268 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_3120 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_3120  major facilitator transporter  100 
 
 
472 aa  941    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.448872  normal  0.243798 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_2105  sodium:galactoside symporter family protein  51.6 
 
 
443 aa  460  9.999999999999999e-129  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.366774  normal  0.477059 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2611  major facilitator transporter  51.15 
 
 
480 aa  437  1e-121  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.803344  normal  0.0185611 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2613  sodium:galactoside symporter family protein  49.43 
 
 
453 aa  403  1e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.777957  normal  0.0752663 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1387  major facilitator superfamily transport protein  36.96 
 
 
468 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0294045  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2614  major facilitator transporter  40.77 
 
 
463 aa  283  7.000000000000001e-75  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.106443  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1070  major facilitator transporter  36.03 
 
 
471 aa  278  1e-73  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0575  major facilitator transporter  33.7 
 
 
461 aa  239  5.999999999999999e-62  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1702  Na+/melibiose symporter and related transporter protein  34.11 
 
 
445 aa  239  6.999999999999999e-62  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.574642  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1919  major facilitator transporter  30.34 
 
 
461 aa  231  2e-59  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1619  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  33.56 
 
 
436 aa  221  1.9999999999999999e-56  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0269  major facilitator transporter  30.67 
 
 
506 aa  216  7e-55  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.41542  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0517  major facilitator transporter  31.73 
 
 
471 aa  212  1e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0726  major facilitator transporter  34.6 
 
 
468 aa  201  1.9999999999999998e-50  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1893  major facilitator superfamily MFS_1  32.56 
 
 
440 aa  192  1e-47  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0353  major facilitator transporter  29.18 
 
 
464 aa  191  2e-47  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.939472  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1545  major facilitator transporter  32.27 
 
 
457 aa  155  2e-36  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1586  Na+/melibiose symporter and related transporter-like protein  28.82 
 
 
453 aa  142  1.9999999999999998e-32  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1446  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  25.74 
 
 
448 aa  116  1.0000000000000001e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.493361  normal 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3858  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.51 
 
 
469 aa  109  1e-22  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.784369  normal  0.0678057 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1453  major facilitator superfamily transporter  28.64 
 
 
452 aa  109  1e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.722152  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1315  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.56 
 
 
442 aa  108  2e-22  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1130  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.6 
 
 
441 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3175  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.72 
 
 
442 aa  108  2e-22  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0664881  normal  0.904255 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0494  major facilitator transporter  27.55 
 
 
407 aa  107  7e-22  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.520669 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1182  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.6 
 
 
441 aa  105  1e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.020658  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2697  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  27.13 
 
 
465 aa  105  2e-21  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.296513 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2966  major facilitator superfamily transporter  26.68 
 
 
439 aa  105  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.274258 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1215  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.6 
 
 
441 aa  105  2e-21  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.525269  normal  0.0570071 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3708  sugar:cation symporter family protein  25.23 
 
 
442 aa  104  3e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3732  sugar:cation symporter family protein  24.89 
 
 
443 aa  104  4e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.170381  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1146  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.83 
 
 
442 aa  103  5e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3985  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.73 
 
 
476 aa  103  5e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.439786  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4014  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.38 
 
 
466 aa  102  2e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.85917  normal  0.255078 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5398  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.88 
 
 
471 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.243683  normal  0.179969 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2393  major facilitator superfamily transporter  26.43 
 
 
439 aa  100  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1057  putative symporter protein  28.27 
 
 
514 aa  100  5e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.872646  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0733  sodium:glactoside symporter family protein  21.61 
 
 
465 aa  100  7e-20  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.958172  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0776  Zinc finger-domain-containing protein  22.96 
 
 
447 aa  99.8  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.0781581 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2049  Na+/melibiose symporter and related transporters-like protein  25.22 
 
 
469 aa  99  2e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.962314  normal  0.648168 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1401  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.11 
 
 
444 aa  99  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.738999  normal  0.0455356 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2664  hypothetical protein  25.47 
 
 
486 aa  98.2  3e-19  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3190  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.75 
 
 
460 aa  97.4  4e-19  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal  0.712372 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1395  hypothetical protein  25.23 
 
 
443 aa  97.1  6e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00525698 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3583  galactoside symporter  21.71 
 
 
475 aa  96.3  9e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.012026 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3697  sugar:cation symporter family protein  22.92 
 
 
467 aa  95.9  1e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.455392  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_4221  major facilitator transporter  25 
 
 
472 aa  96.3  1e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.218171  normal  0.657626 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1406  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.53 
 
