More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4579 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4579  HxlR family transcriptional regulator  100 
 
 		 128 aa  262  1e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.741474 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5518  putative transcriptional regulatory protein  43.97 
 
 		 124 aa  106  9.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.263293  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0313  HxlR family transcriptional regulator  45.22 
 
 		 121 aa  103  9e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.250935  normal  0.451658 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2439  HxlR family transcriptional regulator  38.79 
 
 		 130 aa  100  9e-21  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.520251  normal  0.274126 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_2994  helix-turn-helix, HxlR type  38.79 
 
 		 130 aa  100  1e-20  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2523  transcriptional regulator  39.66 
 
 		 135 aa  98.6  2e-20  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2865  HxlR family transcriptional regulator  39.17 
 
 		 146 aa  99  2e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.17139 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4812  HxlR family transcriptional regulator  40.91 
 
 		 180 aa  97.8  4e-20  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.14161 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0208  hypothetical protein  44.25 
 
 		 144 aa  95.9  2e-19  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9338  transcriptional regulator, HxlR family  38.6 
 
 		 132 aa  94.7  4e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.785405 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0042  transcriptional regulator, HxlR family  43.4 
 
 		 132 aa  94.4  4e-19  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6178  transcriptional regulator, HxlR family  40.18 
 
 		 135 aa  94.4  5e-19  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0462511 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1615  putative transcriptional regulatory protein  41.67 
 
 		 144 aa  94.4  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0735023  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3513  HxlR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 125 aa  94  7e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  decreased coverage  0.00000000897234  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0026  transcriptional regulator, HxlR family  41.07 
 
 		 153 aa  92.4  2e-18  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5256  HxlR family transcriptional regulator  41.03 
 
 		 135 aa  92.4  2e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.86161  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2915  transcriptional regulator, HxlR family  45 
 
 		 146 aa  92.4  2e-18  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3367  transcriptional regulator, HxlR family  46.24 
 
 		 133 aa  91.7  3e-18  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3391  transcriptional regulator, HxlR family  38.39 
 
 		 125 aa  91.3  4e-18  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0184  HxlR family transcriptional regulator  42.48 
 
 		 144 aa  90.9  5e-18  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3282  transcriptional regulator, HxlR family  37.5 
 
 		 125 aa  90.5  6e-18  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2400  HxlR family transcriptional regulator  38.66 
 
 		 137 aa  90.5  6e-18  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.956461  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4023  helix-turn-helix HxlR type  40.37 
 
 		 163 aa  90.5  7e-18  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.259288  normal  0.513403 
 
 
-
 
NC_010511  M446_0618  HxlR family transcriptional regulator  46.53 
 
 		 157 aa  90.1  9e-18  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.953045  hitchhiker  0.00866972 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4392  transcriptional regulator, HxlR family  39.45 
 
 		 163 aa  89.7  1e-17  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.201066 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3423  transcriptional regulator, HxlR family  37.29 
 
 		 127 aa  89.7  1e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.201208  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3289  transcriptional regulator, HxlR family  42.16 
 
 		 144 aa  90.1  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.0688006  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1490  HxlR family transcriptional regulator  42.98 
 
 		 131 aa  89  2e-17  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.263711 
 
 
-
 
NC_011880  Cyan7425_5429  transcriptional regulator, HxlR family  37.96 
 
 		 149 aa  89  2e-17  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1367  HxlR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 126 aa  89.4  2e-17  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00269622 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_3340  transcriptional regulator, HxlR family  42.42 
 
 		 125 aa  88.6  2e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0580  transcriptional regulator, HxlR family  40 
 
 		 125 aa  88.2  3e-17  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  0.0795968 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0552  transcriptional regulator, HxlR family  41.23 
 
 		 128 aa  87.8  4e-17  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.328618  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_4151  HxlR family transcriptional regulator  41.53 
 
 		 134 aa  88.2  4e-17  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2124  HxlR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 136 aa  87.4  6e-17  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.235971  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6638  transcriptional regulator, HxlR family  41.58 
 
 		 134 aa  87.4  6e-17  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2871  HxlR family transcriptional regulator  36.94 
 
 		 141 aa  87  7e-17  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.30961 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0246  putative transcriptional regulator  38.39 
 
 		 160 aa  86.7  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.868597 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4674  transcriptional regulator, HxlR family  43.37 
 
 		 133 aa  86.7  1e-16  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.591353 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0469  putative transcriptional regulator  36.44 
 
 		 128 aa  85.5  2e-16  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2650  transcriptional regulator, HxlR family  34.43 
 
 		 130 aa  85.5  2e-16  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.116917  normal  0.771114 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3743  transcriptional regulator, HxlR family  36.61 
 
 		 151 aa  85.5  2e-16  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.680438  normal  0.0400276 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7868  HxlR family transcriptional regulator  35.09 
 
 		 121 aa  85.9  2e-16  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2510  transcriptional regulator, HxlR family  37.17 
 
 		 138 aa  85.5  2e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2255  HxlR family transcriptional regulator  35.11 
 
