More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Plav_0293 on replicon NC_009719
Organism: Parvibaculum lavamentivorans DS-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009668  Oant_3049  DNA mismatch repair protein  54.33 
 
 
626 aa  646    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0218  DNA mismatch repair protein  54.2 
 
 
623 aa  643    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.0787206  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0496  DNA mismatch repair protein  56.79 
 
 
600 aa  661    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.170626 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0293  DNA mismatch repair protein  100 
 
 
602 aa  1190    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2548  DNA mismatch repair protein  57.94 
 
 
603 aa  649    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.17269  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2946  DNA mismatch repair protein  59.09 
 
 
629 aa  666    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4855  DNA mismatch repair protein  57.87 
 
 
595 aa  659    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4176  DNA mismatch repair protein  57.77 
 
 
597 aa  660    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285632  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4047  DNA mismatch repair protein  58.29 
 
 
610 aa  638    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0539  DNA mismatch repair protein  55.32 
 
 
600 aa  649    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.111991  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1389  DNA mismatch repair protein  58.39 
 
 
599 aa  658    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.41073  normal  0.777612 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2933  DNA mismatch repair protein  58.31 
 
 
612 aa  636    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.169061 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4032  DNA mismatch repair protein  57.47 
 
 
597 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.733731  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3169  DNA mismatch repair protein  57.35 
 
 
603 aa  646    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.484911  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0102  DNA mismatch repair protein  56.54 
 
 
644 aa  651    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1703  DNA mismatch repair protein  54.93 
 
 
618 aa  648    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.346146  normal  0.342232 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0441  DNA mismatch repair protein  54.72 
 
 
620 aa  648    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4062  DNA mismatch repair protein  63.08 
 
 
643 aa  741    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2713  DNA mismatch repair protein  59.87 
 
 
606 aa  665    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0616  DNA mismatch repair protein  62.28 
 
 
633 aa  709    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.0800065 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0363  DNA mismatch repair protein  59.19 
 
 
621 aa  641    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.127252  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0198  DNA mismatch repair protein  54.2 
 
 
623 aa  643    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2758  DNA mismatch repair protein  58.33 
 
 
616 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1095  DNA mismatch repair protein  58.27 
 
 
632 aa  632  1e-180  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.045837  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0428  DNA mismatch repair protein  55.84 
 
 
605 aa  634  1e-180  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.329312  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0895  DNA mismatch repair protein  54.27 
 
 
617 aa  630  1e-179  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.380086  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3054  DNA mismatch repair protein  56.09 
 
 
643 aa  622  1e-177  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0230443  normal  0.222547 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1201  DNA mismatch repair protein  49.76 
 
 
611 aa  617  1e-175  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.894444  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7371  DNA mismatch repair protein MutL  56.59 
 
 
621 aa  612  9.999999999999999e-175  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0491  DNA mismatch repair protein  55.78 
 
 
594 aa  613  9.999999999999999e-175  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0595243  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1011  DNA mismatch repair protein MutL  54.91 
 
 
637 aa  605  9.999999999999999e-173  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.266056  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2869  DNA mismatch repair protein MutL  55.25 
 
 
605 aa  597  1e-169  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.110636 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4632  DNA mismatch repair protein MutL  53.05 
 
 
661 aa  597  1e-169  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.56362  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4265  DNA mismatch repair protein MutL  53.42 
 
 
687 aa  598  1e-169  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.221737 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6625  DNA mismatch repair protein MutL  55.64 
 
 
641 aa  595  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.406254  normal  0.264989 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4780  DNA mismatch repair protein MutL  53.31 
 
 
671 aa  592  1e-168  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.131576  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0061  DNA mismatch repair protein MutL  53.41 
 
 
648 aa  588  1e-166  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.340953  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2127  DNA mismatch repair protein  52.19 
 
 
603 aa  571  1e-161  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.633502  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1626  DNA mismatch repair protein  53.95 
 
 
603 aa  565  1.0000000000000001e-159  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.951242 
 
 
-
 
NC_002978  WD1306  DNA mismatch repair protein  45.32 
 
 
608 aa  507  9.999999999999999e-143  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.66007  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1040  DNA mismatch repair protein MutL  45.11 
 
 
632 aa  496  1e-139  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.619157 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5675  DNA mismatch repair protein  45.2 
 
 
633 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1692  DNA mismatch repair protein  46.63 
 
 
611 aa  486  1e-136  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_65350  DNA mismatch repair protein  44.88 
 
 
633 aa  486  1e-136  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4896  DNA mismatch repair protein  44.25 
 
 
632 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4772  DNA mismatch repair protein  44.25 
 
 
633 aa  484  1e-135  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.209994  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0521  DNA mismatch repair protein  44.36 
 
 
635 aa  483  1e-135  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0525121  normal  0.511532 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4948  DNA mismatch repair protein  44.25 
 
 
632 aa  482  1e-135  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.167425  normal  0.037125 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0633  DNA mismatch repair protein  44.3 
 
 
623 aa  479  1e-134  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.211888 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4944  DNA mismatch repair protein MutL  43.38 
 
 
645 aa  478  1e-133  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0570  DNA mismatch repair protein  43.24 
 
 
648 aa  476  1e-133  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.963062 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4687  DNA mismatch repair protein  44.34 
 
