44 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_1048 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_1048  SMC domain-containing protein  100 
 
 
995 aa  2036    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0215906  normal 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5854  ABC transporter  29.78 
 
 
1028 aa  421  1e-116  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3041  ABC transporter  29.9 
 
 
1028 aa  408  1.0000000000000001e-112  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.905111  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2772  hypothetical protein  27.52 
 
 
992 aa  251  7e-65  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0840  hypothetical protein  26.13 
 
 
937 aa  240  9e-62  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_12740  hypothetical protein  32.96 
 
 
938 aa  228  3e-58  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  decreased coverage  0.00274818  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0968  hypothetical protein  25.97 
 
 
916 aa  229  3e-58  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.386021 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1748  SMC domain protein  27.89 
 
 
1011 aa  218  4e-55  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.259166  normal 
 
 
-
 
NC_009998  Sbal195_4550  hypothetical protein  25.02 
 
 
990 aa  215  2.9999999999999995e-54  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1243  hypothetical protein  30.54 
 
 
743 aa  189  2e-46  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1611  putative DNA repair ATPase  24.34 
 
 
966 aa  139  2e-31  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.230196  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0676  DNA repair ATPase  28.98 
 
 
897 aa  134  7.999999999999999e-30  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2437  hypothetical protein  45.27 
 
 
428 aa  130  1.0000000000000001e-28  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.920457  normal  0.504331 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0667  DNA repair ATPase  26.36 
 
 
888 aa  125  3e-27  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4740  hypothetical protein  25.53 
 
 
972 aa  114  1.0000000000000001e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.462121  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_1108  hypothetical protein  43.8 
 
 
853 aa  107  8e-22  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5575  hypothetical protein  42.28 
 
 
145 aa  101  7e-20  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.315867  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5978  hypothetical protein  42.28 
 
 
145 aa  101  7e-20  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.484158 
 
 
-
 
NC_007949  Bpro_5033  PHP-like  42.52 
 
 
894 aa  100  2e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0193  SMC domain protein  41.09 
 
 
895 aa  95.5  5e-18  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.711323  normal  0.0164189 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1891  hypothetical protein  25.93 
 
 
877 aa  94.7  7e-18  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1493  SMC domain protein  24.56 
 
 
892 aa  89.4  4e-16  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03553  RecF/RecN/SMC N terminal domain protein  37.9 
 
 
884 aa  84  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.262366  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5585  hypothetical protein  32.93 
 
 
258 aa  83.2  0.00000000000002  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0168828  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA3009  phosphotransferase domain-containing protein  39.36 
 
 
931 aa  80.9  0.0000000000001  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2527  hypothetical protein  24.58 
 
 
889 aa  80.9  0.0000000000001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000761316 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1286  hypothetical protein  37.23 
 
 
633 aa  78.6  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.25486  normal  0.139744 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1358  hypothetical protein  36.09 
 
 
633 aa  78.6  0.0000000000006  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.019808  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2629  phosphotransferase domain-containing protein  36.27 
 
 
929 aa  78.2  0.0000000000008  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.525375  normal  0.100409 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2715  hypothetical protein  36.31 
 
 
633 aa  77.8  0.0000000000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.320753  hitchhiker  0.00854437 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1607  SMC domain-containing protein  25.41 
 
 
909 aa  75.9  0.000000000004  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2865  hypothetical protein  38.1 
 
 
883 aa  75.9  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.151414  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1737  hypothetical protein  37.6 
 
 
617 aa  73.6  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.0183917  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3605  SMC domain-containing protein  36.17 
 
 
955 aa  73.6  0.00000000002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.637524  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1540  SMC domain-containing protein  34.31 
 
 
943 aa  72.8  0.00000000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.719038 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1734  SMC domain-containing protein  34.4 
 
 
906 aa  70.9  0.0000000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.195763 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3230  hypothetical protein  37.21 
 
 
896 aa  67.8  0.000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2794  hypothetical protein  32.58 
 
 
894 aa  62.4  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3193  PHP domain protein  32.58 
 
 
894 aa  62.4  0.00000005  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1749  ABC transporter related  37 
 
 
253 aa  57  0.000002  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1522  hypothetical protein  31.11 
 
 
709 aa  52.8  0.00003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.541364  hitchhiker  0.00000000000000176755 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0235  hypothetical protein  26.88 
 
 
713 aa  46.2  0.003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_0768  response regulatory protein  38.68 
 
 
229 aa  46.2  0.003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  0.319158  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5563  hypothetical protein  25.2 
 
 
792 aa  44.7  0.008  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>