More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_R0107 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_r00014  16S ribosomal RNA  87.34 
 
 
1542 bp  1461    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0514001  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_r00017  16S ribosomal RNA  87.34 
 
 
1542 bp  1461    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0241491  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0034  16S ribosomal RNA  89.26 
 
 
1514 bp  1683    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0043  16S ribosomal RNA  89.12 
 
 
1512 bp  1651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0049  16S ribosomal RNA  89.19 
 
 
1514 bp  1675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.464241  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0339  16S ribosomal RNA  89.12 
 
 
1512 bp  1651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0345  16S ribosomal RNA  89.19 
 
 
1514 bp  1675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0556  16S ribosomal RNA  89.12 
 
 
1512 bp  1651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0562  16S ribosomal RNA  89.19 
 
 
1514 bp  1675    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1609  16S ribosomal RNA  89.19 
 
 
1512 bp  1659    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.48618  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3907  16S ribosomal RNA  89.12 
 
 
1512 bp  1651    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r001  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r004  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r007  16S ribosomal RNA  90.27 
 
 
1529 bp  1532    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r012  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r015  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r018  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r021  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r024  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_r027  16S ribosomal RNA  90.34 
 
 
1529 bp  1540    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0013  16S ribosomal RNA  88.74 
 
 
1495 bp  1522    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.000161102  normal  0.413867 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_R0043  16S ribosomal RNA  88.98 
 
 
1534 bp  1584    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.0000126976  normal  0.0100443 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0001  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000556781  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0007  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.00000706702  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0015  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000000120948  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0044  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1533 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000361532  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0107  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000137166  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0119  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1533 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.000133633  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0122  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0472105  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0127  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.015081  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0001  16S ribosomal RNA  90.44 
 
 
1535 bp  1570    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000282718  hitchhiker  0.000910883 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0007  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000150491  normal  0.406366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0016  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00201681  hitchhiker  0.0000000136741 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0071  16S ribosomal RNA  90.98 
 
 
1535 bp  1626    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00148247  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0123  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0163335  normal  0.34966 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0132  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0261242  normal  0.0671955 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0136  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000885648  hitchhiker  0.000140032 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0140  16S ribosomal RNA  91.06 
 
 
1535 bp  1633    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00248839  normal  0.547637 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_R0143  16S ribosomal RNA  90.98 
 
 
1535 bp  1626    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000577207  normal  0.0309772 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0001  16S ribosomal RNA  90.9 
 
 
1535 bp  1618    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00134291  hitchhiker  0.00347665 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0007  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0064778  normal  0.0127919 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0016  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1535 bp  1641    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00459376  normal  0.131368 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0020  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 
1535 bp  1649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.0000189863  hitchhiker  0.00241785 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0026  16S ribosomal RNA  90.52 
 
 
1535 bp  1578    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0396739  normal  0.0702195 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0071  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 
1535 bp  1649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00107251  normal  0.159667 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0123  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 
1535 bp  1649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00322133  normal  0.530607 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0141  16S ribosomal RNA  91.21 
 
 
1535 bp  1649    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00125257  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0144  16S ribosomal RNA  90.52 
 
 
1535 bp  1578    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0816172  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0001  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000442431  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0004  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000248814  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0013  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000146432  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0027  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000222685  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0030  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000656968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0061  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000486947  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0121  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000475957  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0128  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.000157224  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0133  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1535 bp  1602    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000510938  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0001  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1555 bp  1641    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00112036  hitchhiker  0.0000014858 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0007  16S ribosomal RNA  90.9 
 
 
1555 bp  1618    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0012678  normal  0.693673 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0016  16S ribosomal RNA  90.98 
 
 
1555 bp  1626    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0251895  hitchhiker  0.00000000270434 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0069  16S ribosomal RNA  91.28 
 
 
1555 bp  1657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00426901  normal  0.158282 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0120  16S ribosomal RNA  91.28 
 
 
1555 bp  1657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0520691  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0130  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1555 bp  1641    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0100831  normal  0.116315 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0136  16S ribosomal RNA  91.28 
 
 
1555 bp  1657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00000629377  hitchhiker  0.000146985 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0140  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1555 bp  1641    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00908549  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0143  16S ribosomal RNA  91.28 
 
 
1555 bp  1657    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.328707  normal  0.910288 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0001  16S ribosomal RNA  91.05 
 
 
1537 bp  1647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00518638  normal  0.485409 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0004  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1537 bp  1655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000279849  hitchhiker  0.00471183 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0014  16S ribosomal RNA  91.05 
 
 
1537 bp  1647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000324534  normal  0.0910098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0019  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1537 bp  1655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000962307  normal  0.557456 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0022  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1537 bp  1655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00001194  unclonable  0.0000109151 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0050  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1537 bp  1655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0125127  normal  0.898769 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0112  16S ribosomal RNA  91.13 
 
 
1537 bp  1655    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.0000370609  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0132  16S ribosomal RNA  91.05 
 
 
1537 bp  1647    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000703057  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0001  16S ribosomal RNA  99.81 
 
 
1539 bp  3027    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.144565  normal  0.0385705 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0006  16S ribosomal RNA  99.81 
 
 
1539 bp  3027    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00603294  normal  0.860525 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0013  16S ribosomal RNA  99.94 
 
 
1539 bp  3043    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0520018  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0030  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1539 bp  3051    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.0000311053  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0042  16S ribosomal RNA  99.94 
 
 
1539 bp  3043    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0730694  normal  0.056387 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0058  16S ribosomal RNA  99.81 
 
 
1539 bp  3027    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0091  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1539 bp  3051    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0103  16S ribosomal RNA  99.74 
 
 
1537 bp  3003    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0239124  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0107  16S ribosomal RNA  100 
 
 
1539 bp  3051    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.275652  normal  0.0239597 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_R0110  16S ribosomal RNA  99.94 
 
 
1539 bp  3043    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0155081  normal  0.0596493 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0001  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000407555  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0004  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000257645  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0008  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000302643  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0022  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000152089  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0073  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000705466  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0117  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000829511  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0121  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000422881  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0129  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000475348  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0138  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000000622632  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_R0142  16S ribosomal RNA  90.75 
 
 
1537 bp  1602    Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000521528  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0001  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 
1555 bp  1628    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00717512  normal  0.153342 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0009  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 
1557 bp  1628    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000155519  normal  0.051604 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0085  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 
1557 bp  1628    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000147539  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0104  16S ribosomal RNA  90.98 
 
 
1557 bp  1626    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00262578  normal  0.0215304 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0111  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 
1557 bp  1628    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0483873  hitchhiker  0.00158714 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_R0118  16S ribosomal RNA  91.14 
 
 
1557 bp  1628    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00013046  hitchhiker  0.000312087 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>