More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_5107 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_00382  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.0000524598  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3178  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0000236873  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05492  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  64.09 
 
 		 678 aa  872    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0813  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.16 
 
 		 672 aa  838    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0189476  normal  0.73245 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0655  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.03 
 
 		 665 aa  818    Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0049  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  66.01 
 
 		 659 aa  852    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  decreased coverage  0.00345091  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1859  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit I  61.91 
 
 		 658 aa  820    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.113858 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2916  transmembrane cytochrome O ubiquinol oxidase subunit I  62.67 
 
 		 659 aa  838    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.374086  normal  0.149288 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2089  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.48 
 
 		 668 aa  828    Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.330323  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR0043  ubiquinol oxidase subunit I  66.01 
 
 		 659 aa  867    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1326  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  61.34 
 
 		 670 aa  815    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1876  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  71.62 
 
 		 667 aa  974    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.178769  normal  0.179376 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0740  cytochrome-c oxidase  62.03 
 
 		 665 aa  818    Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3162  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.06 
 
 		 658 aa  823    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000382924 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0432  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  59.79 
 
 		 661 aa  814    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.911971 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0353  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  65.25 
 
 		 663 aa  890    Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1732  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  72.37 
 
 		 666 aa  973    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4058  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  73.61 
 
 		 645 aa  984    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.197273  normal  0.152019 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0195  ubiquinol oxidase, subunit I  60.74 
 
 		 668 aa  822    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0295  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  57.1 
 
 		 664 aa  759    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3171  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  57.06 
 
 		 666 aa  768    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.404396  normal  0.0592526 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2031  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  75.75 
 
 		 669 aa  1051    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0504466  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1142  cytochrome-c oxidase  61.49 
 
 		 670 aa  831    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.303035 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3242  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  64.34 
 
 		 663 aa  877    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1976  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.42 
 
 		 668 aa  824    Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4219  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  59.73 
 
 		 659 aa  795    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3859  cytochrome-c oxidase  60.03 
 
 		 659 aa  812    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0983  cytochrome-c oxidase  64.08 
 
 		 657 aa  847    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0766124  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4578  cytochrome-c oxidase  62.22 
 
 		 659 aa  822    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4891  cytochrome-c oxidase  72.86 
 
 		 667 aa  1001    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.271265  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2571  ubiquinol oxidase, subunit I  60.24 
 
 		 670 aa  815    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0770  cytochrome c oxidase, subunit I  49.7 
 
 		 657 aa  650    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0506  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000135927  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0466  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000180375  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2773  ubiquinol oxidase, subunit I  59.23 
 
 		 668 aa  795    Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.668057  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2834  ubiquinol oxidase polypeptide I  59.54 
 
 		 668 aa  798    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0992  ubiquinol oxidase, subunit I  60.43 
 
 		 668 aa  818    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.502961  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0226  ubiquinol oxidase, subunit I  60.74 
 
 		 668 aa  822    Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1274  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  54.63 
 
 		 672 aa  731    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  hitchhiker  0.0000601159  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4647  cytochrome-c oxidase  61.13 
 
 		 676 aa  816    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.1391  normal  0.331546 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5375  cytochrome-c oxidase  61.68 
 
 		 668 aa  824    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.686893 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1002  cytochrome c oxidase polypeptide I  58.84 
 
 		 668 aa  759    Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5010  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  61.96 
 
 		 662 aa  814    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.035058 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5734  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  68.86 
 
 		 667 aa  948    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0637775  normal  0.0130866 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3648  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  58.81 
 
 		 670 aa  774    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.573028  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0480  ubiquinol oxidase, subunit I  61.04 
 
 		 668 aa  822    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.070383  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1210  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  61.95 
 
 		 668 aa  825    Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.432825  normal  0.321935 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1787  ubiquinol oxidase, subunit I  59.52 
 
 		 670 aa  805    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.572465  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4375  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.46 
 
 		 672 aa  842    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.962664 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0241  cytochrome-c oxidase  76.35 
 
 		 669 aa  1061    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.515417  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2412  ubiquinol oxidase subunit 1  59.89 
 
 		 560 aa  680    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0850  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.31 
 
 		 672 aa  839    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1294  cytochrome-c oxidase  62.48 
 
 		 659 aa  855    Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.0028015  hitchhiker  0.0019187 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3969  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  61.69 
 
