More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_4392 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
BN001304  ANIA_10901  hypothetical glycine cleavage system P protein (Eurofung)  53.46 
 
 		 1058 aa  981    Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.0302112 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02735  glycine dehydrogenase  59.85 
 
 		 957 aa  1133    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.168322  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0789  glycine dehydrogenase  59.85 
 
 		 957 aa  1134    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1936  glycine dehydrogenase  62.62 
 
 		 964 aa  1139    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0995086  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3312  glycine dehydrogenase  66.39 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0988  glycine dehydrogenase  87.63 
 
 		 951 aa  1615    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5192  glycine dehydrogenase  60.46 
 
 		 957 aa  1099    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG1305  glycine dehydrogenase  51.42 
 
 		 955 aa  929    Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_21381  glycine dehydrogenase  54.83 
 
 		 968 aa  1031    Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.102572  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2871  glycine dehydrogenase  58.57 
 
 		 948 aa  1082    Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3929  glycine dehydrogenase  66.49 
 
 		 975 aa  1235    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0910742  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3295  glycine dehydrogenase  64.8 
 
 		 982 aa  1189    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3398  glycine dehydrogenase  58.36 
 
 		 952 aa  1085    Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.0619508  normal  0.284605 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1276  glycine dehydrogenase  57.92 
 
 		 965 aa  1121    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3846  glycine dehydrogenase  61.21 
 
 		 956 aa  1166    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0725  glycine dehydrogenase  58.62 
 
 		 932 aa  1045    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0781  glycine dehydrogenase  59.43 
 
 		 962 aa  1117    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1276  glycine dehydrogenase  89.45 
 
 		 954 aa  1659    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.42567  n/a   
 
 
-
 
NC_009364  OSTLU_26284  predicted protein  55.72 
 
 		 976 aa  1085    Ostreococcus lucimarinus CCE9901  Eukaryota  normal  0.0122884  normal  0.247759 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2297  glycine dehydrogenase  58.65 
 
 		 956 aa  1051    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.81309  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2377  glycine dehydrogenase  58.9 
 
 		 938 aa  1075    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  0.130183  normal  1 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2993  glycine dehydrogenase  66.39 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0619  glycine dehydrogenase  59.64 
 
 		 962 aa  1114    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009042  PICST_75631  Glycine cleavage system protein  49.8 
 
 		 1033 aa  959    Scheffersomyces stipitis CBS 6054  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006685  CNC01070  glycine dehydrogenase mitochondrial precursor, putative  52.3 
 
 		 1047 aa  997    Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  0.540229  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1096  glycine dehydrogenase  89.66 
 
 		 954 aa  1654    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0796  glycine dehydrogenase  55.29 
 
 		 965 aa  998    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.477642  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2465  glycine dehydrogenase  58.87 
 
 		 963 aa  1113    Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.421372  normal  0.628025 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1398  glycine dehydrogenase  62.11 
 
 		 957 aa  1116    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.67826  n/a   
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_1267  glycine dehydrogenase  55.15 
 
 		 968 aa  1033    Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  0.561773  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3331  glycine dehydrogenase  65.56 
 
 		 976 aa  1226    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009091  P9301_18581  glycine dehydrogenase  50.16 
 
 		 969 aa  947    Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1284  glycine dehydrogenase  62.2 
 
 		 954 aa  1106    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.195938  normal  0.140607 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2762  glycine dehydrogenase  63.78 
 
 		 974 aa  1214    Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0129  glycine dehydrogenase  66.39 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0870  glycine dehydrogenase  59.7 
 
 		 956 aa  1066    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.597554  normal  0.602316 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4392  glycine dehydrogenase  100 
 
 		 950 aa  1962    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.142665 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5426  glycine dehydrogenase  60.25 
 
 		 957 aa  1081    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.447086  normal  0.0408977 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2195  glycine dehydrogenase  59.49 
 
 		 956 aa  1062    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3323  glycine dehydrogenase  66.81 
 
 		 975 aa  1246    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1345  glycine dehydrogenase  84.78 
 
 		 950 aa  1533    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_2188  glycine dehydrogenase  57.88 
 
 		 958 aa  1060    Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3209  glycine dehydrogenase  59.96 
 
 		 962 aa  1125    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.294821  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_2538  glycine dehydrogenase  58.18 
 
 		 960 aa  1038    Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3959  glycine dehydrogenase  62.22 
 
 		 970 aa  1131    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.0444417 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3322  glycine dehydrogenase  60.73 
 
 		 957 aa  1134    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1760  glycine dehydrogenase  49.95 
 
 		 969 aa  929    Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_2047  glycine dehydrogenase  60.67 
 
 		 953 aa  1119    Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4865  glycine dehydrogenase  62.88 
 
