More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4874 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4874  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  100 
 
 
360 aa  731    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.544883  normal  0.368971 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2366  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.33 
 
 
367 aa  413  1e-114  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5470  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  57.62 
 
 
364 aa  407  1.0000000000000001e-112  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.867721  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3853  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  55.24 
 
 
357 aa  347  2e-94  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7063  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  58.67 
 
 
353 aa  334  1e-90  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.790238 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1935  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  51.74 
 
 
357 aa  331  1e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.786432  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2369  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.63 
 
 
373 aa  328  7e-89  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4263  ABC transporter related  50.28 
 
 
364 aa  317  2e-85  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4690  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.41 
 
 
379 aa  315  6e-85  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.834348  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2540  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  46.49 
 
 
364 aa  311  9e-84  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.534677 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4200  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.82 
 
 
372 aa  306  4.0000000000000004e-82  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6039  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.68 
 
 
395 aa  303  4.0000000000000003e-81  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.292434  hitchhiker  0.00935557 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2371  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.07 
 
 
393 aa  301  8.000000000000001e-81  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.36 
 
 
355 aa  301  1e-80  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.198407  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0301  putative spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein  45.87 
 
 
355 aa  300  3e-80  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  hitchhiker  0.00163011  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3469  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  45.13 
 
 
393 aa  296  4e-79  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.647978 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0327  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding protein, putative  45.58 
 
 
355 aa  295  6e-79  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.100504  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3716  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.78 
 
 
355 aa  295  6e-79  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.841303  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5898  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.91 
 
 
371 aa  294  1e-78  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4003  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.48 
 
 
365 aa  293  3e-78  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7092  ABC transporter related  46.42 
 
 
387 aa  293  4e-78  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.106736  normal  0.0652962 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3863  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.76 
 
 
359 aa  291  8e-78  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2580  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.97 
 
 
372 aa  291  1e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1553  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.83 
 
 
362 aa  291  1e-77  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  decreased coverage  0.00925156  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1865  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.53 
 
 
364 aa  290  2e-77  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.919871  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_6033  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.2 
 
 
349 aa  290  2e-77  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3229  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.63 
 
 
408 aa  290  2e-77  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0201  ABC transporter related  44.92 
 
 
350 aa  289  4e-77  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.490731 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1511  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  45.48 
 
 
358 aa  289  6e-77  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.280689  normal  0.146459 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2547  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.37 
 
 
364 aa  288  9e-77  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.370363  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6322  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.73 
 
 
385 aa  288  1e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0819115  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2235  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.06 
 
 
364 aa  288  1e-76  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0570  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  52.33 
 
 
365 aa  287  2e-76  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.124586  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1782  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  43.1 
 
 
364 aa  287  2e-76  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.132629  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4107  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.03 
 
 
357 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1882  ABC polyamine/opine transporter, ATPase subunit  44.06 
 
 
367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  unclonable  0.000264611  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0530  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.06 
 
 
367 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6149  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.66 
 
 
360 aa  286  4e-76  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1284  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.47 
 
 
383 aa  286  4e-76  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.0341676  normal  0.481379 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1613  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  52.13 
 
 
365 aa  285  7e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5125  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.31 
 
 
374 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0754257  normal  0.720307 
 
 
-
 
NC_011892  Mnod_8492  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.5 
 
 
379 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.19245  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0562  polyamine ABC transporter, ATP-binding protein  44.81 
 
 
374 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003668  spermidine putrescine transport ATP-binding protein PotA  43.7 
 
 
373 aa  283  2.0000000000000002e-75  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2418  sperimidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  43.61 
 
 
363 aa  283  2.0000000000000002e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0666  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.53 
 
 
367 aa  284  2.0000000000000002e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.0172946 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2048  ABC transporter component  50.34 
 
 
363 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1587  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.82 
 
 
376 aa  283  3.0000000000000004e-75  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.167194 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07860  putative ATP-binding component of ABC transporter  49.15 
 
 
369 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0131341 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2349  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.65 
 
 
365 aa  283  4.0000000000000003e-75  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00542305 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_0023  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.44 
 
