted rRNA methylase SpoU family  41.45 
 
 
159 aa  117  3.9999999999999996e-26  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  unclonable  0.00000307354  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1248  RNA methyltransferase  39.86 
 
 
161 aa  118  3.9999999999999996e-26  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0879  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.14 
 
 
155 aa  117  7.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1000  tRNA/rRNA methylase  43.14 
 
 
155 aa  117  7.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0597  rRNA methylase, SpoU family  39.19 
 
 
155 aa  117  9e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  hitchhiker  0.000064162  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1391  RNA methyltransferase  38.93 
 
 
156 aa  116  9.999999999999999e-26  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.444743  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2823  RNA methyltransferase TrmH, group 2  42.95 
 
 
161 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00419688  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2182  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.67 
 
 
154 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00014694  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0413  RNA methyltransferase  42.11 
 
 
153 aa  116  9.999999999999999e-26  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.85413 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5861  putative rRNA methylase  43.14 
 
 
153 aa  115  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0279492  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03960  hypothetical tRNA/rRNA methyltransferase YibK  42.95 
 
 
158 aa  114  3.9999999999999997e-25  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1155  rRNA methylase (SpoU class)  39.61 
 
 
168 aa  114  5e-25  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.0200534  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3280  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  41.83 
 
 
157 aa  114  6e-25  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0467  23S rRNA methyltransferase  38.26 
 
 
152 aa  114  6e-25  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1538  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.45 
 
 
170 aa  114  6.9999999999999995e-25  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2407  RNA methyltransferase CspR  42.76 
 
 
154 aa  113  7.999999999999999e-25  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0422  RNA methyltransferase  43.87 
 
 
156 aa  113  7.999999999999999e-25  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0450  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.22 
 
 
152 aa  113  1.0000000000000001e-24  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3163  RNA methyltransferase  42.58 
 
 
154 aa  113  1.0000000000000001e-24  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_67710  putative rRNA methylase  42.28 
 
 
153 aa  113  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00000281538  normal  0.793348 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0359  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  43.33 
 
 
174 aa  113  1.0000000000000001e-24  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.012351  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2090  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  38.31 
 
 
153 aa  112  2.0000000000000002e-24  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000512947 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0310  RNA methyltransferase TrmH, group 2  41.72 
 
 
156 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1700  RNA methyltransferase  38.26 
 
 
152 aa  112  2.0000000000000002e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.295449  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0552  RNA methyltransferase  41.72 
 
 
157 aa  112  2.0000000000000002e-24  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.242542  normal  0.84663 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0383  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  41.18 
 
 
168 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4242  RNA methyltransferase  42.48 
 
 
154 aa  112  2.0000000000000002e-24  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.175929 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0983  RNA methyltransferase  35.81 
 
 
155 aa  111  3e-24  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.553899  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0417  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.1 
 
 
171 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.897811  hitchhiker  0.000103614 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0241  RNA methyltransferase, TrmH family, group 2  39.1 
 
 
171 aa  111  3e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0264  RNA methyltransferase  39.47 
 
 
154 aa  111  3e-24  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000114775 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1511  tRNA/rRNA methyltransferase (SpoU)  37.84 
 
 
156 aa  111  4.0000000000000004e-24  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.000000118005  n/a   
 
 
-
 
NC_007633  MCAP_0364  RNA methyltransferase  37.66 
 
 
181 aa  111  5e-24  Mycoplasma capricolum subsp. capricolum ATCC 27343  Bacteria  normal  0.0637729  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>