 		 964 aa  1201    'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2685  glycine dehydrogenase  61.22 
 
 		 964 aa  1123    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.941593 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0445  glycine dehydrogenase  55.85 
 
 		 949 aa  1041    Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3253  glycine dehydrogenase  66.49 
 
 		 975 aa  1259    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3058  glycine dehydrogenase  66.39 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.451786  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4065  glycine dehydrogenase  55.27 
 
 		 1072 aa  1018    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3740  glycine dehydrogenase  61.96 
 
 		 964 aa  1140    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.872567 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3622  glycine dehydrogenase  59.57 
 
 		 943 aa  1084    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.290063  normal  0.0837915 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3021  glycine dehydrogenase  61.57 
 
 		 967 aa  1113    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.482366  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2476  glycine dehydrogenase  60.5 
 
 		 964 aa  1152    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1568  glycine dehydrogenase  61.08 
 
 		 957 aa  1105    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.34808  decreased coverage  0.000847802 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1866  glycine dehydrogenase  59.29 
 
 		 1014 aa  1127    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.276293  normal  0.279729 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0054  glycine dehydrogenase  65.83 
 
 		 978 aa  1245    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0835  glycine dehydrogenase  58.84 
 
 		 984 aa  1118    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1731  glycine dehydrogenase  61.87 
 
 		 964 aa  1135    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0573168  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1811  glycine dehydrogenase  60.59 
 
 		 966 aa  1143    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1618  glycine dehydrogenase  61.51 
 
 		 958 aa  1123    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.89287  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0803  glycine dehydrogenase  55.5 
 
 		 965 aa  999    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.231271  normal  0.787561 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3482  glycine dehydrogenase  65.24 
 
 		 974 aa  1237    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3062  glycine dehydrogenase  58.63 
 
 		 962 aa  1100    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1907  glycine dehydrogenase  60.27 
 
 		 954 aa  1088    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0543112  normal  0.0739676 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2391  glycine dehydrogenase  60 
 
 		 949 aa  1137    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.572716  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3147  glycine dehydrogenase  62.07 
 
 		 988 aa  1159    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.661802  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2911  glycine dehydrogenase  66.81 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2840  glycine dehydrogenase  58.57 
 
 		 948 aa  1080    Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.228182  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1431  glycine dehydrogenase  61.04 
 
 		 1003 aa  1139    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.961766  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3590  glycine dehydrogenase  59.19 
 
 		 969 aa  1129    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.194839  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4266  glycine dehydrogenase  58.83 
 
 		 948 aa  1070    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1016  glycine dehydrogenase  59.62 
 
 		 931 aa  1058    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.539907  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1021  glycine dehydrogenase  56.4 
 
 		 966 aa  1050    Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_5031  glycine dehydrogenase  62.18 
 
 		 974 aa  1177    Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3329  glycine dehydrogenase  59.22 
 
 		 962 aa  1114    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0624  glycine dehydrogenase  59.43 
 
 		 962 aa  1115    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.893513  normal  1 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_4000  glycine dehydrogenase  65.97 
 
 		 970 aa  1219    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3149  glycine dehydrogenase  59.11 
 
 		 962 aa  1102    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.333278  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1544  glycine dehydrogenase  66.39 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1094  glycine dehydrogenase  56.14 
 
 		 931 aa  1026    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0703141  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0131  glycine dehydrogenase  66.49 
 
 		 975 aa  1228    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33000  glycine dehydrogenase  82.7 
 
 		 959 aa  1540    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00002452 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68850  glycine dehydrogenase  61.03 
 
 		 958 aa  1112    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0764  glycine dehydrogenase  56.87 
 
 		 950 aa  1061    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0144  glycine dehydrogenase  66.81 
 
 		 975 aa  1233    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_28901  glycine dehydrogenase  56.99 
 
 		 982 aa  1070    Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.624172 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3499  glycine dehydrogenase  59.85 
 
 		 962 aa  1122    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1222  glycine dehydrogenase  57.04 
 
 		 964 aa  1044    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.117905  normal  1 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_18771  glycine dehydrogenase  50.05 
 
 		 969 aa  946    Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_18581  glycine dehydrogenase  50.58 
 
 		 969 aa  937    Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2346  glycine dehydrogenase  59.83 
 
 		 942 aa  1061    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.301239  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2709  glycine dehydrogenase  57.95 
 
 		 971 aa  1057    Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.142199  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2719  glycine dehydrogenase  60.48 
 
 		 962 aa  1130    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.740696  normal  0.477847 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2884  glycine dehydrogenase  58.57 
 
 		 948 aa  1080    Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.198061  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2729  glycine dehydrogenase  60.08 
 
 		 966 aa  1157    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  0.0797455 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>