123 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2303 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_03417  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0145  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3002  xylose isomerase  89.24 
 
 		 438 aa  830    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.123977  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2883  xylose isomerase  90.39 
 
 		 438 aa  819    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.587252 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2303  xylose isomerase  100 
 
 		 438 aa  917    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.618327  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2622  xylose isomerase  71.17 
 
 		 440 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.527813 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6506  xylose isomerase  69.11 
 
 		 440 aa  647    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.254155  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3726  xylose isomerase  70.11 
 
 		 439 aa  656    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.658908  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0587  xylose isomerase  68.58 
 
 		 441 aa  652    Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6332  xylose isomerase  69.79 
 
 		 440 aa  652    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6740  xylose isomerase  69.11 
 
 		 440 aa  647    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0817214  normal  0.561733 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0156  xylose isomerase  67.82 
 
 		 440 aa  649    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1876  xylose isomerase  70.18 
 
 		 439 aa  664    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.554303  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4102  xylose isomerase  68.28 
 
 		 439 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3768  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.986128  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4061  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  646    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0098  xylose isomerase  69.2 
 
 		 439 aa  652    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4437  xylose isomerase  69.66 
 
 		 440 aa  659    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4207  xylose isomerase  69.11 
 
 		 440 aa  650    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.173601  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4161  xylose isomerase  68.28 
 
 		 439 aa  646    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.667715  normal  0.0336803 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0056  xylose isomerase  68.28 
 
 		 439 aa  646    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0149  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3888  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6329  xylose isomerase  69.11 
 
 		 440 aa  647    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.158515  normal  1 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6032  xylose isomerase  70.02 
 
 		 440 aa  652    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.383264  normal  0.793977 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2342  xylose isomerase  69.34 
 
 		 441 aa  656    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.158471 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3959  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  646    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6633  xylose isomerase  70.48 
 
 		 440 aa  662    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3939  xylose isomerase  68.74 
 
 		 440 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.619988 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3984  xylose isomerase  68.74 
 
 		 440 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3857  xylose isomerase  68.74 
 
 		 440 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3875  xylose isomerase  68.74 
 
 		 440 aa  649    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4044  xylose isomerase  68.74 
 
 		 440 aa  650    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.177538 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4941  xylose isomerase  68.28 
 
 		 440 aa  646    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.0307022 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0078  xylose isomerase  70.11 
 
 		 439 aa  659    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03368  hypothetical protein  68.28 
 
 		 440 aa  645    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0060  xylose isomerase  69.2 
 
 		 439 aa  644    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4155  xylose isomerase  69.43 
 
 		 440 aa  658    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2338  xylose isomerase  68.88 
 
 		 440 aa  634  1e-180  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0773804  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2789  xylose isomerase  60.14 
 
 		 436 aa  556  1e-157  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3411  xylose isomerase  60.6 
 
 		 435 aa  555  1e-157  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0547  xylose isomerase  60.37 
 
 		 435 aa  553  1e-156  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0549  xylose isomerase  60.14 
 
 		 435 aa  551  1e-156  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0757  xylose isomerase  59.72 
 
 		 437 aa  551  1e-155  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3832  xylose isomerase  59.68 
 
 		 435 aa  549  1e-155  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.100149  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1733  xylose isomerase  58.55 
 
 		 436 aa  545  1e-154  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.382603  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0029  xylose isomerase  57.83 
 
 		 436 aa  541  9.999999999999999e-153  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.280107  normal  0.273997 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3411  xylose isomerase  58.53 
 
 		 436 aa  540  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3709  xylose isomerase  58.29 
 
 		 436 aa  541  9.999999999999999e-153  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.917733 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2820  xylose isomerase  57.6 
 
 		 436 aa  533  1e-150  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.489798  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2615  xylose isomerase  57.37 
 
 		 433 aa  519  1e-146  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.242694 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2714  xylose isomerase  57.24 
 
 		 440 aa  518  1.0000000000000001e-145  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0757735  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1176  xylose isomerase  57.6 
 
 		 433 aa  511  1e-144  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0800628  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2838  xylose isomerase  57.83 
 
 		 433 aa  513  1e-144  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0695629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1996  xylose isomerase  56.68 
 
 		 434 aa  513  1e-144  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00412566  normal  0.553751 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0454  xylose isomerase  58.52 
 
 		 399 aa  498  1e-140  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1219  xylose isomerase  50.23 
 
