More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_3417 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_3417  amino acid permease-associated region  100 
 
 
483 aa  973    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.595169  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01410  L-asparagine transporter  76.01 
 
 
499 aa  744    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  decreased coverage  0.00425932  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2059  L-asparagine permease  75.8 
 
 
499 aa  743    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0501349  hitchhiker  0.00455719 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2193  amino acid permease-associated region  75.8 
 
 
499 aa  743    Escherichia coli DH1  Bacteria  decreased coverage  0.000000000336047  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01421  hypothetical protein  76.01 
 
 
499 aa  744    Escherichia coli BL21  Bacteria  decreased coverage  0.00419609  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1725  L-asparagine permease  75.8 
 
 
499 aa  743    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.572369  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1763  L-asparagine permease  76.02 
 
 
497 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0655306  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2127  L-asparagine permease  80.08 
 
 
509 aa  789    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.560238  normal  0.0398116 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1576  L-asparagine permease  76.02 
 
 
497 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  unclonable  0.0000000000285451  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1699  L-asparagine permease  76.02 
 
 
497 aa  731    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  unclonable  0.000238766  normal  0.347995 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0873  amino acid permease-associated region  96.69 
 
 
483 aa  941    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.809964  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3032  amino acid permease-associated region  82.59 
 
 
485 aa  811    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2097  amino acid permease-associated region  77.05 
 
 
498 aa  749    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0831928  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1718  L-asparagine permease  75.8 
 
 
499 aa  742    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00274006 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1540  L-asparagine permease  75.8 
 
 
499 aa  743    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2206  amino acid permease-associated region  76.01 
 
 
499 aa  744    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.00000670544  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1347  amino acid permease-associated region  80.75 
 
 
487 aa  742    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.00000000251432  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1983  amino acid transporter  65.62 
 
 
503 aa  678    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3965  amino acid permease-associated region  66.52 
 
 
497 aa  667    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.17097 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1499  amino acid permease-associated region  73.82 
 
 
617 aa  714    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.888764  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1635  L-asparagine permease  75.8 
 
 
499 aa  744    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.968889  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4301  amino acid permease-associated region  66.67 
 
 
501 aa  678    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3458  amino acid permease-associated region  65.83 
 
 
497 aa  672    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.71207 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2147  L-asparagine permease  80.08 
 
 
509 aa  789    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1702  L-asparagine permease  76.02 
 
 
497 aa  730    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  unclonable  0.0000149033  normal  0.155266 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4065  amino acid permease-associated region  66.67 
 
 
501 aa  678    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6330  amino acid permease-associated region  73.82 
 
 
496 aa  713    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.80372  normal  0.977607 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2256  amino acid permease-associated region  80.08 
 
 
509 aa  789    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6995  amino acid permease-associated region  73.61 
 
 
496 aa  712    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.103646 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3457  amino acid permease-associated region  68.39 
 
 
501 aa  677    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.137765  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1757  L-asparagine permease  76.02 
 
 
497 aa  729    Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  unclonable  0.000130352  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3209  amino acid permease-associated region  85.05 
 
 
485 aa  827    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.190621  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3977  amino acid permease-associated region  60.63 
 
 
516 aa  565  1e-160  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0454  amino acid permease-associated region  58.04 
 
 
494 aa  556  1e-157  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.507724  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1301  amino acid permease-associated region  59.01 
 
 
534 aa  552  1e-156  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.259093  normal  0.204934 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3400  amino acid permease-associated region  56.13 
 
 
489 aa  543  1e-153  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3759  amino acid permease-associated region  57.42 
 
 
504 aa  537  1e-151  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1554  amino acid permease-associated region  54.28 
 
 
491 aa  511  1e-143  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_10351  L-asparagine permease ansP2  55.53 
 
 
487 aa  505  9.999999999999999e-143  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12159  L-asparagine permease ansP1  57.93 
 
 
489 aa  499  1e-140  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0029057  normal  0.731439 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3549  amino acid permease-associated region  54.66 
 
 
504 aa  496  1e-139  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_4431  amino acid permease-associated region  57.21 
 
 
495 aa  486  1e-136  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.074443  normal 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5754  amino acid permease-associated region  55.51 
 
 
490 aa  479  1e-134  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.263721  normal  0.385006 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2891  L-asparagine permease  50.87 
 
 
473 aa  469  1.0000000000000001e-131  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.313821  normal  0.935574 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3270  amino acid permease-associated region  49.68 
 
 
475 aa  458  1e-127  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.268652  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3069  amino acid permease-associated region  44.9 
 
 
486 aa  419  1e-116  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1591  amino acid permease-associated region  45.07 
 
 
534 aa  399  9.999999999999999e-111  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00340007  normal  0.272695 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3273  amino acid permease-associated region  44.01 
 
 
486 aa  395  1e-109  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4992  amino acid permease-associated region  44.39 
 
