More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Phep_1858 on replicon NC_013061
Organism: Pedobacter heparinus DSM 2366



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013061  Phep_1858  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  100 
 
 
316 aa  636    Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal  0.6942 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2461  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  61.22 
 
 
316 aa  380  1e-104  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1659  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  59.94 
 
 
319 aa  373  1e-102  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_08686  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  57.56 
 
 
318 aa  333  2e-90  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0061  putative D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  46.71 
 
 
301 aa  259  3e-68  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0064  putative D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  45.45 
 
 
301 aa  258  1e-67  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3521  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.72 
 
 
529 aa  226  5.0000000000000005e-58  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.598848  normal 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1428  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase NAD-binding  42.45 
 
 
306 aa  222  6e-57  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  0.137055  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1382  D-isomer specific 2-hydroxyacid dehydrogenase, NAD-binding  42.77 
 
 
308 aa  221  9.999999999999999e-57  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000550702  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3161  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.63 
 
 
532 aa  221  9.999999999999999e-57  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_1421  Phosphoglycerate dehydrogenase  43.91 
 
 
304 aa  219  3e-56  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.65 
 
 
525 aa  218  1e-55  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.436149 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3595  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.44 
 
 
531 aa  216  2.9999999999999998e-55  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.86096  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1685  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.07 
 
 
533 aa  215  8e-55  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.447631  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1629  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.07 
 
 
533 aa  215  8e-55  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002976  SERP1288  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.88 
 
 
531 aa  215  9e-55  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.605181  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1231  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.81 
 
 
529 aa  215  9e-55  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.325344  n/a   
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.75 
 
 
523 aa  215  9e-55  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1229  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.76 
 
 
533 aa  214  1.9999999999999998e-54  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.270378  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2650  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.98 
 
 
528 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0835  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.12 
 
 
523 aa  213  3.9999999999999995e-54  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2680  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.55 
 
 
540 aa  212  4.9999999999999996e-54  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1821  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.12 
 
 
523 aa  212  5.999999999999999e-54  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2618  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.58 
 
 
531 aa  212  7e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.497758  normal 
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1431  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.51 
 
 
523 aa  212  7.999999999999999e-54  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal  0.0875304 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0432  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  40.69 
 
 
524 aa  211  9e-54  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1082  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.12 
 
 
523 aa  211  1e-53  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2197  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  41.38 
 
 
525 aa  211  2e-53  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  decreased coverage  0.0000367655  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0020  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.68 
 
 
531 aa  209  3e-53  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1352  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.68 
 
 
534 aa  209  4e-53  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0616  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.24 
 
 
528 aa  209  4e-53  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.640549 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0639  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.68 
 
 
535 aa  209  4e-53  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.295873 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1826  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.5 
 
 
529 aa  209  6e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.94456 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0967  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.36 
 
 
526 aa  208  1e-52  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4196  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.49 
 
 
527 aa  208  1e-52  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1202  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.79 
 
 
528 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.661102  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0259  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.57 
 
 
529 aa  207  2e-52  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0112  phosphoglycerate dehydrogenase  39.38 
 
 
303 aa  206  3e-52  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0567  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.49 
 
 
523 aa  206  4e-52  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.5 
 
 
531 aa  205  8e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.570425  hitchhiker  0.00544887 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1760  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.4 
 
 
531 aa  205  9e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1520  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.14 
 
 
526 aa  205  1e-51  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0002199  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0261  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.06 
 
 
531 aa  204  1e-51  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3192  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.02 
 
 
531 aa  203  2e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0660  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.05 
 
 
535 aa  204  2e-51  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.288846 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3375  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.36 
 
 
652 aa  204  2e-51  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.973939 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6798  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.74 
 
 
531 aa  203  3e-51  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.902777  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0010  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.62 
 
 
527 aa  203  3e-51  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.155189  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3486  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.05 
 
 
531 aa  203  3e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.158391 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2852  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.81 
 
 
527 aa  203  4e-51  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00180336  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1089  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.19 
 