 		 438 aa  486  1e-136  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  decreased coverage  0.00000357804  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1757  xylose isomerase  52.17 
 
 		 444 aa  482  1e-135  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19530  xylose isomerase  51.49 
 
 		 439 aa  482  1e-135  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3039  xylose isomerase  50.69 
 
 		 440 aa  471  1e-132  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0153  xylose isomerase  49.43 
 
 		 438 aa  471  1.0000000000000001e-131  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_3429  xylose isomerase  50.35 
 
 		 439 aa  469  1.0000000000000001e-131  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.456821  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1124  xylose isomerase  49.54 
 
 		 444 aa  463  1e-129  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0000286004  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00110  xylose isomerase  50.69 
 
 		 445 aa  463  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03848  xylose isomerase  50.69 
 
 		 445 aa  463  1e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1604  xylose isomerase  50.46 
 
 		 442 aa  463  1e-129  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1929  xylose isomerase  51.15 
 
 		 442 aa  464  1e-129  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.116682  normal  0.849458 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1162  xylose isomerase  48.86 
 
 		 444 aa  459  9.999999999999999e-129  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  hitchhiker  0.000276678  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0603  xylose isomerase  49.43 
 
 		 438 aa  461  9.999999999999999e-129  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2443  xylose isomerase  50.92 
 
 		 438 aa  461  9.999999999999999e-129  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_2180  xylose isomerase  49.31 
 
 		 441 aa  457  1e-127  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  decreased coverage  0.000174675  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2001  xylose isomerase  50.8 
 
 		 441 aa  451  1e-125  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2504  xylose isomerase  48.28 
 
 		 443 aa  446  1.0000000000000001e-124  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.149653  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4384  xylose isomerase  50.57 
 
 		 446 aa  448  1.0000000000000001e-124  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0452947  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1287  xylose isomerase  49.08 
 
 		 437 aa  446  1.0000000000000001e-124  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0349  xylose isomerase  49.31 
 
 		 443 aa  439  9.999999999999999e-123  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011694  PHATRDRAFT_30786  xylose isomerase  48.5 
 
 		 445 aa  429  1e-119  Phaeodactylum tricornutum CCAP 1055/1  Eukaryota  normal  0.133263  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4723  xylose isomerase  49.54 
 
 		 442 aa  430  1e-119  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0226  xylose isomerase  48.39 
 
 		 438 aa  424  1e-117  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.829605  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2688  xylose isomerase  47.72 
 
 		 445 aa  419  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2210  xylose isomerase  45.64 
 
 		 445 aa  414  1e-114  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0130  xylose isomerase  45.24 
 
 		 448 aa  393  1e-108  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  decreased coverage  0.00829449  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1871  xylose isomerase  41.91 
 
 		 449 aa  384  1e-105  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  0.322052  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1596  xylose isomerase  48.75 
 
 		 389 aa  335  1e-90  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6687  xylose isomerase  28.16 
 
 		 389 aa  106  9e-22  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.39813 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0987  xylose isomerase  26.69 
 
 		 390 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1247  xylose isomerase  25.33 
 
 		 382 aa  103  6e-21  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0704  xylose isomerase  25.87 
 
 		 386 aa  99.8  1e-19  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2985  xylose isomerase  27.27 
 
 		 396 aa  98.6  2e-19  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0777216  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_22690  xylose isomerase  27.91 
 
 		 389 aa  98.2  3e-19  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1262  xylose isomerase  30.24 
 
 		 382 aa  95.5  2e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00467888 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0150  xylose isomerase  27.5 
 
 		 381 aa  94.7  3e-18  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.0857233 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_2430  xylose isomerase  28.33 
 
 		 395 aa  94.4  4e-18  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.404245  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0645  xylose isomerase  26.89 
 
 		 396 aa  94  5e-18  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.12173  normal  0.0105473 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_5294  xylose isomerase  28.65 
 
 		 407 aa  92  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.196576 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0695  xylose isomerase  25.76 
 
 		 387 aa  91.7  2e-17  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00591309 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_2618  xylose isomerase  27.6 
 
 		 389 aa  91.3  3e-17  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014211  Ndas_5559  xylose isomerase  27.84 
 
 		 385 aa  90.9  4e-17  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.324328 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_2827  xylose isomerase  28.25 
 
 		 384 aa  90.9  4e-17  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_2064  xylose isomerase  27.56 
 
 		 407 aa  90.9  5e-17  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>