60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_2020 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_2020  lipopolysaccharide biosynthesis  100 
 
 		 530 aa  1083    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.607405  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_05370  lipopolysaccharide biosynthesis protein  53.8 
 
 		 529 aa  514  1e-144  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.138893  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2880  lipopolysaccharide biosynthesis  24.32 
 
 		 487 aa  85.9  0.000000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2592  lipopolysaccharide biosynthesis  20.79 
 
 		 790 aa  61.6  0.00000003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1464  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  22.29 
 
 		 804 aa  60.8  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000029273  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2999  non-specific protein-tyrosine kinase  20.52 
 
 		 738 aa  60.1  0.0000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.821913  normal  0.521922 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1663  lipopolysaccharide biosynthesis  27.7 
 
 		 445 aa  58.5  0.0000003  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.861892  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3177  hypothetical protein  22.7 
 
 		 726 aa  56.6  0.000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0149  chain length determinant protein  30.32 
 
 		 472 aa  55.1  0.000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.22388  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4938  capsular exopolysaccharide family  30.72 
 
 		 750 aa  53.9  0.000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.831467 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2366  chain length determinant protein EpsF  28.48 
 
 		 472 aa  53.5  0.000009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0835  protein-tyrosine kinase  20.35 
 
 		 743 aa  53.1  0.00001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2815  lipopolysaccharide biosynthesis  22.92 
 
 		 770 aa  52.4  0.00002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.631673  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2644  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  20.93 
 
 		 739 aa  52.4  0.00002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.450164  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1960  lipopolysaccharide biosynthesis protein  23.21 
 
 		 704 aa  51.6  0.00004  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.38724  normal  0.0240041 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3532  exopolysaccharide biosythesis protein PslE  22.18 
 
 		 663 aa  50.1  0.00009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.393187  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2733  chain length determinant protein  23.41 
 
 		 475 aa  49.7  0.0001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.0768542 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2405  lipopolysaccharide biosynthesis  17.83 
 
 		 872 aa  50.1  0.0001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.7217  normal  0.305257 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0362  capsular exopolysaccharide family  26.11 
 
 		 753 aa  49.3  0.0002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0511737 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0897  capsular exopolysaccharide family  34.33 
 
 		 496 aa  49.3  0.0002  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.240779  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3777  capsular exopolysaccharide family  24.05 
 
 		 782 aa  48.9  0.0002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1363  lipopolysaccharide biosynthesis  29.2 
 
 		 464 aa  48.5  0.0003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.0000148306  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3281  polysaccharide chain length determinant protein, PEP-CTERM locus subfamily  21.81 
 
 		 514 aa  48.5  0.0003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.308326  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1539  uncharacterized exopolysaccharide biosynthesis protein  27.74 
 
 		 730 aa  47.8  0.0005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1490  protein-tyrosine kinase  26.21 
 
 		 734 aa  47.8  0.0006  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1694  capsular exopolysaccharide family  20 
 
 		 779 aa  47.4  0.0007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.648011  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0243  lipopolysaccharide biosynthesis  28.46 
 
 		 463 aa  47.4  0.0007  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2191  tyrosine-protein kinase etk  23.89 
 
 		 722 aa  47  0.0008  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.0000000174737  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6733  exopolysaccharide tyrosine-protein kinase  22.48 
 
 		 800 aa  47  0.0008  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3006  hypothetical protein  21.94 
 
 		 662 aa  47  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0885595  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0649  putative lipopolysaccharide biosynthesis tyrosine kinase  30.77 
 
 		 753 aa  46.6  0.001  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.518055 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1666  exopolysaccharide polymerization/transport protein  24.31 
 
 		 747 aa  46.6  0.001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4959  chain length regulator (capsular polysaccharide biosynthesis)  36 
 
 		 247 aa  47  0.001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000799386  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3538  lipopolysaccharide biosynthesis protein  34.85 
 
 		 563 aa  46.2  0.001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.274644  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4610  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.24 
 
 		 785 aa  46.6  0.001  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.389826  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_4111  capsular exopolysaccharide family  36.62 
 
 		 741 aa  46.2  0.001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01392  exopolysaccharide xanthan biosynthesis chain length determinant protein GumC  25.73 
 
 		 472 aa  47  0.001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.402956  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3275  lipopolysaccharide biosynthesis protein  32.26 
 
 		 247 aa  45.8  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000161203  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4089  capsular exopolysaccharide family  24.03 
 
 		 759 aa  45.8  0.002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.286783 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3552  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.37 
 
 		 764 aa  45.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.510582 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1529  lipopolysaccharide biosynthesis protein  21.98 
 
 		 499 aa  45.4  0.002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.417351  normal  0.787059 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0282  polysaccharide chain length determinant protein  27.54 
 
 		 511 aa  45.8  0.002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0101  polysaccharide accessory transport protein, putative  31.01 
 
 		 572 aa  45.1  0.003  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0854  exopolysaccharide transport protein family  27.12 
 
 		 709 aa  45.4  0.003  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.298615 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0093  putative polysaccharide accessory transport protein  31.01 
 
 		 572 aa  45.1  0.003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1135  lipopolysaccharide biosynthesis protein  25.23 
 
 		 745 aa  45.4  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1225  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.63 
 
 		 724 aa  44.7  0.004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0867598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3304  lipopolysaccharide biosynthesis  21.03 
 
 		 663 aa  45.1  0.004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.417507  normal  0.816592 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0472  lipopolysaccharide biosynthesis protein  26.32 
 
 		 355 aa  45.1  0.004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_35690  hypothetical protein  22.06 
 
 		 662 aa  44.7  0.004  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0001855  hitchhiker  6.19031e-17 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1713  protein-tyrosine kinase  26.32 
 
 		 731 aa  44.3  0.005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  decreased coverage  0.000917303  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1313  lipopolysaccharide biosynthesis protein  20.1 
 
 		 726 aa  44.3  0.006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2286  capsular exopolysaccharide family  23.58 
 
 		 784 aa  43.9  0.006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5452  chain length regulator  34 
 
 		 247 aa  44.3  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00443539  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4243  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.78 
 
 		 595 aa  43.9  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5399  chain length determinant protein  28.81 
 
 		 247 aa  43.9  0.007  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0873019  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1178  exopolysaccharide export protein, putative, interruption-C  20.65 
 
 		 527 aa  43.9  0.007  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.704775  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2236  lipopolysaccharide biosynthesis protein  31.88 
 
 		 227 aa  43.9  0.008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3405  lipopolysaccharide biosynthesis protein  27.62 
 
 		 588 aa  43.5  0.009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.321233 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1906  non-specific protein-tyrosine kinase  20.12 
 
 		 756 aa  43.5  0.01  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.320046  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>