 		 156 aa  85.5  2e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.018064 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0264  HxlR family transcriptional regulator  36.28 
 
 		 137 aa  85.9  2e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2508  hypothetical protein  39.42 
 
 		 142 aa  85.1  3e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.261635  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2619  putative transcriptional regulator  35.96 
 
 		 164 aa  85.1  3e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.329844  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2312  hypothetical protein  38.68 
 
 		 154 aa  84.7  4e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.866672 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1296  HxlR family transcriptional regulator  41.35 
 
 		 159 aa  84.7  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0218186  normal  0.682914 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0006  HxlR family transcriptional regulator  34.75 
 
 		 137 aa  84.7  4e-16  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000703871 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0621  HxlR family transcriptional regulator  39.42 
 
 		 140 aa  84.3  5e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1021  putative transcriptional regulator  34.92 
 
 		 128 aa  84  6e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.247516 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2295  transcriptional regulator, HxlR family  35.59 
 
 		 134 aa  84  6e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4817  HxlR family transcriptional regulator  36.13 
 
 		 133 aa  83.6  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.85164  normal  0.139481 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3621  HxlR family transcriptional regulator  39.8 
 
 		 148 aa  83.6  9e-16  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.18218  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_4262  transcriptional regulator, HxlR family  35.59 
 
 		 144 aa  82.8  0.000000000000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.388354  normal  0.116604 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3189  transcriptional regulator, putative  39.29 
 
 		 146 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0929776  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4243  transcriptional regulator, HxlR family  34.45 
 
 		 122 aa  83.2  0.000000000000001  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.216775  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0523  HxlR family transcriptional regulator  35.83 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1997  transcriptional regulator, HxlR family  39.6 
 
 		 135 aa  83.2  0.000000000000001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.271973  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1430  transcriptional regulatory protein  38.39 
 
 		 154 aa  83.2  0.000000000000001  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.240046  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_2005  putative transcriptional regulator  36.36 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000001  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  1  normal  0.684543 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2730  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.42105  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3172  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.767015  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1879  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 174 aa  82.8  0.000000000000001  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1971  HxlR family transcriptional regulator  36.11 
 
 		 134 aa  83.2  0.000000000000001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0615  transcriptional regulator protein-like protein  35.4 
 
 		 168 aa  82.8  0.000000000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_04084  predicted transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.552706  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3781  transcriptional regulator, HxlR family  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3794  HxlR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.437038  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2428  transcriptional regulator, HxlR family  36.44 
 
 		 119 aa  82.8  0.000000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.490851 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2016  transcriptional regulator, putative  39.29 
 
 		 171 aa  82.4  0.000000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3919  transcriptional regulator, HxlR family  34.88 
 
 		 131 aa  82.4  0.000000000000002  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.972554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4782  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0423531  n/a   
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0287  transcriptional regulator, HxlR family  37.84 
 
 		 129 aa  82.4  0.000000000000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2243  putative transcriptional regulator  35.83 
 
 		 150 aa  82.4  0.000000000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.58782  normal  0.248871 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1776  putative transcriptional regulator  36.63 
 
 		 134 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4465  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.49178  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2876  transcriptional regulator, HxlR family  37.38 
 
 		 133 aa  82.4  0.000000000000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0897  PadR family transcriptional regulator  39.29 
 
 		 154 aa  82.8  0.000000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3135  PadR family transcriptional regulator  38.6 
 
 		 148 aa  82  0.000000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4753  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5729  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0786413  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_04047  hypothetical protein  39.81 
 
 		 126 aa  82.8  0.000000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.725315  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3681  transcriptional regulator, HxlR family  37 
 
 		 101 aa  82.4  0.000000000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4705  transcriptional regulator, HxlR family  36.61 
 
 		 148 aa  81.6  0.000000000000003  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.979262  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2843  putative transcriptional regulator  35.19 
 
 		 133 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.0861419  normal  0.0924063 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1728  HxlR family transcriptional regulator  35.19 
 
 		 135 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0163  HxlR family transcriptional regulator  38.32 
 
 		 144 aa  82  0.000000000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.379253  hitchhiker  0.00857335 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4691  putative transcriptional regulator  39.81 
 
 		 126 aa  81.6  0.000000000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2765  transcriptional regulator, HxlR family  36.04 
 
 		 138 aa  81.6  0.000000000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.340614  normal  0.683768 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03748  transcriptional regulatory protein  43.69 
 
 		 120 aa  81.6  0.000000000000003  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3630  HxlR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4737  HxlR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00638725 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5545  HxlR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 128 aa  81.6  0.000000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.691894  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7105  transcriptional regulator protein-like protein  36.61 
 
 		 164 aa  82  0.000000000000003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.248427  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1620  putative transcriptional regulator  35.19 
 
 		 133 aa  81.6  0.000000000000003  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6779  transcriptional regulator, HxlR family  42.06 
 
 		 132 aa  81.6  0.000000000000004  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4164  HxlR family transcriptional regulator  38.1 
 
 		 122 aa  81.3  0.000000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.596618  normal  0.514488 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>