More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_1781 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_03951  formate dehydrogenase-H, selenopolypeptide subunit  65.41 
 
 
715 aa  1005    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.803476  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3913  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.41 
 
 
715 aa  1007    Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3948  formate dehydrogenase, alpha subunit  65.55 
 
 
715 aa  1009    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3682  anaerobic formate dehydrogenase, alpha subunit, -type  74.02 
 
 
715 aa  1122    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4635  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  64.16 
 
 
559 aa  766    Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1268  formate dehydrogenase, alpha subunit  85.69 
 
 
716 aa  1303    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.424555  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4542  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  65.55 
 
 
715 aa  1009    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0729  formate dehydrogenase H  74.02 
 
 
715 aa  1121    Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal  0.708724 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2424  formate dehydrogenase, alpha subunit  71.55 
 
 
718 aa  1087    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.680227 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0324  formate dehydrogenase alpha subunit  72.88 
 
 
713 aa  1108    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1383  formate dehydrogenase, alpha subunit  95.67 
 
 
716 aa  1434    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.627092  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0281  formate dehydrogenase alpha subunit  64.16 
 
 
559 aa  764    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.276647 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3829  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.88 
 
 
715 aa  1121    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.151921  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4324  formate dehydrogenase H, alpha subunit, selenocysteine-containing  65.55 
 
 
715 aa  1009    Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1781  formate dehydrogenase, alpha subunit  100 
 
 
716 aa  1492    Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1753  formate dehydrogenase alpha subunit  69.24 
 
 
716 aa  1062    Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0179443  hitchhiker  0.000996092 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4578  formate dehydrogenase, alpha subunit  73.45 
 
 
723 aa  1113    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00920  formate dehydrogenase alpha subunit  58.32 
 
 
737 aa  887    Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03911  hypothetical protein  65.41 
 
 
715 aa  1005    Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.988265  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2721  formate dehydrogenase, alpha subunit  85.97 
 
 
716 aa  1308    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.0016187  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2859  formate dehydrogenase, alpha subunit  61.69 
 
 
808 aa  922    Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  normal  0.960143 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2193  formate dehydrogenase subunit alpha  45.29 
 
 
745 aa  631  1e-179  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.571777  normal  0.536023 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0100  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.15 
 
 
893 aa  588  1e-166  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000102152  hitchhiker  0.000000000000206048 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_1538  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.23 
 
 
676 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_0814  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.23 
 
 
676 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2312  formate dehydrogenase subunit alpha  43.54 
 
 
899 aa  583  1.0000000000000001e-165  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0941024  normal 
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.6 
 
 
677 aa  585  1.0000000000000001e-165  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3507  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.17 
 
 
893 aa  580  1e-164  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_1137  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.65 
 
 
676 aa  578  1.0000000000000001e-163  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0608  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.61 
 
 
674 aa  577  1.0000000000000001e-163  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4113  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.69 
 
 
901 aa  573  1.0000000000000001e-162  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.163208  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3503  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.92 
 
 
900 aa  573  1.0000000000000001e-162  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1376  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.82 
 
 
674 aa  568  1e-161  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.0754319  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0543  formate dehydrogenase, alpha subunit  43.11 
 
 
674 aa  571  1e-161  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  0.16552  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1398  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.59 
 
 
893 aa  570  1e-161  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0386  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.41 
 
 
917 aa  570  1e-161  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.118073  n/a   
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0295  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.82 
 
 
674 aa  566  1e-160  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  0.0587435  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1045  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.99 
 
 
688 aa  563  1.0000000000000001e-159  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  0.77936  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1379  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.41 
 
 
688 aa  564  1.0000000000000001e-159  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3520  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.34 
 
 
904 aa  560  1e-158  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1624  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.97 
 
 
687 aa  556  1e-157  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1381  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.97 
 
 
688 aa  553  1e-156  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3509  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.24 
 
 
905 aa  552  1e-156  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.434543  normal  0.526227 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0196  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.26 
 
 
689 aa  549  1e-155  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.202612  hitchhiker  0.00634005 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_1813  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.49 
 
 
688 aa  550  1e-155  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008942  Mlab_0463  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  40.95 
 
 
689 aa  548  1e-154  Methanocorpusculum labreanum Z  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0808  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.78 
 
 
879 aa  548  1e-154  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0704  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.5 
 
 
900 aa  542  1e-153  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_3238  molydopterin dinucleotide-binding region  41.08 
 
 
687 aa  543  1e-153  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0973988  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_00220  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.55 
 
