More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_R0004 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008686  Pden_R0004  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.892843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_R0041  tRNA-Ala  100 
 
 		 76 bp  151  3e-35  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.312045 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0038  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_R0041  tRNA-Ala  93.42 
 
 		 76 bp  111  2.0000000000000002e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.239536  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0003  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0009  tRNA-Ala  92.11 
 
 		 76 bp  103  6e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0082  tRNA-Ala  92 
 
 		 76 bp  101  2e-20  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0051  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  hitchhiker  0.00326143  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_R0046  tRNA-Ala  91.89 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.0258027  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0021  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000106448  normal  1 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_R0034  tRNA-Ala  92.86 
 
 		 76 bp  99.6  9e-20  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  hitchhiker  0.0000000564918  normal  0.218531 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309290  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0005  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.352047  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0025  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0027  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0167749  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_R0010  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.0057492  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0008  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.0953331  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0032  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.2035  normal  0.168105 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0037  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.344221  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_R0051  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_tRNAAlaVIMSS1309282  tRNA-Ala  96.49 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.127609 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0010  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.407573  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_R0005  tRNA-Ala  91.78 
 
 		 73 bp  97.6  4e-19  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00314904 
 
 
-
 
NC_008816  A9601_tRNAAlaVIMSS1309089  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. AS9601  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008817  P9515_tRNAAlaVIMSS1309140  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008819  NATL1_tRNAAlaVIMSS1309204  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL1A  Bacteria  normal  0.72887  normal  0.842293 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_R0019  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.399377  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_R0002  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_tRNAAlaVIMSS1309372  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  0.272937  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0003  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.070805  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_R0004  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0020  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0048  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.544704  hitchhiker  0.00053111 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0056  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_R0061  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007335  PMN2A_R0038  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. NATL2A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_R0020  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_R0011  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0010  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.177637  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0072  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.01367  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0021  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.984556  normal  0.270863 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0050  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.0200036 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0058  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_R0063  tRNA-Ala  90.79 
 
 		 76 bp  95.6  1e-18  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_tRNAAlaVIMSS1309163  tRNA-Ala  96.43 
 
 		 73 bp  95.6  1e-18  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_t04  tRNA-Ala  90.54 
 
 		 76 bp  91.7  2e-17  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0035  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 76 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0041  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.0636835  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_R0025  tRNA-Ala  90.41 
 
 		 73 bp  89.7  9e-17  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.156326  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0052  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0002  tRNA-Ala  96.15 
 
 		 73 bp  87.7  3e-16  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_4325  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  decreased coverage  0.00976587  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4349  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.271842  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_4354  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.118152  n/a   
 
 
-
 
NC_009430  Rsph17025_R0065  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.195359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0065  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0051  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0057  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_R0063  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_R0059  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_R0004  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_R0050  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.326292 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_R0038  tRNA-Ala  89.47 
 
 		 76 bp  87.7  3e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.31999 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_R0002  tRNA-Ala  89.33 
 
 		 76 bp  85.7  0.000000000000001  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0001  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_R0032  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0018  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.0308139  normal  0.84994 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_R0049  tRNA-Ala  100 
 
 		 73 bp  85.7  0.000000000000001  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0030  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0857706 
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-2  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-4  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-6  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004116  tRNA-Ala-7  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0097  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_R0041  tRNA-Ala  89.86 
 
 		 76 bp  81.8  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_R0022  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t1783  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0410  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t0553  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2178  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2450  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2493  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2571  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_t2608  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0182  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0169  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1799  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  3.53202e-16 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_t1805  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000000574761 
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0020  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008532  STER_t0080  tRNA-Ala  89.04 
 
 		 73 bp  81.8  0.00000000000002  Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0010  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_R0026  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0540884  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_R0058  tRNA-Val  94.23 
 
 		 73 bp  79.8  0.00000000000008  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.703111  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-3  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  tRNA-Ala-5  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 79 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  tRNA-Ala-1  tRNA-Ala  88.16 
 
 		 76 bp  79.8  0.00000000000008  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  decreased coverage  0.00147071  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>