More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plim_0001 on replicon NC_014148
Organism: Planctomyces limnophilus DSM 3776



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_014148  Plim_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  100 
 
 
850 aa  1749    Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0002  chromosomal replication initiation protein  38.17 
 
 
442 aa  244  3.9999999999999997e-63  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0135977  hitchhiker  0.0000101386 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.000594007  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000000244098  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  decreased coverage  0.00000163866  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus E33L  Bacteria  unclonable  0.00000000459109  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00000000425777  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  2.9999999999999997e-62  Bacillus cereus AH187  Bacteria  decreased coverage  0.000000184902  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5319  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  4e-62  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.679479  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0001  chromosomal replication initiation protein  36.83 
 
 
446 aa  241  4e-62  Bacillus cereus B4264  Bacteria  decreased coverage  0.000585905  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0001  chromosomal replication initiation protein  36.14 
 
 
446 aa  240  8e-62  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  unclonable  0.000000325337  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0001  chromosomal replication initiation protein  36.19 
 
 
446 aa  239  2e-61  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.562714  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.5 
 
 
453 aa  239  2e-61  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  decreased coverage  0.000000000208022  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0001  chromosomal replication initiation protein  39.68 
 
 
482 aa  236  1.0000000000000001e-60  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3373  chromosomal replication initiation protein  37.83 
 
 
460 aa  236  1.0000000000000001e-60  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0001  chromosomal replication initiation protein  35.74 
 
 
524 aa  236  1.0000000000000001e-60  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0237228  normal  0.131634 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.14 
 
 
461 aa  236  1.0000000000000001e-60  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  unclonable  0.0000000704659  normal  0.0525005 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0001  chromosomal replication initiation protein  35.74 
 
 
450 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0001  chromosomal replication initiation protein  35.74 
 
 
450 aa  236  2.0000000000000002e-60  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.00000000447845  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0001  chromosomal replication initiation protein  38.1 
 
 
440 aa  235  3e-60  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  decreased coverage  0.00000118947  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0001  chromosomal replication initiation protein  36.02 
 
 
475 aa  234  5e-60  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.42 
 
 
454 aa  234  6e-60  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  hitchhiker  0.00039195  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00442  chromosomal replication initiation protein  38.64 
 
 
468 aa  233  8.000000000000001e-60  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2507  chromosomal replication initiation protein  36.54 
 
 
472 aa  233  8.000000000000001e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000251721  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0002  chromosomal replication initiation protein  37.58 
 
 
461 aa  233  9e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.020385  hitchhiker  0.000000603983 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.39 
 
 
450 aa  233  1e-59  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000842824  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP2553  chromosomal replication initiation protein  35.58 
 
 
451 aa  232  2e-59  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  hitchhiker  0.000248403  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2833  chromosomal replication initiation protein  35.05 
 
 
448 aa  232  2e-59  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1342  chromosomal replication initiation protein  37.58 
 
 
455 aa  232  3e-59  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0011  chromosomal replication initiation protein  37.58 
 
 
455 aa  232  3e-59  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002009  chromosomal replication initiator protein dnaA  38.31 
 
 
468 aa  231  3e-59  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000552796  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0001  chromosomal replication initiation protein  33.71 
 
 
452 aa  231  4e-59  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  3.98376e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0001  chromosomal replication initiation protein  36.08 
 
 
457 aa  231  4e-59  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.000458864  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2371  chromosomal replication initiation protein  38.54 
 
 
443 aa  231  6e-59  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0166544  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0001  chromosomal replication initiation protein  36.08 
 
 
457 aa  230  7e-59  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00000597417  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  35.95 
 
 
446 aa  230  7e-59  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  decreased coverage  0.00000208181  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3033  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.91 
 
 
442 aa  229  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.949168  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0001  chromosomal replication initiation protein  35.36 
 
 
511 aa  229  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.424003  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_0001  chromosomal replication initiation protein  36.04 
 
 
472 aa  228  3e-58  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  unclonable  0.00000368077  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0009  chromosomal replication initiation protein  37.42 
 
 
468 aa  228  3e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  decreased coverage  0.00184157  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0001  chromosomal replication initiation protein  36.78 
 
 
478 aa  228  5.0000000000000005e-58  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.0000339822  hitchhiker  0.0000314878 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.35 
 
 
454 aa  228  5.0000000000000005e-58  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.00000331762  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  34.32 
 
 
511 aa  227  6e-58  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0001  chromosomal replication initiation protein  38.82 
 
