More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2765 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2765  integrase catalytic subunit  100 
 
 
386 aa  799    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.936307  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3059  integrase catalytic subunit  98.25 
 
 
342 aa  694    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.0490355 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4334  Fis family transcriptional regulator  78.24 
 
 
386 aa  616  1e-175  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1190  integrase  78.44 
 
 
386 aa  613  9.999999999999999e-175  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.216917  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4203  integrase  77.46 
 
 
386 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1433  integrase catalytic subunit  77.2 
 
 
386 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3959  integrase catalytic subunit  77.2 
 
 
386 aa  602  1.0000000000000001e-171  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3419  integrase catalytic region  75.65 
 
 
386 aa  585  1e-166  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0492382  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1754  integrase catalytic region  71.5 
 
 
386 aa  555  1e-157  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.86382 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1238  integrase catalytic subunit  54.66 
 
 
386 aa  428  1e-119  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6587  integrase catalytic region  54.55 
 
 
385 aa  414  1e-114  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2225  integrase catalytic subunit  58.08 
 
 
370 aa  411  1e-113  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6641  integrase catalytic region  54.29 
 
 
385 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000123291 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0741  putative transposase IS30  54.84 
 
 
385 aa  403  1e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.18405  normal  0.376382 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1692  integrase catalytic subunit  52.55 
 
 
380 aa  394  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.204308  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1836  integrase catalytic subunit  52.55 
 
 
380 aa  393  1e-108  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.100026  n/a   
 
 
-
 
NC_009786  EcE24377A_F0022  IS30, transposase  48.15 
 
 
383 aa  356  3.9999999999999996e-97  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3350  Integrase catalytic region  48.15 
 
 
383 aa  355  5e-97  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2241  Integrase catalytic region  47.88 
 
 
383 aa  354  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.954836  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3717  Integrase catalytic region  47.88 
 
 
383 aa  354  1e-96  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0736  integrase catalytic region  47.88 
 
 
383 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2624  integrase catalytic region  47.88 
 
 
383 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.639858  hitchhiker  0.000399148 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2254  integrase catalytic region  47.88 
 
 
383 aa  354  1e-96  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.173899  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2677  transposase InsI for insertion sequence element IS30B/C/D  50.77 
 
 
354 aa  323  3e-87  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.151074  normal  0.0236339 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03536  IS30 transposase  46.8 
 
 
374 aa  318  7e-86  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.727826  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03481  hypothetical protein  46.8 
 
 
374 aa  318  7e-86  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.606707  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_4210  integrase  53.09 
 
 
326 aa  318  9e-86  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4295  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
496 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0160339  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_0614  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
519 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.579787 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4676  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
519 aa  306  3e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.118167 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4037  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
519 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.389495  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4112  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
519 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.062727  normal  0.815886 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4673  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
519 aa  306  4.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.546671 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4381  integrase catalytic subunit  50.88 
 
 
525 aa  306  5.0000000000000004e-82  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.272943  normal  0.570588 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_22920  transposase, IS30 family  48.77 
 
 
385 aa  303  3.0000000000000004e-81  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.200558 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_15120  transposase, IS30 family  48.47 
 
 
385 aa  301  1e-80  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.0851499  normal  0.892726 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0690  Integrase catalytic region  52.05 
 
 
409 aa  300  2e-80  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3879  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  299  7e-80  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1540  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.790818  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2697  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1947  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.666461  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1842  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.112569  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1134  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.34752  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2955  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.0298669  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_3459  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  decreased coverage  0.00200761  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4088  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_4055  Integrase catalytic region  51.7 
 
 
457 aa  298  1e-79  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3082  integrase catalytic subunit  64.13 
 
 
253 aa  292  7e-78  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_20930  transpose, IS30 family  43.11 
 
 
480 aa  291  1e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_00500  transposase, IS30 family  43.11 
 
 
480 aa  291  1e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5430  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
414 aa  290  4e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  normal  0.270049 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0065  integrase catalytic subunit  43.47 
 
 
479 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0573  integrase catalytic subunit  43.47 
 
 
479 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2030  integrase catalytic subunit  43.47 
 
 
479 aa  290  4e-77  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5603  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
437 aa  289  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.155715  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5827  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
437 aa  289  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.382461 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5986  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
437 aa  289  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00996112 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_6004  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
437 aa  289  5.0000000000000004e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000000366902 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_17810  transposase, IS30 family  44.7 
 
 
465 aa  289  6e-77  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal  0.749123 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0560  IS30 family transposase  48.91 
 
 
423 aa  289  7e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.404036  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1270  IS30 family transposase  48.91 
 
 
423 aa  289  7e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0058  IS30 family transposase  48.91 
 
 
423 aa  289  7e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0255  IS30 family transposase  48.91 
 
 
423 aa  289  7e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.455504  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0508  IS30 family transposase  48.91 
 
 
423 aa  289  7e-77  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4666  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
474 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008147  Mmcs_5505  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
474 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.334264  normal 
 
 
-
 
NC_008704  Mkms_5906  integrase catalytic subunit  43.72 
 
 
474 aa  288  8e-77  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.872405  normal  0.876149 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3475  hypothetical protein  43.25 
 
 
402 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.214234 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3408  putative transposase IS30  45.25 
 
 
320 aa  279  7e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4426  integrase catalytic region  42.71 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.179177  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4468  integrase catalytic region  42.71 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3232  integrase catalytic subunit  42.71 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.495092 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3406  integrase catalytic region  42.71 
 
 
465 aa  278  1e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4255  integrase catalytic region  42.71 
 
 
465 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000703282 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4206  integrase catalytic region  42.71 
 
 
465 aa  277  2e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_21080  transposase, IS30 family  42.64 
 
 
453 aa  276  4e-73  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.656818  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0893  integrase catalytic region  42.44 
 
 
465 aa  276  5e-73  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.157444  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2801  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1446  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2900  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6732  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.120235 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3368  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1496  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4011  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0582  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00633094 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4006  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5592  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1723  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3807  integrase catalytic region  40.36 
 
 
466 aa  276  6e-73  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.123497  normal 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4467  integrase catalytic region  40.05 
 
 
466 aa  275  9e-73  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6913  integrase catalytic region  43.19 
 
 
466 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_2519  integrase catalytic region  40.55 
 
 
481 aa  275  1.0000000000000001e-72  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.352374  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0481  integrase catalytic subunit  46.31 
 
 
401 aa  265  7e-70  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.103123 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_1531  integrase catalytic subunit  43.04 
 
 
399 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.205612  normal  0.437676 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4654  integrase catalytic subunit  43.04 
 
 
399 aa  265  1e-69  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.432524  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0382  integrase catalytic subunit  46.22 
 
 
401 aa  264  2e-69  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.0329218 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3640  integrase  44.48 
 
 
343 aa  262  6e-69  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3165  Integrase catalytic region  44.41 
 
 
356 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3055  Integrase catalytic region  44.41 
 
 
356 aa  262  8e-69  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_5954  transposase ISRme10  45.34 
 
 
336 aa  261  1e-68  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0246651 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>