 
526 aa  202  6e-51  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.150639  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0672  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.74 
 
 
535 aa  202  7e-51  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.472751  normal  0.0431754 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0012  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.59 
 
 
526 aa  202  7e-51  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.578759  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2506  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.54 
 
 
528 aa  202  8e-51  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000305441 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6394  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.96 
 
 
531 aa  202  9e-51  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.224939 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4340  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.79 
 
 
526 aa  202  9e-51  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_0512  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.42 
 
 
525 aa  201  9.999999999999999e-51  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2385  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.34 
 
 
523 aa  201  9.999999999999999e-51  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  normal  0.917938  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0103  phosphoglycerate dehydrogenase  39.94 
 
 
303 aa  201  9.999999999999999e-51  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2138  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.96 
 
 
525 aa  201  1.9999999999999998e-50  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1269  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.62 
 
 
529 aa  200  1.9999999999999998e-50  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.0254425 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3063  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.69 
 
 
528 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.737613  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4106  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.71 
 
 
529 aa  200  1.9999999999999998e-50  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.885327  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_1779  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.59 
 
 
534 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  0.742834  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_1814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.59 
 
 
534 aa  200  3e-50  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.375906  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4789  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.65 
 
 
529 aa  200  3e-50  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_2164  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.74 
 
 
534 aa  200  3e-50  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3649  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.12 
 
 
526 aa  200  3e-50  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0277903  normal  0.752498 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_3021  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.05 
 
 
531 aa  199  5e-50  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.487247 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2087  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.89 
 
 
535 aa  199  5e-50  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0521319  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2306  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  39.69 
 
 
531 aa  199  6e-50  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.551653  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4467  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.85 
 
 
526 aa  199  6e-50  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0468875  normal 
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1850  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.34 
 
 
527 aa  199  7e-50  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0710  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.61 
 
 
542 aa  198  7.999999999999999e-50  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.196237  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0786  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.89 
 
 
527 aa  198  9e-50  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3546  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.6 
 
 
531 aa  197  1.0000000000000001e-49  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1315  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.02 
 
 
529 aa  198  1.0000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.357791 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0014  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.44 
 
 
526 aa  198  1.0000000000000001e-49  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  decreased coverage  0.00744014  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1119  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.56 
 
 
529 aa  197  2.0000000000000003e-49  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.480596  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2968  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.94 
 
 
529 aa  196  3e-49  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_2694  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.58 
 
 
534 aa  196  4.0000000000000005e-49  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.835584  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1084  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.1 
 
 
524 aa  196  4.0000000000000005e-49  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  hitchhiker  0.00214537  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3620  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  38.85 
 
 
525 aa  196  4.0000000000000005e-49  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.737909  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3905  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.71 
 
 
529 aa  195  8.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0814  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.07 
 
 
529 aa  195  8.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.119542  normal 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_0922  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.16 
 
 
527 aa  195  9e-49  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0039  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.27 
 
 
525 aa  195  1e-48  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  hitchhiker  0.00530837  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0009  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.5 
 
 
530 aa  195  1e-48  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0352108  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0480  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.66 
 
 
525 aa  194  1e-48  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1436  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.14 
 
 
524 aa  194  1e-48  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0900  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.16 
 
 
527 aa  194  1e-48  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2813  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.62 
 
 
532 aa  194  2e-48  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_1224  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.86 
 
 
523 aa  194  2e-48  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1188  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  36.45 
 
 
526 aa  193  3e-48  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1569  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.3 
 
 
525 aa  193  4e-48  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0970  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.83 
 
 
527 aa  192  5e-48  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0439  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.06 
 
 
532 aa  192  6e-48  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0587451  normal  0.906143 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_08910  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.28 
 
 
531 aa  192  9e-48  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3100  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  37.54 
 
 
525 aa  191  1e-47  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.659114 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3318  D-3-phosphoglycerate dehydrogenase  35.81 
 
 
531 aa  191  1e-47  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.677421  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>