 
447 aa  283  4.0000000000000003e-75  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.222017  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4615  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  49.82 
 
 
374 aa  282  6.000000000000001e-75  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.268203 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3670  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  43.49 
 
 
373 aa  282  6.000000000000001e-75  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3396  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  45.87 
 
 
382 aa  282  8.000000000000001e-75  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01124  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.900215  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2521  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0234665  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1289  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2000  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.767612 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1246  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.457204  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2477  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0899476  normal  0.634641 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2912  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.03 
 
 
377 aa  281  1e-74  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1567  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000366035 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1304  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0496  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding protein  47.32 
 
 
359 aa  281  1e-74  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0754513  normal  0.366469 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0517  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.13 
 
 
356 aa  281  1e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.105133  normal  0.328539 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01132  hypothetical protein  46.89 
 
 
378 aa  281  1e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.815293  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1587  ABC transporter related protein  41.67 
 
 
367 aa  280  2e-74  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_4680  ABC transporter related  44.23 
 
 
358 aa  281  2e-74  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0449  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  48.6 
 
 
366 aa  281  2e-74  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0747  ABC transporter ATP-binding protein  50.88 
 
 
369 aa  280  2e-74  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.962273  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3637  ABC transporter related  46.18 
 
 
347 aa  280  2e-74  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.671698  normal  0.50975 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4431  ABC transporter related  49.32 
 
 
363 aa  280  3e-74  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.140949  normal  0.44138 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_1117  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.39 
 
 
367 aa  280  3e-74  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.417968  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_2606  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.27 
 
 
388 aa  280  4e-74  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.115233  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2524  ABC transporter, ATP-binding protein  46.08 
 
 
342 aa  279  4e-74  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.340978  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_1641  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.28 
 
 
372 aa  279  4e-74  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1061  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  48.46 
 
 
382 aa  279  4e-74  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000354755  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3459  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  50.18 
 
 
378 aa  279  4e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_2567  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  41.27 
 
 
388 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.571516  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_2612  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  41.27 
 
 
388 aa  279  5e-74  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2335  ABC transporter  46.08 
 
 
342 aa  279  7e-74  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.321614  normal  0.595854 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6112  ABC transporter related  43.33 
 
 
368 aa  279  7e-74  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.614045  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4198  ABC spermidine/putrescine transporter, ATPase subunit  47.13 
 
 
356 aa  278  1e-73  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.722311 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0838  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  42.54 
 
 
370 aa  278  1e-73  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_0916  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.45 
 
 
387 aa  278  1e-73  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4155  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  49.83 
 
 
359 aa  277  2e-73  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.486675  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3947  ABC transporter related  49.83 
 
 
366 aa  277  2e-73  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0174728  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1333  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  42.36 
 
 
361 aa  277  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.938281  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5058  ABC transporter related  46.15 
 
 
360 aa  277  2e-73  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.309189  normal  0.0933032 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4913  ABC transporter related  45.69 
 
 
353 aa  277  2e-73  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.801745 
 
 
-
 
NC_008698  Tpen_1806  ABC transporter related  42.54 
 
 
356 aa  277  2e-73  Thermofilum pendens Hrk 5  Archaea  normal  0.409792  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0280  spermidine/putrescine ABC transporter ATP-binding subunit  44.02 
 
 
384 aa  276  3e-73  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1216  spermidine/putrescine ABC transporter, ATP-binding subunit  42.36 
 
 
361 aa  276  3e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2147  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  48.73 
 
 
371 aa  276  3e-73  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1862  putrescine/spermidine ABC transporter ATPase protein  48.73 
 
 
371 aa  276  3e-73  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.194721  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6630  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  44.48 
 
 
363 aa  276  3e-73  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00510446  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3104  ABC transporter ATP-binding protein  42.36 
 
 
361 aa  276  3e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1788  spermidine/putrescine ABC transporter ATPase subunit  47.95 
 
 
370 aa  276  4e-73  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_21910  putative ATP-binding component of ABC transporter  46.98 
 
 
331 aa  276  4e-73  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000308593 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3737  ABC transporter related  48.12 
 
 
349 aa  276  5e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>