60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pfl01_0013 on replicon NC_007492
Organism: Pseudomonas fluorescens Pf0-1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007492  Pfl01_0013  hypothetical protein  100 
 
 		 104 aa  209  7e-54  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00540742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00160  TPR repeat-containing protein  75.96 
 
 		 105 aa  160  8.000000000000001e-39  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0015  TPR domain-containing protein  75.96 
 
 		 104 aa  157  6e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0051  TPR repeat-containing protein  73 
 
 		 104 aa  149  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0080  tetratricopeptide domain-containing protein  75.25 
 
 		 102 aa  147  4e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.163561  hitchhiker  0.00000000000757426 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0083  TPR repeat-containing protein  75.25 
 
 		 102 aa  147  7e-35  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.50356  hitchhiker  0.0000000163177 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46510  hypothetical protein  72.55 
 
 		 107 aa  146  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0247352  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0080  TPR repeat-containing protein  74.26 
 
 		 104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.550206  normal  0.123914 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0064  TPR domain-containing protein  74.26 
 
 		 104 aa  145  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  unclonable  0.000000302311 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2284  TPR repeat-containing protein  62.75 
 
 		 112 aa  129  1.0000000000000001e-29  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0435427  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0204  TPR repeat-containing protein  51.96 
 
 		 110 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0438861  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0023  TPR repeat-containing protein  52.48 
 
 		 111 aa  100  5e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.727906  normal  0.110544 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0354  TPR repeat-containing protein  54.08 
 
 		 108 aa  98.2  4e-20  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000606003 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2621  TPR repeat-containing protein  45.63 
 
 		 107 aa  87  7e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.606766 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4712  hypothetical protein  52.43 
 
 		 108 aa  85.5  2e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.658591  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2265  TPR repeat-containing protein  42.16 
 
 		 112 aa  73.6  0.0000000000009  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.635279  normal  0.073962 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_3205  tetratricopeptide TPR_2  36 
 
 		 111 aa  72.8  0.000000000002  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001308  ANIA_01282  glutamine-rich cytoplasmic protein (Eurofung)  33.33 
 
 		 347 aa  52.8  0.000001  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  0.271193 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0722  TPR repeat-containing protein  39.47 
 
 		 615 aa  52.8  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.434562 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1619  TPR domain-containing protein  32.69 
 
 		 626 aa  52.8  0.000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0978258  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2406  tetratricopeptide TPR_2  32.47 
 
 		 436 aa  50.4  0.000007  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1242  TPR repeat-containing protein  37.62 
 
 		 103 aa  49.3  0.00002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0959  hypothetical protein  41.38 
 
 		 620 aa  48.5  0.00003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.868556 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0892  TPR repeat-containing protein  40.98 
 
 		 636 aa  47  0.00008  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.647896  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3028  TPR repeat-containing protein  41.38 
 
 		 620 aa  47  0.00008  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.985806  normal  0.0142271 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2246  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  26.47 
 
 		 252 aa  46.2  0.0001  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.353905 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0904  TPR repeat-containing protein  40.98 
 
 		 612 aa  46.6  0.0001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.587904  normal  0.769196 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1820  Tetratricopeptide TPR_4  29.67 
 
 		 106 aa  45.1  0.0003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.452931  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0842  TPR repeat-containing protein  32.53 
 
 		 201 aa  45.1  0.0003  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2967  TPR repeat-containing protein  31.07 
 
 		 614 aa  44.3  0.0005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1420  response regulator receiver domain-containing protein  39.13 
 
 		 561 aa  44.3  0.0006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2906  TPR repeat-containing protein  35.53 
 
 		 614 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0475913  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0177  TPR repeat-containing protein  35.53 
 
 		 614 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0453  TPR domain-containing protein  35.53 
 
 		 626 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.311085  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0970  TPR domain-containing protein  35.53 
 
 		 614 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3015  TPR domain-containing protein  35.53 
 
 		 626 aa  43.9  0.0008  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2599  TPR domain-containing protein  35.53 
 
 		 614 aa  43.9  0.0008  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0734298  n/a   
 
 
-
 
NC_006670  CNA02750  cytoplasm protein, putative  38.78 
 
 		 338 aa  43.5  0.001  Cryptococcus neoformans var. neoformans JEC21  Eukaryota  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0280  TPR domain-containing protein  35.06 
 
 		 1013 aa  43.5  0.001  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  0.416311 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3987  TPR repeat-containing protein  37.66 
 
 		 1092 aa  42.7  0.001  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.017736 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3761  hypothetical protein  25.51 
 
 		 102 aa  42.7  0.002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0655418  hitchhiker  0.00103687 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5430  hypothetical protein  26.37 
 
 		 113 aa  42.7  0.002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0651614 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0215  TPR repeat-containing protein  36.84 
 
 		 2262 aa  42.4  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0297822 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3592  TPR repeat-containing protein  28.26 
 
 		 109 aa  42.7  0.002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00292213 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2508  TPR domain-containing protein  34.38 
 
 		 559 aa  42.4  0.002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.849467  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4141  TPR repeat-containing protein  37.7 
 
 		 637 aa  42  0.003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.780051  normal  1 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1514  TPR repeat-containing protein  28.92 
 
 		 105 aa  42  0.003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1658  TPR repeat-containing protein  31.25 
 
 		 250 aa  42  0.003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2555  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  28.12 
 
 		 250 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.58946e-23 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3412  diguanylate cyclase with TPR repeats  37.8 
 
 		 816 aa  42  0.003  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.690369  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A2604  TPR repeat-containing protein  29.87 
 
 		 927 aa  41.2  0.005  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  0.010408  normal  0.426767 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0687  TPR repeat-containing protein  36 
 
 		 2262 aa  41.2  0.005  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.00419541 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1794  TPR repeat-containing protein  30.38 
 
 		 416 aa  41.2  0.005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2746  Tetratricopeptide TPR_2 repeat protein  30.67 
 
 		 461 aa  40.8  0.006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1028  TPR repeat-containing protein  36.07 
 
 		 635 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.608823  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0549  TPR repeat-containing protein  36.07 
 
 		 635 aa  40.4  0.007  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_0481  TPR repeat-containing protein  30.14 
 
 		 3145 aa  40.4  0.007  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  0.948354 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0987  TPR repeat-containing protein  36.07 
 
 		 611 aa  40.4  0.008  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.384547  normal  0.0740288 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2067  TPR repeat-containing protein  35.59 
 
 		 586 aa  40.4  0.009  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.0230242  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1389  TPR repeat-containing protein  37.31 
 
 		 700 aa  40  0.01  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.874801 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>