More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0450 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002620  TC0462  DNA gyrase subunit B  44.15 
 
 		 804 aa  656    Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0450  DNA topoisomerase type IIA subunit B region 2 domain protein  100 
 
 		 824 aa  1686    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0004  DNA gyrase, B subunit  45.62 
 
 		 802 aa  664    Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0004  DNA gyrase, B subunit  48.71 
 
 		 795 aa  695    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0004  DNA gyrase, B subunit  45.01 
 
 		 794 aa  650    Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0004  DNA gyrase subunit B  45.71 
 
 		 795 aa  644    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00743221  normal  0.701582 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0003  DNA gyrase subunit B  44.36 
 
 		 797 aa  638    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.561355  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_1285  DNA gyrase, B subunit  46.63 
 
 		 852 aa  639    Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0004  DNA gyrase subunit B  48.65 
 
 		 795 aa  695    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0004  DNA gyrase, B subunit  48.78 
 
 		 795 aa  684    Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.904157 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0005  DNA gyrase, B subunit  46.35 
 
 		 825 aa  714    Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000146448 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0008  DNA gyrase subunit B  43.94 
 
 		 879 aa  636    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.938168  normal  0.282222 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0657  DNA gyrase, B subunit  46.84 
 
 		 861 aa  677    Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.763999  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0004  DNA gyrase, B subunit  48.53 
 
 		 795 aa  696    Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3095  DNA gyrase, B subunit  44.66 
 
 		 803 aa  633  1e-180  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0405  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0095  DNA gyrase, B subunit  43.92 
 
 		 814 aa  630  1e-179  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0142901  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  43.24 
 
 		 805 aa  628  1e-178  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0004  DNA gyrase, subunit B (type II topoisomerase)  43.36 
 
 		 805 aa  628  1e-178  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1224  DNA gyrase, B subunit  45.43 
 
 		 807 aa  628  1e-178  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.060887  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0003  DNA gyrase, B subunit  45.28 
 
 		 795 aa  624  1e-177  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0004  DNA gyrase, B subunit  44.16 
 
 		 796 aa  620  1e-176  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0003  DNA gyrase subunit B  44.67 
 
 		 798 aa  620  1e-176  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0221229  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0004  DNA gyrase, B subunit  43.85 
 
 		 807 aa  621  1e-176  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0004  DNA gyrase, B subunit  43.8 
 
 		 796 aa  617  1e-175  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.783567 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0005  DNA gyrase, B subunit  44.11 
 
 		 798 aa  613  9.999999999999999e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0004  DNA gyrase, B subunit  43.32 
 
 		 817 aa  614  9.999999999999999e-175  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.127407  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2689  DNA gyrase, B subunit  42.03 
 
 		 808 aa  613  9.999999999999999e-175  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  unclonable  0.000692964  decreased coverage  0.000240377 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3030  DNA gyrase, B subunit  44.1 
 
 		 804 aa  608  1e-173  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0004  DNA gyrase, B subunit  45.23 
 
 		 810 aa  608  1e-173  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.311816 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2083  DNA gyrase, B subunit  44.55 
 
 		 798 aa  612  1e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0004  DNA gyrase subunit B  44.63 
 
 		 803 aa  612  1e-173  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0004  DNA gyrase subunit B  44.3 
 
 		 803 aa  610  1e-173  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.428577  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0003  DNA gyrase, B subunit  44.17 
 
 		 800 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2504  DNA gyrase subunit B  44.55 
 
 		 805 aa  608  9.999999999999999e-173  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.892795  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0004  DNA gyrase subunit B  43.52 
 
 		 805 aa  607  9.999999999999999e-173  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.477519 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0004  DNA gyrase, B subunit  44.08 
 
 		 805 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0166192  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0016  DNA topoisomerase (ATP-hydrolyzing)  45.4 
 
 		 805 aa  608  9.999999999999999e-173  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.976365  hitchhiker  0.00112252 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0004  DNA gyrase, B subunit  44.17 
 
 		 801 aa  607  9.999999999999999e-173  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0231697  decreased coverage  0.000608059 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0029  DNA gyrase subunit B  42.91 
 
 		 769 aa  602  1.0000000000000001e-171  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.147794  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0003  DNA gyrase subunit B  42.91 
 
 		 769 aa  601  1e-170  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0004  DNA gyrase, B subunit  44.3 
 
 		 805 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0005  DNA gyrase, B subunit  43.76 
 
 		 808 aa  599  1e-170  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00000000624797  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0004  DNA gyrase, B subunit  44.3 
 
 		 805 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.801274  hitchhiker  0.00617019 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0004  DNA gyrase, B subunit  44.11 
 
 		 805 aa  602  1e-170  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.236407  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0003  DNA gyrase subunit B  42.79 
 
 		 769 aa  601  1e-170  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0003  DNA gyrase subunit B  43.05 
 
 		 772 aa  601  1e-170  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0004  DNA gyrase subunit B  43.73 
 
 		 805 aa  601  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.850847  unclonable  0.0000000000498396 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0004  DNA gyrase subunit B  43.73 
 