 
906 aa  538  9.999999999999999e-153  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.0797991 
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0578  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.92 
 
 
686 aa  534  1e-150  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0413343  normal  0.361775 
 
 
-
 
NC_008553  Mthe_0915  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.51 
 
 
920 aa  533  1e-150  Methanosaeta thermophila PT  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2021  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.07 
 
 
686 aa  531  1e-149  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.463591  normal 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0104  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.71 
 
 
724 aa  530  1e-149  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_0190  formate dehydrogenase, alpha subunit  42.59 
 
 
685 aa  530  1e-149  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0156  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.48 
 
 
898 aa  526  1e-148  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A1561  formate dehydrogenase, alpha subunit (F420)  40.14 
 
 
695 aa  523  1e-147  Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2023  formate dehydrogenase, alpha subunit  41.22 
 
 
685 aa  520  1e-146  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.0303762  normal  0.701303 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2805  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.29 
 
 
945 aa  521  1e-146  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.685721 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_25280  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.74 
 
 
911 aa  517  1.0000000000000001e-145  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  normal  0.0556633 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0754  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.98 
 
 
1440 aa  516  1.0000000000000001e-145  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0988  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.46 
 
 
1428 aa  514  1e-144  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3616  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.03 
 
 
1421 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3493  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.74 
 
 
1425 aa  510  1e-143  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3051  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.63 
 
 
1424 aa  512  1e-143  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0871  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.2 
 
 
1425 aa  507  9.999999999999999e-143  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.510403  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4651  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.14 
 
 
937 aa  505  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3198  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.2 
 
 
1432 aa  508  9.999999999999999e-143  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal  0.554904 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3421  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.17 
 
 
1425 aa  504  1e-141  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0809  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.66 
 
 
1410 aa  505  1e-141  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013204  Elen_2249  formate dehydrogenase, alpha subunit  40.23 
 
 
903 aa  501  1e-140  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.580662  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0792  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.6 
 
 
1406 aa  501  1e-140  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2576  formate dehydrogenase, alpha subunit  38 
 
 
925 aa  497  1e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0825  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.48 
 
 
1432 aa  498  1e-139  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541451 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3298  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.63 
 
 
1432 aa  498  1e-139  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2274  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.08 
 
 
956 aa  489  1e-137  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.217783 
 
 
-
 
CP001800  Ssol_0641  formate dehydrogenase, alpha subunit  39.11 
 
 
979 aa  487  1e-136  Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0838  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.38 
 
 
1440 aa  487  1e-136  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1109  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.8 
 
 
963 aa  489  1e-136  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.612386  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0398  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  38.96 
 
 
1385 aa  486  1e-136  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0167  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.74 
 
 
886 aa  484  1e-135  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0530728  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1282  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.63 
 
 
933 aa  483  1e-135  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.402771 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0619  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.9 
 
 
956 aa  481  1e-134  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.961077  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6171  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.66 
 
 
989 aa  479  1e-134  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.796652 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3190  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.02 
 
 
924 aa  480  1e-134  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.523924  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2706  formate dehydrogenase, alpha subunit  44.1 
 
 
541 aa  481  1e-134  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.23867 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0990  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.83 
 
 
983 aa  477  1e-133  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.656443 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0389  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.71 
 
 
944 aa  477  1e-133  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0907  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.28 
 
 
983 aa  476  1e-133  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.979482  decreased coverage  0.00925571 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0720  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.44 
 
 
949 aa  477  1e-133  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0555  formate dehydrogenase subunit alpha  37.45 
 
 
957 aa  476  1e-133  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.185124  normal  0.358497 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0552  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.69 
 
 
983 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.918724  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0937  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.11 
 
 
1426 aa  478  1e-133  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.137872  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1031  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.69 
 
 
983 aa  476  1e-133  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.52357  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2366  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.53 
 
 
983 aa  475  1e-133  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.739285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2058  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.83 
 
 
967 aa  475  1e-132  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.896651  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4998  formate dehydrogenase, alpha subunit  38.12 
 
 
953 aa  474  1e-132  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.217845  hitchhiker  0.000835215 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0255  formate dehydrogenase, alpha subunit  37.81 
 
 
952 aa  474  1e-132  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0971632  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3710  NAD-dependent formate dehydrogenase alpha subunit  37.15 
 
 
977 aa  473  1e-132  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.749683  normal  0.699855 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4072  formate dehydrogenase, alpha subunit  36.62 
 
 
957 aa  475  1e-132  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>