More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ping_3381 on replicon NC_008709
Organism: Psychromonas ingrahamii 37



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008709  Ping_3381  recombination protein RecA  100 
 
 
358 aa  728    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  unclonable  0.000000385109  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0981  recA protein  80.12 
 
 
358 aa  561  1.0000000000000001e-159  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02549  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0190601  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2835  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0246819  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3031  recombinase A  77.51 
 
 
353 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00473022  hitchhiker  0.000967818 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2980  recombinase A  77.51 
 
 
353 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.200628  decreased coverage  0.0000974758 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3015  recombinase A  77.51 
 
 
353 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  decreased coverage  0.0000000499102 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2948  recombinase A  77.51 
 
 
353 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2822  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0783343  decreased coverage  0.0000036093 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2983  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0313902  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3178  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0943419  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3174  recombinase A  80 
 
 
352 aa  560  1e-158  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0591186  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1013  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.580458  unclonable  0.0000000301114 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3138  recombinase A  77.51 
 
 
353 aa  560  1e-158  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000383703 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0996  recA protein  80.12 
 
 
363 aa  560  1e-158  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.579129  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02514  hypothetical protein  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0302057  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3946  recombinase A  79.39 
 
 
353 aa  557  1e-158  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.44116  normal  0.835205 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0990  recA protein  79.09 
 
 
353 aa  555  1e-157  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000616835  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3213  recombinase A  80.12 
 
 
357 aa  556  1e-157  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.996939  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4134  recA protein  75.37 
 
 
345 aa  552  1e-156  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00773385  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3240  recombinase A  79.7 
 
 
356 aa  552  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.245303  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1114  recombinase A  79.82 
 
 
357 aa  553  1e-156  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.239871  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3375  recombinase A  79.7 
 
 
356 aa  552  1e-156  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.376283  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0901  recombinase A  79.7 
 
 
356 aa  552  1e-156  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.741416  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1592  recA protein  80.24 
 
 
347 aa  550  1e-155  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03079  recombinase A  78.9 
 
 
348 aa  548  1e-155  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.353429  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3117  recombinase A  78.18 
 
 
355 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1195  recombinase A  77.54 
 
 
355 aa  541  1e-153  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.111178  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3430  recombinase A  77.88 
 
 
357 aa  542  1e-153  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3269  recombinase A  76.76 
 
 
355 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0841  recombinase A  80.31 
 
 
353 aa  542  1e-153  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0280148  unclonable  0.0000000182986 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1248  recombinase A  78.18 
 
 
355 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  unclonable  0.0000000000030102 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1208  recombinase A  77.88 
 
 
353 aa  543  1e-153  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1125  recombinase A  77.88 
 
 
357 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1196  recombinase A  77.88 
 
 
357 aa  542  1e-153  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2747  recombinase A  78.18 
 
 
357 aa  543  1e-153  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1126  recombinase A  77.88 
 
 
357 aa  541  1e-153  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3126  recombinase A  78.18 
 
 
355 aa  542  1e-153  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1616  recA protein  74.27 
 
 
348 aa  538  9.999999999999999e-153  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.445296  normal  0.968936 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0070  recombinase A  77.68 
 
 
354 aa  540  9.999999999999999e-153  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1300  recombinase A  76.33 
 
 
353 aa  539  9.999999999999999e-153  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000151962 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3340  recombinase A  76.95 
 
 
353 aa  538  9.999999999999999e-153  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0317597  unclonable  0.0000000139477 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0623  recA protein  74.49 
 
 
352 aa  539  9.999999999999999e-153  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.306263  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0634  recombinase A  77.04 
 
 
347 aa  536  1e-151  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.139362  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03513  recombinase A  76.67 
 
 
354 aa  537  1e-151  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3732  recA protein  73.2 
 
 
358 aa  531  1e-150  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000212043 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002519  RecA protein  77.78 
 
 
347 aa  534  1e-150  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2082  recombinase A  75.68 
 
 
347 aa  533  1e-150  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1062  recombinase A  76.06 
 
 
354 aa  533  1e-150  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1981  recombinase A  77.09 
 
 
349 aa  529  1e-149  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00686398 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1215  recombinase A  75.76 
 
 
353 aa  528  1e-149  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0206  recA protein  72.65 
 
 
350 aa  530  1e-149  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.613588  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1046  recombinase A  75.15 
 
