50 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0843 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009719  Plav_0843  hypothetical protein  100 
 
 
515 aa  1046    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3100  hypothetical protein  35.58 
 
 
503 aa  290  4e-77  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.444096  normal  0.156849 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2852  hypothetical protein  35.23 
 
 
546 aa  281  1e-74  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.348176  n/a   
 
 
-
 
NC_009955  Dshi_3633  hypothetical protein  35.05 
 
 
547 aa  267  2.9999999999999995e-70  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.584822 
 
 
-
 
NC_004311  BRA1109  hypothetical protein  34.68 
 
 
559 aa  262  1e-68  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2197  hypothetical protein  32.89 
 
 
614 aa  151  3e-35  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.442542  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0142  hypothetical protein  28.24 
 
 
448 aa  142  1.9999999999999998e-32  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5010  hypothetical protein  30 
 
 
628 aa  122  9.999999999999999e-27  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_5117  Ig domain protein group 1 domain protein  23.9 
 
 
1005 aa  107  6e-22  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.0644734 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7053  hypothetical protein  26.89 
 
 
514 aa  105  3e-21  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2682  hypothetical protein  23.69 
 
 
556 aa  100  9e-20  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  hitchhiker  0.0000374994  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2206  hypothetical protein  26.49 
 
 
565 aa  97.4  6e-19  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.855212  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0342  hypothetical protein  25.32 
 
 
522 aa  96.3  1e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.258196 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6410  hypothetical protein  25.96 
 
 
1781 aa  89.4  1e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.885103  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0778  hypothetical protein  23.69 
 
 
506 aa  88.2  3e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.944055 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6214  hypothetical protein  25.79 
 
 
1752 aa  87.8  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0213789 
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6216  outer membrane adhesin like proteiin  27.62 
 
 
1728 aa  84.7  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0355107  normal  0.0464168 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6412  outer membrane adhesin like proteiin  25.62 
 
 
2337 aa  81.6  0.00000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8054  hypothetical protein  24.36 
 
 
528 aa  80.5  0.00000000000008  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3909  hypothetical protein  25.41 
 
 
1838 aa  77.8  0.0000000000004  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0701  hypothetical protein  22.8 
 
 
509 aa  76.3  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6496  hypothetical protein  24.39 
 
 
1051 aa  76.3  0.000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2496  hypothetical protein  26.89 
 
 
1589 aa  75.9  0.000000000002  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.839267  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3678  cadherin  25.07 
 
 
1389 aa  74.3  0.000000000004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.210841 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_1735  hypothetical protein  24.87 
 
 
1627 aa  74.7  0.000000000004  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.970827  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1933  hypothetical protein  25.99 
 
 
1785 aa  73.6  0.000000000009  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0333  hypothetical protein  22.8 
 
 
542 aa  73.2  0.00000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.983717 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1952  putative N,N-dimethylformamidase  22.77 
 
 
773 aa  71.6  0.00000000004  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8496  hypothetical protein  22.47 
 
 
1282 aa  70.9  0.00000000005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.200313  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5667  hypothetical protein  25.56 
 
 
584 aa  69.7  0.0000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.438933  normal  0.0908337 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2950  hypothetical protein  27.33 
 
 
541 aa  68.2  0.0000000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.173158  normal  0.112272 
 
 
-
 
NC_013124  Afer_0606  hypothetical protein  21.51 
 
 
553 aa  67  0.0000000009  Acidimicrobium ferrooxidans DSM 10331  Bacteria  normal  0.617667  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1672  hypothetical protein  25.32 
 
 
717 aa  65.9  0.000000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4130  putative N,N-dimethylformamidase  23.49 
 
 
765 aa  65.9  0.000000002  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.616423  normal  0.183627 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0904  hypothetical protein  25.41 
 
 
552 aa  64.7  0.000000004  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0366726  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5668  hypothetical protein  22.26 
 
 
458 aa  63.9  0.000000007  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0387756  normal  0.0490579 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0158  putative N,N-dimethylformamidase  23.48 
 
 
777 aa  63.5  0.000000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00321261 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4474  hypothetical protein  21.39 
 
 
569 aa  62  0.00000003  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.805357  normal  0.305115 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1756  Fibronectin type III domain protein  23.28 
 
 
2135 aa  61.2  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.527885 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4361  hypothetical protein  26.54 
 
 
753 aa  58.9  0.0000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.372541  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2052  large subunit of N,N-dimethylformamidase  23.31 
 
 
772 aa  56.2  0.000001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3051  hypothetical protein  29.45 
 
 
1744 aa  55.5  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7060  large subunit of N,N-dimethylformamidase  25.05 
 
 
757 aa  52.4  0.00002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0496  large subunit of N,N-dimethylformamidase  27.85 
 
 
765 aa  50.4  0.00008  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.323817 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5002  hypothetical protein  23.14 
 
 
670 aa  49.7  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0708  hypothetical protein  28.14 
 
 
705 aa  46.6  0.001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.165504  hitchhiker  0.00374687 
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4257  large subunit of N,N-dimethylformamidase  23.83 
 
 
757 aa  46.2  0.001  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0711  hypothetical protein  24.16 
 
 
691 aa  44.7  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000978067 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1673  large subunit of N,N-dimethylformamidase  21.94 
 
 
753 aa  43.5  0.009  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.879403 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1283  large subunit of N,N-dimethylformamidase  22.83 
 
 
810 aa  43.5  0.009  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.563872  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>