 
475 aa  388  1e-106  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1325  amino acid permease-associated region  42.29 
 
 
452 aa  365  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.00135796  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2459  amino acid permease-associated region  40.17 
 
 
462 aa  366  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167644  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1741  amino acid permease-associated region  41.92 
 
 
523 aa  365  1e-99  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.88748  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3129  amino acid permease  41.77 
 
 
468 aa  365  1e-99  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4894  amino acid permease-associated region  42.12 
 
 
459 aa  364  2e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0036  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3814  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.756679  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3874  amino acid permease  43.82 
 
 
468 aa  361  1e-98  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2796  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  360  4e-98  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0563419  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0019  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  360  4e-98  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.038207  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1747  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  360  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3181  amino acid permease  43.59 
 
 
468 aa  360  4e-98  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3389  amino acid permease-associated region  40.52 
 
 
464 aa  359  6e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3525  amino acid permease-associated region  40.61 
 
 
462 aa  357  1.9999999999999998e-97  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1059  amino acid permease-associated region  42.49 
 
 
472 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.341828  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1100  amino acid permease-associated region  42.49 
 
 
472 aa  352  8.999999999999999e-96  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.0119846  normal  0.968879 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4353  amino acid permease-associated region  42.26 
 
 
472 aa  351  1e-95  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.578199 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0665  amino acid permease-associated region  41.71 
 
 
459 aa  351  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_54040  amino acid permease  44.24 
 
 
471 aa  350  3e-95  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4729  amino acid permease  44.24 
 
 
471 aa  350  4e-95  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.735524  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0103  gamma-aminobutyrate permease related permease  43.61 
 
 
449 aa  349  8e-95  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  hitchhiker  0.0000103198  hitchhiker  0.00000046337 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1089  amino acid permease-associated region  42.86 
 
 
472 aa  348  1e-94  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.501177  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0584  amino acid permease-associated region  40.37 
 
 
463 aa  348  1e-94  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  decreased coverage  0.0000395475  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0603  amino acid permease; proline-specific permease  41.49 
 
 
463 aa  348  2e-94  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000034111  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1646  amino acid transporter  40.74 
 
 
460 aa  347  3e-94  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.815643  normal  0.134679 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1170  amino acid permease  39.5 
 
 
485 aa  346  5e-94  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.247985  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5984  amino acid permease-associated region  40.31 
 
 
460 aa  346  6e-94  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3996  amino acid permease-associated region  40.31 
 
 
460 aa  346  6e-94  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4371  amino acid permease-associated region  40.31 
 
 
460 aa  346  6e-94  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS0659  amino acid permease family protein  41.25 
 
 
463 aa  346  7e-94  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  decreased coverage  0.000492464  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0604  amino acid permease; proline-specific permease  41.25 
 
 
463 aa  346  7e-94  Bacillus cereus E33L  Bacteria  decreased coverage  0.0000017445  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0693  amino acid permease family protein  41.25 
 
 
463 aa  346  7e-94  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.890997  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0748  amino acid permease family protein  41.25 
 
 
463 aa  346  7e-94  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000194828 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_20750  gamma-aminobutyrate permease-like transporter  42.47 
 
 
488 aa  345  1e-93  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0330328  normal  0.125199 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0725  amino acid permease family protein  40.38 
 
 
463 aa  343  5e-93  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.050872  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0172  amino acid permease-associated region  44.37 
 
 
468 aa  342  7e-93  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3225  amino acid permease-associated region  43.29 
 
 
467 aa  342  8e-93  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4561  amino acid permease-associated region  41.56 
 
 
473 aa  342  9e-93  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0100  amino acid permease-associated region  40.74 
 
 
449 aa  342  9e-93  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.0000148817  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2440  amino acid permease  40.28 
 
 
461 aa  342  1e-92  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4610  amino acid permease family protein  40.14 
 
 
463 aa  341  2e-92  Bacillus cereus G9842  Bacteria  decreased coverage  0.0000638139  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0821  amino acid permease family protein  40.14 
 
 
463 aa  340  2e-92  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00000433182  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1560  amino acid permease  40.05 
 
 
461 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.762264  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1244  proline-specific permease  38.81 
 
 
485 aa  340  2.9999999999999998e-92  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0717  amino acid permease  40.28 
 
 
447 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0065  amino acid transporter  40.09 
 
 
463 aa  340  4e-92  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.38933  normal 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0745  amino acid permease  40.28 
 
 
447 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.527192  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1709  amino acid permease  40.28 
 
 
447 aa  340  4e-92  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0608  amino acid permease-associated region  39.44 
 
 
463 aa  339  5.9999999999999996e-92  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.0000166726  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4250  amino acid permease-associated region  39.87 
 
 
471 aa  339  7e-92  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.254584  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4632  D-alanine/D-serine/glycine permease  38.27 
 
 
468 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.75325  normal  0.0825274 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>