 		 668 aa  830    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.873179  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0090  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  60.85 
 
 		 659 aa  811    Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  0.949394 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3061  cytochrome O ubiquinol oxidase subunit I  64.34 
 
 		 663 aa  877    Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000288206  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1636  cytochrome-c oxidase  60.12 
 
 		 662 aa  818    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0551524  normal  0.0691179 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2715  ubiquinol oxidase, subunit I  59.23 
 
 		 668 aa  795    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.100274  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0836  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.16 
 
 		 672 aa  837    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.630143  normal  0.997274 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0596  cytochrome-c oxidase  77.2 
 
 		 669 aa  1031    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.180584  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0955  cytochrome-c oxidase  63.22 
 
 		 659 aa  858    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3452  cytochrome-c oxidase  52.37 
 
 		 658 aa  691    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_0590  cytochrome aa3 quinol oxidase subunit I  50.23 
 
 		 644 aa  639    Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5825  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  62.8 
 
 		 666 aa  852    Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.800495  normal  0.329958 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0949  cytochrome c oxidase subunit I  63.88 
 
 		 657 aa  843    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.979391  normal  0.982005 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5609  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  72.07 
 
 		 667 aa  979    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5792  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  62.35 
 
 		 658 aa  825    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.320526  normal  0.112215 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0268  ubiquinol oxidase, polypeptide I  60.61 
 
 		 665 aa  815    Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.764734  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2285  cytochrome-c oxidase  68.6 
 
 		 678 aa  912    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1507  cytochrome-c oxidase  80.85 
 
 		 672 aa  1081    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.944776  normal  0.265264 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1089  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  62.97 
 
 		 663 aa  862    Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000953618  hitchhiker  0.0000000467486 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6007  cytochrome-c oxidase  62.48 
 
 		 668 aa  828    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.46766  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1370  ubiquinol oxidase, subunit I  60.74 
 
 		 668 aa  822    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.262769  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1291  cytochrome-c oxidase  61.34 
 
 		 664 aa  822    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2715  ubiquinol oxidase, subunit I  60.43 
 
 		 668 aa  818    Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0985139  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3535  cytochrome c oxidase, subunit I  57.12 
 
 		 676 aa  752    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3824  cytochrome-c oxidase  60.64 
 
 		 659 aa  802    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0778781 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3915  cytochrome-c oxidase  60.79 
 
 		 659 aa  804    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3099  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  64.34 
 
 		 663 aa  877    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.284302  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0223  cytochrome-c oxidase  59.79 
 
 		 660 aa  807    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2106  cytochrome-c oxidase  62.42 
 
 		 668 aa  823    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.416073  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3202  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.154912  hitchhiker  0.000119789 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A0900  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  58.84 
 
 		 668 aa  759    Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47190  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  63.48 
 
 		 658 aa  851    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000419377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4072  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  63.48 
 
 		 658 aa  850    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.190323  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2070  cytochrome-c oxidase  62.48 
 
 		 668 aa  828    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.976192  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4351  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  59.73 
 
 		 659 aa  795    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_4032  cytochrome c oxidase, subunit I  60.64 
 
 		 659 aa  801    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0471  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  65.4 
 
 		 663 aa  894    Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.0000517017  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1567  ubiquinol oxidase, subunit I  60.74 
 
 		 668 aa  822    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5107  cytochrome-c oxidase  100 
 
 		 668 aa  1343    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  hitchhiker  0.00931124  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0043  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  66.01 
 
 		 659 aa  867    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.438078  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1743  cytochrome-c oxidase  73.15 
 
 		 668 aa  1007    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0545412  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0367  cytochrome-c oxidase  60.64 
 
 		 662 aa  815    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2776  cytochrome-c oxidase  74.11 
 
 		 646 aa  999    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.842999  normal  0.700604 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4336  cytochrome o ubiquinol oxidase, subunit I  74.96 
 
 		 667 aa  1003    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.632813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2878  ubiquinol oxidase, subunit I  59.89 
 
 		 560 aa  680    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4371  cytochrome o ubiquinol oxidase subunit I  74.2 
 
 		 669 aa  1009    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0898  cytochrome-c oxidase  65.1 
 
 		 663 aa  877    Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.00392168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2222  cytochrome-c oxidase  72.88 
 
 		 667 aa  994    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.153273  normal  0.0859348 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>