25 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pecwa_0944 on replicon NC_013421
Organism: Pectobacterium wasabiae WPP163



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013421  Pecwa_0944  transcriptional regulator, CopG family  100 
 
 
81 aa  163  8e-40  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.129226  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2452  transcriptional regulator, CopG family  95.06 
 
 
81 aa  157  5e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0142627  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0055  CopG family transcriptional regulator  63.29 
 
 
82 aa  103  6e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3676  hypothetical protein  58.21 
 
 
79 aa  80.9  0.000000000000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2607  CopG family transcriptional regulator  46.05 
 
 
79 aa  75.5  0.0000000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.472801 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3557  CopG family transcriptional regulator  45.71 
 
 
82 aa  74.7  0.0000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0445  helix-turn-helix protein, CopG  53.33 
 
 
80 aa  68.6  0.00000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000022622  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2717  CopG family transcriptional regulator  41.54 
 
 
83 aa  60.5  0.000000008  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3519  transcriptional regulator, CopG family  39.13 
 
 
82 aa  60.5  0.000000008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03468  transcriptional regulator, CopG family  49.09 
 
 
82 aa  57.8  0.00000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3081  transcriptional regulator, CopG family  33.33 
 
 
81 aa  57.8  0.00000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4780  CopG family transcriptional regulator  41.1 
 
 
80 aa  57.4  0.00000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  hitchhiker  0.00236164  hitchhiker  0.00756111 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0185  hypothetical protein  58.7 
 
 
52 aa  55.5  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0201  hypothetical protein  38.81 
 
 
75 aa  54.7  0.0000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.564458  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01520  hypothetical protein  38.81 
 
 
75 aa  54.3  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.460812  normal  0.541168 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0720  transcriptional regulator, CopG family  37.5 
 
 
89 aa  52.4  0.000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  unclonable  0.0000059078 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2538  hypothetical protein  32.39 
 
 
81 aa  52.4  0.000002  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1116  CopG family transcriptional regulator  40.32 
 
 
83 aa  52  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008608  Ppro_3842  CopG family transcriptional regulator  36.23 
 
 
84 aa  49.3  0.00002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1117  transcriptional regulator, CopG family  30.99 
 
 
89 aa  45.4  0.0003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0755433 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0580  CopG family transcriptional regulator  35.29 
 
 
90 aa  43.1  0.001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.499923  normal  0.646408 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1179  transcriptional regulator, CopG family  35.71 
 
 
86 aa  42.7  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1965  CopG-like DNA-binding  45.95 
 
 
69 aa  40.8  0.007  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0374946  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1626  CopG domain protein DNA-binding domain protein  51.35 
 
 
74 aa  40.8  0.007  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00111778  n/a   
 
 
-
 
NC_007515  Gmet_A3570  CopG-like DNA-binding protein  43.24 
 
 
74 aa  40.4  0.008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.00677722  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>