 
471 aa  96.3  1e-18  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.455319  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2906  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.5 
 
 
460 aa  96.3  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2608  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.49 
 
 
442 aa  95.5  2e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_2335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.51 
 
 
476 aa  95.1  2e-18  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0571  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  25.87 
 
 
457 aa  94  5e-18  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  0.74034  normal  0.0218606 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0657  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.58 
 
 
465 aa  94.4  5e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.242235  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2992  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.81 
 
 
472 aa  93.2  1e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6100  sodium:galactoside symporter family protein  26.4 
 
 
431 aa  92.8  1e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0503744  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0456  putative symporter YagG  22.73 
 
 
459 aa  92  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.0319555 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3335  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  23.54 
 
 
460 aa  90.9  5e-17  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.736057  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2284  putative cation symporter  23.22 
 
 
461 aa  90.5  6e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00974122 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4954  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.41 
 
 
463 aa  90.5  6e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0843133  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3996  major facilitator transporter  22.82 
 
 
443 aa  90.1  9e-17  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.14105  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2498  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.88 
 
 
480 aa  89.7  1e-16  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.358109  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0163  Na+/galactoside symporter  24.32 
 
 
468 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4554  melibiose:sodium symporter  25.16 
 
 
476 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0162  Na+/galactoside symporter  24.32 
 
 
468 aa  89  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4563  melibiose:sodium symporter  25.16 
 
 
476 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4694  melibiose:sodium symporter  25.16 
 
 
476 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.772252  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4645  melibiose:sodium symporter  25.16 
 
 
476 aa  88.6  2e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3738  hypothetical protein  24.25 
 
 
467 aa  87.8  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  unclonable  0.00183877  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1981  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  22.36 
 
 
481 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00156524  hitchhiker  0.000367008 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_3387  major facilitator superfamily MFS_1  24.17 
 
 
475 aa  88.2  3e-16  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0724765 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2081  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.64 
 
 
481 aa  88.2  3e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0834729  hitchhiker  0.000000228967 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002666  galactose permease  23.17 
 
 
462 aa  87.8  4e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0170  Na+/galactoside symporter  23.82 
 
 
468 aa  87.8  4e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.671323  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0162  Na+/galactoside symporter  23.82 
 
 
468 aa  87.4  5e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0748  sodium:glactoside symporter family protein  22.27 
 
 
454 aa  87.4  5e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.329176  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4645  melibiose:sodium symporter  25.16 
 
 
476 aa  87  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.752392  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3872  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  25.17 
 
 
469 aa  86.7  8e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1994  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.09 
 
 
481 aa  86.7  9e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00859833  hitchhiker  0.00113965 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03991  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
469 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4674  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
473 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0466  sodium:galactoside symporter family protein  24.7 
 
 
428 aa  86.3  0.000000000000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0167  Na+/galactoside symporter  23.61 
 
 
468 aa  86.3  0.000000000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.774115  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03952  hypothetical protein  25.17 
 
 
469 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3907  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
473 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4361  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
473 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4586  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
481 aa  85.9  0.000000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5634  melibiose:sodium symporter  25.17 
 
 
481 aa  85.5  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0290  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  21.05 
 
 
472 aa  85.5  0.000000000000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  hitchhiker  0.000222424  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0764  sugar glycoside-pentoside-hexuronide (GPH):cation symporter family protein  21.36 
 
 
454 aa  85.5  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  hitchhiker  0.00819234  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2155  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  22.31 
 
 
471 aa  84.7  0.000000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00011339  normal  0.022313 
 
 
-
 
NC_013171  Apre_0071  melibiose:sodium symporter  21.82 
 
 
448 aa  84.3  0.000000000000004  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00245996  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2052  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  24.26 
 
 
471 aa  84.7  0.000000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0388  major facilitator transporter  24.03 
 
 
497 aa  84  0.000000000000006  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.991466  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1997  sugar (glycoside-Pentoside-hexuronide) transporter  23.26 
 
 
477 aa  83.6  0.000000000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03437  putative permease  25.37 
 
 
466 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03388  hypothetical protein  25.37 
 
 
466 aa  83.2  0.000000000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4951  sugar transporter, glycoside-pentoside-hexuronide family  25.69 
 
 
466 aa  82.8  0.00000000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.841107 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02748  cation symporter  23.5 
 
 
462 aa  82.4  0.00000000000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0248  major facilitator transporter  36.13 
 
 
486 aa  82  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.135747  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4394  sugar (Glycoside-Pentoside-Hexuronide) transporter  24.06 
 
 
444 aa  82  0.00000000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0181186  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>