 		 805 aa  602  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.666874  normal  0.0301328 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0012  DNA gyrase subunit B  43.61 
 
 		 805 aa  601  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00000000257607 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0004  DNA gyrase, B subunit  44.3 
 
 		 805 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.405147  hitchhiker  0.00000000301601 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0004  DNA gyrase, B subunit  44.3 
 
 		 805 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.986187  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0004  DNA gyrase, B subunit  43.03 
 
 		 814 aa  596  1e-169  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0004  DNA gyrase subunit B  42.11 
 
 		 871 aa  596  1e-169  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0729554  hitchhiker  0.0000403413 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0964  DNA gyrase, B subunit  42.36 
 
 		 812 aa  597  1e-169  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.780109  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0035  DNA gyrase subunit B  43.43 
 
 		 804 aa  596  1e-169  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.373833  normal  0.195519 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0004  DNA gyrase, B subunit  44.48 
 
 		 805 aa  598  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.195183  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0005  DNA gyrase subunit B  43.64 
 
 		 810 aa  596  1e-169  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.124529  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3241  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  595  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0006  DNA gyrase, B subunit  41.98 
 
 		 871 aa  598  1e-169  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.44586  hitchhiker  0.00403609 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2886  DNA gyrase, B subunit  42.54 
 
 		 812 aa  598  1e-169  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0005  DNA gyrase subunit B  42.93 
 
 		 804 aa  598  1e-169  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.645478  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0012  DNA gyrase subunit B  42.53 
 
 		 805 aa  593  1e-168  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.100397  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3440  DNA gyrase subunit B  41.97 
 
 		 842 aa  593  1e-168  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.683175  normal  0.447385 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00006  DNA gyrase subunit B  42.01 
 
 		 806 aa  594  1e-168  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00261354  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002006  DNA gyrase subunit B  43.06 
 
 		 805 aa  594  1e-168  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.132236  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0004  DNA gyrase subunit B  42.82 
 
 		 805 aa  593  1e-168  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0007  DNA gyrase subunit B  43.49 
 
 		 805 aa  595  1e-168  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.197226  normal  0.376081 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0003  DNA gyrase subunit B  41.68 
 
 		 842 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.267231  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0087  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4064  DNA gyrase subunit B  42.34 
 
 		 804 aa  588  1e-167  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0861092  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0004  DNA gyrase subunit B  43.18 
 
 		 805 aa  592  1e-167  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.777143  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0004  DNA gyrase, B subunit  43.32 
 
 		 805 aa  590  1e-167  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.279894  hitchhiker  0.0000731139 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0003  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0925325  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0003  DNA gyrase subunit B  41.68 
 
 		 842 aa  589  1e-167  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2235  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0417  DNA gyrase subunit B  40.27 
 
 		 798 aa  591  1e-167  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0003  DNA gyrase subunit B  42.4 
 
 		 823 aa  590  1e-167  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0299  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.281677  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0012  DNA gyrase, B subunit  42.69 
 
 		 813 aa  590  1e-167  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00964713  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0003  DNA gyrase subunit B  43.36 
 
 		 851 aa  590  1e-167  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2850  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.60732  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0003  DNA gyrase, B subunit  42.12 
 
 		 832 aa  589  1e-167  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0724029  normal  0.0722311 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0003  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0101  DNA gyrase subunit B  41.52 
 
 		 822 aa  591  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3717  DNA gyrase, B subunit  43.65 
 
 		 809 aa  591  1e-167  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.468303  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4174  DNA gyrase subunit B  42.65 
 
 		 804 aa  587  1e-166  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.274174  normal  0.0336166 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0004  DNA gyrase subunit B  42.86 
 
 		 805 aa  588  1e-166  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4120  DNA gyrase subunit B  42.19 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0003  DNA gyrase subunit B  42.21 
 
 		 810 aa  586  1e-166  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.835475  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0006  DNA gyrase subunit B  43.26 
 
 		 806 aa  585  1e-166  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00445  DNA gyrase subunit B  42.94 
 
 		 805 aa  588  1e-166  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00040  DNA gyrase subunit B  43.25 
 
 		 806 aa  585  1e-166  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0620  DNA gyrase, B subunit  39.41 
 
 		 798 aa  588  1e-166  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0003  DNA gyrase subunit B  40.61 
 
 		 824 aa  587  1e-166  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.326353  hitchhiker  0.000981669 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0004  DNA gyrase subunit B  43.12 
 
 		 808 aa  588  1e-166  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00999238  normal  0.275353 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0003  DNA gyrase subunit B  41.79 
 
 		 824 aa  587  1e-166  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.147322  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4169  DNA gyrase subunit B  42.19 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.994459  normal  0.269221 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4047  DNA gyrase subunit B  42.19 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0003  DNA gyrase subunit B  41.87 
 
 		 823 aa  586  1e-166  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.211892  hitchhiker  0.00365115 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4063  DNA gyrase subunit B  42.19 
 
 		 804 aa  588  1e-166  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.795543  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>