194 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_R0007 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_R0007  tRNA-Tyr  100 
 
 
86 bp  170  3e-41  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.624482 
 
 
-
 
NC_010830  Aasi_R0060  tRNA-Tyr  91.57 
 
 
83 bp  109  1e-22  Candidatus Amoebophilus asiaticus 5a2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2436  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2438  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2441  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2146  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2148  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2151  tRNA-Tyr  92.19 
 
 
86 bp  87.7  4e-16  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_R0060  tRNA-Tyr  88.52 
 
 
86 bp  65.9  0.000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_R0037  tRNA-Tyr  84.52 
 
 
86 bp  63.9  0.000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000333812  normal  0.463641 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0020  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000168001  normal 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_R0051  tRNA-Tyr  87.93 
 
 
88 bp  60  0.00000009  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  0.0589159  unclonable  6.439e-24 
 
 
-
 
NC_002939  tRNA-Tyr-1  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_R0005  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.309794  hitchhiker  0.000058152 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_R0019  tRNA-Tyr  86.89 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.172522  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0060  tRNA-Tyr  87.69 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.500822  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0021  tRNA-Tyr  86.15 
 
 
86 bp  58  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  unclonable  0.00000000000055523  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_R0044  tRNA-Tyr  87.69 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.0000161525  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_R0008  tRNA-Tyr  85.19 
 
 
85 bp  58  0.0000003  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_R0050  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_R0016  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_R0039  tRNA-Tyr  86.67 
 
 
86 bp  56  0.000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_R0019  tRNA-Tyr  94.44 
 
 
83 bp  56  0.000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00432304  decreased coverage  0.00738157 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_R0031  tRNA-Tyr  87.3 
 
 
85 bp  54  0.000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.219663 
 
 
-
 
NC_002950  PGt06  tRNA-Tyr  94.12 
 
 
86 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_002950  PGt10  tRNA-Tyr  94.12 
 
 
83 bp  52  0.00002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.882625 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_R0013  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_R0010  tRNA-Tyr  96.67 
 
 
85 bp  52  0.00002  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  decreased coverage  0.0000000473639  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08650  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000227775  hitchhiker  0.000532666 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0819  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  52  0.00002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.184478  n/a   
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_R0024  tRNA-Tyr  96.55 
 
 
86 bp  50.1  0.00009  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_R89  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000258457  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0357  tRNA-Tyr  100 
 
 
82 bp  50.1  0.00009  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.189784  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_R0008  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0166209  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_R0065  tRNA-Tyr  86.15 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000000135481  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_R0016  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00000373252  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_R0021  tRNA-Tyr  86.15 
 
 
82 bp  50.1  0.00009  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  hitchhiker  0.000000249749  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_R0023  tRNA-Tyr  86.89 
 
 
87 bp  50.1  0.00009  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  unclonable  0.00000000432297  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_R0042  tRNA-Tyr  93.94 
 
 
84 bp  50.1  0.00009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_R0011  tRNA-Tyr  87.72 
 
 
85 bp  50.1  0.00009  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0587696  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00075  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.0000048411  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4474  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.00000330783  hitchhiker  0.00000000000000918445 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0052  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.573549  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000017829  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4384  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.000000000000011593  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4471  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  hitchhiker  0.0000736073  hitchhiker  0.00060065 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4425  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.00000000181979  hitchhiker  0.0000468307 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0090  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000426682  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0083  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.0000525158  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00220808  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4663  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  6.25071e-16  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_R0063  tRNA-Tyr  85.94 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0528292  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_R0108  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000394419  hitchhiker  0.00222111 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4549  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.00000359327  hitchhiker  0.00000000000121072 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4352  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.000000588121  normal  0.720037 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_R0043  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.0000152746  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_R0004  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00000458141  normal  0.383106 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_R0054  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_R0037  tRNA-Tyr  87.5 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0466069  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5442  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  unclonable  0.00000000118281  hitchhiker  0.000431346 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0065  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.695286  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000806893  normal  0.021037 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_R0064  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.390421  hitchhiker  0.000177122 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_R0044  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.760185  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4718  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  1.22023e-22  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5101  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  48.1  0.0003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000185347  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_t00026  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.593643  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t006  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t045  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t046  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_t047  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_RNA69  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00000487503  normal  0.622642 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 
84 bp  46.1  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000444451  normal  0.406861 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0075  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_R0076  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_R0095  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000439573  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0010  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.00000000604621  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_R0069  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.304114  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0013  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.00000000166479  normal  0.0855349 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0092  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000450413  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0093  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000411147  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_R0094  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000444037  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0011  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00000044302  hitchhiker  0.000585411 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0070  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.157981  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0071  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0977282  normal  0.857098 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_R0072  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0964412  normal  0.850187 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t04  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t05  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_t06  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0012  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000467845  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0056  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.153406  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0057  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.172076  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_R0058  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.17611  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4231  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011802  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4232  tRNA-Tyr  100 
 
 
87 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.011561  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4288  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  1.10215e-17  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5031  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0188651  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_5032  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0306816  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_R0075  tRNA-Tyr  100 
 
 
85 bp  46.1  0.001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.510535  normal  0.249833 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>