 
633 aa  474  1e-132  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.427145  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2771  DNA mismatch repair protein  44.06 
 
 
629 aa  475  1e-132  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_07520  DNA mismatch repair protein  43.77 
 
 
641 aa  472  1e-132  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0628  DNA mismatch repair protein MutL  49.34 
 
 
582 aa  466  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.100256  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0895  DNA mismatch repair protein MutL  45.15 
 
 
611 aa  465  1e-129  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.347619  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00410  DNA mismatch repair protein  42.36 
 
 
625 aa  456  1e-127  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0509  DNA mismatch repair protein  41.92 
 
 
598 aa  451  1e-125  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.587743  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2669  DNA mismatch repair protein  39.02 
 
 
630 aa  449  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.680786  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2002  DNA mismatch repair protein  42.24 
 
 
619 aa  442  1e-123  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1186  DNA mismatch repair protein  41.25 
 
 
575 aa  442  1e-123  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  hitchhiker  0.00913008  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0845  DNA mismatch repair protein  41.13 
 
 
574 aa  439  9.999999999999999e-123  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  hitchhiker  0.00243998  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2634  DNA mismatch repair protein  40.71 
 
 
641 aa  441  9.999999999999999e-123  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00330895  unclonable  0.0000000000120627 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2081  DNA mismatch repair protein  42 
 
 
621 aa  442  9.999999999999999e-123  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1144  DNA mismatch repair protein MutL  41.31 
 
 
616 aa  437  1e-121  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.513301  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2754  DNA mismatch repair protein  42 
 
 
634 aa  435  1e-120  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.679624 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3164  DNA mismatch repair protein MutL  42.45 
 
 
615 aa  434  1e-120  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1275  DNA mismatch repair protein  40.83 
 
 
644 aa  435  1e-120  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0571  DNA mismatch repair protein MutL  42.63 
 
 
636 aa  433  1e-120  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.707368  hitchhiker  0.00000000963067 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2485  DNA mismatch repair protein  41.03 
 
 
691 aa  432  1e-120  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.933999  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1823  DNA mismatch repair protein MutL  43.12 
 
 
628 aa  429  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  hitchhiker  0.0000270616  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1320  DNA mismatch repair protein  42.26 
 
 
705 aa  429  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1517  DNA mismatch repair protein MutL  43.82 
 
 
598 aa  427  1e-118  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.249931 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0494  DNA mismatch repair protein MutL  42.63 
 
 
626 aa  427  1e-118  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.220055  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1384  DNA mismatch repair protein MutL  40.32 
 
 
613 aa  428  1e-118  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.664684 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1084  DNA mismatch repair protein MutL  40.54 
 
 
630 aa  424  1e-117  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.967595  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2908  DNA mismatch repair protein  40.9 
 
 
655 aa  423  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1599  DNA mismatch repair protein MutL  41.76 
 
 
595 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.907039  normal  0.222038 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2001  DNA mismatch repair protein  41.49 
 
 
606 aa  420  1e-116  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0369313  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1927  mismatch repair protein MutL  41.76 
 
 
595 aa  421  1e-116  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2430  DNA mismatch repair protein  41.2 
 
 
635 aa  419  1e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2563  DNA mismatch repair protein  41.35 
 
 
636 aa  418  9.999999999999999e-116  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2836  DNA mismatch repair protein  41.98 
 
 
647 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2769  DNA mismatch repair protein  40.28 
 
 
652 aa  409  1e-113  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.286219  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2053  DNA mismatch repair protein  40.95 
 
 
622 aa  412  1e-113  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00117239  hitchhiker  0.0000000712721 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0668  DNA mismatch repair protein MutL  42.42 
 
 
620 aa  409  1e-113  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.422126  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3466  DNA mismatch repair protein MutL  41.53 
 
 
622 aa  403  1e-111  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.52693  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1770  DNA mismatch repair protein  38.86 
 
 
602 aa  402  9.999999999999999e-111  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00259733  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1157  DNA mismatch repair protein MutL  39.63 
 
 
644 aa  397  1e-109  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.299575  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2962  DNA mismatch repair protein  39.14 
 
 
608 aa  396  1e-109  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.000126227  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0978  DNA mismatch repair protein  36.93 
 
 
647 aa  393  1e-108  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0100042  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2015  DNA mismatch repair protein MutL  40.85 
 
 
617 aa  392  1e-108  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1304  DNA mismatch repair protein  38.27 
 
 
628 aa  395  1e-108  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  0.0761454  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3209  DNA mismatch repair protein MutL  40.85 
 
 
660 aa  394  1e-108  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.230102  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0685  DNA mismatch repair protein  38.96 
 
 
661 aa  391  1e-107  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2031  DNA mismatch repair protein MutL  39.84 
 
 
604 aa  387  1e-106  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.440642  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2223  DNA mismatch repair protein  40.61 
 
 
607 aa  379  1e-104  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.38556  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0978  DNA mismatch repair protein MutL  38.08 
 
 
657 aa  377  1e-103  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0893  DNA mismatch repair protein MutL  38.54 
 
 
657 aa  376  1e-103  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.639278  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3282  DNA mismatch repair protein  36.78 
 
 
650 aa  379  1e-103  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>