 
355 aa  528  1e-149  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal  0.558521 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3259  recombinase A  78.92 
 
 
343 aa  526  1e-148  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1523  recombinase A  75.45 
 
 
346 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1288  recombinase A  74.78 
 
 
348 aa  523  1e-147  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1303  recombinase A  71.79 
 
 
355 aa  521  1e-147  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17530  recombinase A  75.45 
 
 
346 aa  523  1e-147  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3015  recombinase A  76.15 
 
 
347 aa  524  1e-147  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.514179  hitchhiker  0.000000000000973321 
 
 
-
 
NC_006368  lpp1765  recombinase A  75.08 
 
 
348 aa  519  1e-146  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1765  recombinase A  75.08 
 
 
348 aa  519  1e-146  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0924  DNA recombination protein, RecA  72.24 
 
 
342 aa  518  1e-146  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1629  recombinase A  75.23 
 
 
355 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.849206  normal  0.20246 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0988  recombinase A  74.85 
 
 
343 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1175  recombinase A  72.62 
 
 
352 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.214888 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1287  recombinase A  75.07 
 
 
343 aa  516  1.0000000000000001e-145  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.569427  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4030  recombinase A  75.23 
 
 
355 aa  517  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.104307  unclonable  0.0000000000000597568 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38560  recombinase A  75.77 
 
 
349 aa  516  1.0000000000000001e-145  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1231  recombinase A  75.23 
 
 
355 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00000000000176903 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0881  recombinase A  74.85 
 
 
343 aa  514  1.0000000000000001e-145  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.115374  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4088  recombinase A  75.23 
 
 
355 aa  516  1.0000000000000001e-145  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4033  recA protein  75.23 
 
 
354 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1378  recombinase A  75.23 
 
 
354 aa  513  1e-144  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0217782  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1732  recombinase A  76.47 
 
 
352 aa  512  1e-144  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0649106  normal  0.0921204 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0425  recA protein  70.03 
 
 
348 aa  511  1e-144  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0387  recA protein  75.93 
 
 
347 aa  509  1e-143  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2819  recombinase A  72.9 
 
 
366 aa  509  1e-143  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.737949  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2014  recombinase A  72.21 
 
 
352 aa  508  1e-143  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.306298 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0932  recA protein  74.77 
 
 
345 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1050  recA protein  74.77 
 
 
345 aa  508  1e-143  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.0444945 
 
 
-
 
NC_004310  BR1202  recombinase A  74.53 
 
 
361 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1165  recombinase A  74.53 
 
 
424 aa  505  9.999999999999999e-143  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.165606  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0570  recombinase A  78.4 
 
 
344 aa  506  9.999999999999999e-143  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.244041 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2558  recombinase A  73.91 
 
 
362 aa  505  9.999999999999999e-143  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.352201  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1483  recombinase A  75.68 
 
 
347 aa  506  9.999999999999999e-143  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1655  recombinase A  71.55 
 
 
354 aa  502  1e-141  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.384834  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0711  recombinase A  73.93 
 
 
345 aa  503  1e-141  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1833  recA protein  73.27 
 
 
363 aa  504  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0352919  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2169  recombinase A  73.91 
 
 
364 aa  502  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.423968  normal  0.0596488 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1958  recombinase A  73.6 
 
 
362 aa  501  1e-141  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.212458 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1986  recombinase A  74.22 
 
 
361 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1549  recA protein  73.27 
 
 
362 aa  503  1e-141  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  unclonable  0.00000000000205683  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2578  recA protein  76.6 
 
 
365 aa  503  1e-141  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.0869161  normal  0.0795722 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2403  recA protein  72.98 
 
 
343 aa  498  1e-140  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.104177  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1034  recombinase A  70.36 
 
 
343 aa  499  1e-140  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0682579  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1263  recombinase A  69.08 
 
 
360 aa  499  1e-140  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.778933  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2197  recombinase A  79.01 
 
 
364 aa  495  1e-139  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  hitchhiker  0.000000188561  hitchhiker  0.00000561972 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3956  recA protein  73.93 
 
 
384 aa  495  1e-139  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.544899  normal  0.165355 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0513  recA protein  71.12 
 
 
350 aa  491  9.999999999999999e-139  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.213728 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1986  recombinase A  72.14 
 
 
357 aa  493  9.999999999999999e-139  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.285484  normal  0.795588 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>