 
509 aa  227  8e-58  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0001  chromosomal replication initiation protein  34.81 
 
 
453 aa  227  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.101414  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0001  chromosomal replication initiation protein  34.81 
 
 
453 aa  227  8e-58  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  hitchhiker  0.0000795473  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03585  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0183504  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.0000136922  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4144  chromosomal replication initiation protein  31.58 
 
 
473 aa  225  2e-57  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3915  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  decreased coverage  0.000000126813  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1227  chromosomal replication initiation protein  36.59 
 
 
449 aa  226  2e-57  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.174697  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0001  chromosomal replication initiation protein  35.42 
 
 
511 aa  226  2e-57  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.79 
 
 
464 aa  226  2e-57  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00240104  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4067  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  decreased coverage  0.0000102031  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0001  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000185056  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03529  hypothetical protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00951486  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5130  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.00000558594  normal  0.0494414 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4212  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  2e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  decreased coverage  0.0000000201887  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0003  chromosomal replication initiation protein  33.17 
 
 
510 aa  225  2e-57  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0001  chromosomal replication initiation protein  31.58 
 
 
473 aa  225  3e-57  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0001  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
465 aa  225  3e-57  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  decreased coverage  0.00156244  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4223  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
467 aa  225  3e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  decreased coverage  0.000000066194  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.79 
 
 
462 aa  224  4e-57  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.138659  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0001  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
465 aa  224  4e-57  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00429077  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4123  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
466 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  decreased coverage  0.00889574  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_4117  chromosomal replication initiation protein  32.41 
 
 
465 aa  224  4e-57  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.0000931933  normal  0.0270955 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4172  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
466 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.049293  normal  0.324603 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4066  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
466 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000844177  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4050  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
466 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0553543  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4230  chromosomal replication initiation protein  37.79 
 
 
466 aa  224  4e-57  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00725647  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.62 
 
 
456 aa  224  4.9999999999999996e-57  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0008  chromosomal replication initiation protein  34.11 
 
 
460 aa  224  4.9999999999999996e-57  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00010  chromosomal replication initiation protein  35.83 
 
 
478 aa  224  4.9999999999999996e-57  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.499294  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.6 
 
 
467 aa  224  4.9999999999999996e-57  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0001  chromosomal replication initiation protein  36.14 
 
 
512 aa  224  6e-57  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0001  chromosomal replication initiation protein  34.67 
 
 
467 aa  224  6e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.720821  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  36.28 
 
 
516 aa  223  9e-57  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  unclonable  0.0000003522  unclonable  0.00000000000722922 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0001  chromosomal replication initiation protein  36.13 
 
 
462 aa  223  9e-57  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  unclonable  0.000000000211976  n/a   
 
 
 
NC_009665  Shew185_0001  chromosomal replication initiation protein  34.17 
 
 
462 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.000000000562887  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0001  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
518 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0001  chromosomal replication initiator protein DnaA  37.79 
 
 
483 aa  223  9.999999999999999e-57  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000328329  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0301  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0103  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0089  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0001  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0809  chromosomal replication initiation protein  36.36 
 
 
464 aa  223  9.999999999999999e-57  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  0.54082  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0006  chromosomal replication initiation protein  35.46 
 
 
462 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.000000403403  unclonable  0.000000000136332 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0001  chromosomal replication initiation protein  34.17 
 
 
462 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.00000000998931  unclonable  0.00000000000343779 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0001  chromosomal replication initiation protein  34.17 
 
 
462 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.0000000257358  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0001  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 
460 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000179736  unclonable  0.0000000000313535 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0001  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 
460 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000724276  unclonable  0.0000176 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0001  chromosomal replication initiation protein  34.17 
 
 
462 aa  223  9.999999999999999e-57  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000157699  unclonable  0.0000121376 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00010  chromosomal replication initiation protein  36.14 
 
 
514 aa  223  9.999999999999999e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.373198  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2848  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2237  chromosomal replication initiation protein  34.15 
 
 
533 aa  223  9.999999999999999e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0001  chromosomal replication initiation protein  33.44 
 
 
524 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.57647  hitchhiker  0.0000195718 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0001  chromosomal replication initiation protein  35.81 
 
 
462 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  unclonable  0.000000281438  unclonable  0.0000000118337 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0001  chromosomal replication initiation protein  33.33 
 
 
461 aa  223  1.9999999999999999e-56  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000051  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0001  chromosomal replication initiation protein  36.45 
 
 
505 aa  222  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.390724  normal  0.0464489 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>