28 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1125 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



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Replicon accession
Locus tag
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Alignment on homolog gene
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Organism name
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Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009719  Plav_1125  TetR family transcriptional regulator  100 
 
 		 200 aa  398  9.999999999999999e-111  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.849198  normal  1 
 
 
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NC_010338  Caul_2669  hypothetical protein  45.16 
 
 		 196 aa  147  1.0000000000000001e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.395376  normal  1 
 
 
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NC_008048  Sala_0301  TetR family transcriptional regulator  42.02 
 
 		 207 aa  145  4.0000000000000006e-34  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.212759 
 
 
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NC_009719  Plav_0361  TetR family transcriptional regulator  39.04 
 
 		 192 aa  140  9.999999999999999e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_2397  TetR family transcriptional regulator  31.72 
 
 		 194 aa  84.7  9e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.460379  normal  0.0825777 
 
 
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NC_009943  Dole_2544  TetR family transcriptional regulator  30.61 
 
 		 206 aa  60.1  0.00000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0158307  n/a   
 
 
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NC_004578  PSPTO_3698  transcriptional regulator, TetR family  30.66 
 
 		 202 aa  50.1  0.00002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009092  Shew_0299  TetR family transcriptional regulator  28.36 
 
 		 202 aa  49.3  0.00004  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_007492  Pfl01_1600  TetR family transcriptional regulator  27.88 
 
 		 201 aa  47.8  0.0001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0652187  normal  0.362821 
 
 
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NC_007005  Psyr_1777  regulatory protein, TetR  29.7 
 
 		 202 aa  46.2  0.0003  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.26768  normal  0.308935 
 
 
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NC_009921  Franean1_2583  TetR family transcriptional regulator  34.29 
 
 		 184 aa  45.8  0.0004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013947  Snas_5925  transcriptional regulator, TetR family  33.33 
 
 		 211 aa  45.4  0.0006  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_010506  Swoo_0450  TetR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 201 aa  45.1  0.0007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009485  BBta_5306  TetR family transcriptional regulator  32.5 
 
 		 219 aa  44.7  0.001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.190126 
 
 
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NC_007778  RPB_3669  TetR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 243 aa  44.3  0.001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.433868  normal  1 
 
 
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NC_010322  PputGB1_3860  TetR family transcriptional regulator  26.96 
 
 		 203 aa  43.1  0.003  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.526451  normal  0.667209 
 
 
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NC_007958  RPD_1791  regulatory protein, TetR  28.78 
 
 		 246 aa  43.1  0.003  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  hitchhiker  0.00350194  normal  0.153158 
 
 
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NC_008146  Mmcs_3205  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_008705  Mkms_3267  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0261097  normal  1 
 
 
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NC_009077  Mjls_3216  TetR family transcriptional regulator  26.14 
 
 		 197 aa  42.7  0.003  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.278224  normal  1 
 
 
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NC_009675  Anae109_0884  TetR family transcriptional regulator  31.05 
 
 		 237 aa  43.1  0.003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.214434 
 
 
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NC_009484  Acry_0512  TetR family transcriptional regulator  23.08 
 
 		 201 aa  43.1  0.003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
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NC_009921  Franean1_2888  regulatory protein TetR  29.63 
 
 		 203 aa  42.4  0.004  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_012912  Dd1591_1166  transcriptional regulator, TetR family  34.09 
 
 		 215 aa  42.7  0.004  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.522591  n/a   
 
 
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NC_013131  Caci_4823  transcriptional regulator, TetR family  37.5 
 
 		 219 aa  42.7  0.004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_013216  Dtox_3058  transcriptional regulator, TetR family  40.98 
 
 		 204 aa  42.7  0.004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00000151008  decreased coverage  0.0000000705144 
 
 
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NC_013947  Snas_0257  transcriptional regulator, TetR family  36.25 
 
 		 188 aa  42.7  0.004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
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NC_009439  Pmen_3352  TetR family transcriptional regulator  29.29 
 
 		 211 aa  42.4  0.005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.586652  normal  1 
 
 
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