215 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4561 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008688  Pden_4561  glycerate kinase  100 
 
 		 387 aa  757    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.532738 
 
 
-
 
NC_005945  BAS2054  hypothetical protein  54.15 
 
 		 394 aa  396  1e-109  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2192  conserved hypothetical protein TIGR00045  54.15 
 
 		 394 aa  395  1e-109  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.00342258  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2210  hypothetical protein  54.15 
 
 		 394 aa  396  1e-109  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.583334  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2238  conserved hypothetical protein TIGR00045  54.15 
 
 		 394 aa  396  1e-109  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  4.61483e-31 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_4932  glycerate kinase  59.69 
 
 		 383 aa  378  1e-103  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2145  glycerate kinase  56 
 
 		 399 aa  358  9.999999999999999e-98  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.741997  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0404  glycerate kinase  51.19 
 
 		 381 aa  333  4e-90  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0467091  decreased coverage  0.00777473 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1142  glycerate kinase  50.93 
 
 		 382 aa  329  5.0000000000000004e-89  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.45984  unclonable  0.0000000352544 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_3529  glycerate kinase  50.92 
 
 		 384 aa  329  6e-89  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2915  glycerate kinase  50.68 
 
 		 383 aa  313  1.9999999999999998e-84  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3398  glycerate kinase  52.38 
 
 		 380 aa  313  2.9999999999999996e-84  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  0.13407  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3165  glycerate kinase 2  47.77 
 
 		 380 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.589174  normal  0.0595423 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3118  glycerate kinase 2  47.77 
 
 		 380 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.855661  normal  0.775701 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3181  glycerate kinase 2  47.51 
 
 		 380 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.345716  normal  0.43286 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3279  glycerate kinase 2  47.51 
 
 		 380 aa  310  2e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.809605  normal  0.297665 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3100  glycerate kinase 2  47.51 
 
 		 380 aa  308  1.0000000000000001e-82  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3392  glycerate kinase  45.81 
 
 		 381 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_22950  Glycerate kinase  49.07 
 
 		 380 aa  307  2.0000000000000002e-82  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06943  hypothetical glycerate kinase (Eurofung)  52.55 
 
 		 338 aa  306  3e-82  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3551  glycerate kinase  45.29 
 
 		 387 aa  306  3e-82  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.565329  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1380  Glycerate kinase  52.7 
 
 		 379 aa  305  9.000000000000001e-82  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.824242 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0111  glycerate kinase  47.44 
 
 		 378 aa  303  4.0000000000000003e-81  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3280  glycerate kinase  46.32 
 
 		 379 aa  302  7.000000000000001e-81  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.345259  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0871  glycerate 2-kinase  42.59 
 
 		 380 aa  302  8.000000000000001e-81  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A4081  glycerate kinase  47.17 
 
 		 378 aa  302  8.000000000000001e-81  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.063717 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_4052  glycerate kinase  47.44 
 
 		 378 aa  301  2e-80  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2685  Glycerate kinase  50.13 
 
 		 381 aa  299  7e-80  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3623  glycerate kinase  44.39 
 
 		 386 aa  298  8e-80  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.304163  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1860  Glycerate kinase  47.35 
 
 		 388 aa  298  8e-80  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.817432  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3291  Glycerate kinase  49.33 
 
 		 380 aa  298  1e-79  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000000000409322  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3228  glycerate kinase  47.2 
 
 		 384 aa  298  1e-79  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0890898  normal  0.844973 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0846  glycerate kinase  46.98 
 
 		 380 aa  298  1e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2594  glycerate kinase  45.14 
 
 		 379 aa  297  2e-79  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3419  glycerate kinase I  46.07 
 
 		 381 aa  296  3e-79  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4436  glycerate kinase I  46.07 
 
 		 381 aa  296  4e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.109938 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02989  glycerate kinase I  45.83 
 
 		 408 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0581  Glycerate kinase  46.07 
 
 		 381 aa  296  6e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0576  glycerate kinase I  46.07 
 
 		 381 aa  296  6e-79  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02940  hypothetical protein  45.83 
 
 		 408 aa  295  6e-79  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0578  glycerate kinase II  44.53 
 
 		 382 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.837942 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0571  glycerate kinase II  44.53 
 
 		 382 aa  296  6e-79  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3313  glycerate kinase I  46.07 
 
 		 381 aa  296  6e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0151  glycerate kinase  50.53 
 
 		 381 aa  295  7e-79  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.219073  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4326  hypothetical protein  50.14 
 
 		 381 aa  295  9e-79  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0260902  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3602  glycerate kinase I  46.07 
 
 		 381 aa  295  9e-79  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0573  glycerate kinase II  44.53 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0632  glycerate kinase II  44.53 
 
 		 382 aa  295  1e-78  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.82847  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3115  glycerate kinase  45.99 
 
 		 379 aa  294  2e-78  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.630245  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2534  glycerate kinase  44.88 
 
 		 381 aa  292  6e-78  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0854  glycerate kinase  42.93 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.69696  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2690  glycerate kinase  47.49 
 
 		 379 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3234  glycerate kinase I  45.29 
 
 		 381 aa  291  1e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2908  glycerate kinase  45.45 
 
 		 379 aa  291  2e-77  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.46762 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3566  glycerate kinase I  45.53 
 
 		 381 aa  290  3e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.816007 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0846  hypothetical protein  42.93 
 
 		 373 aa  289  5.0000000000000004e-77  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0245025  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0559  glycerate kinase II  44.33 
 
 		 381 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0925  glycerate kinase  43.98 
 
 		 381 aa  288  2e-76  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  0.000221042  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43390  Glycerate kinase  47.86 
 
 		 378 aa  287  2.9999999999999996e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  decreased coverage  0.00316811  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3239  glycerate 2-kinase  46.17 
 
 		 379 aa  287  2.9999999999999996e-76  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.0332689 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3134  glycerate kinase  45.04 
 
 		 392 aa  285  7e-76  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00500551 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00464  glycerate kinase II  44.06 
 
 		 381 aa  285  8e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00469  hypothetical protein  44.06 
 
 		 381 aa  285  8e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0615  glycerate kinase II  43.8 
 
 		 381 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1524  glycerate kinase  42.63 
 
 		 380 aa  285  1.0000000000000001e-75  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5139  glycerate kinase  45.22 
 
 		 381 aa  285  1.0000000000000001e-75  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00182361  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0551  glycerate kinase II  44.06 
 
 		 381 aa  284  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3109  glycerate kinase II  44.06 
 
 		 381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.574239 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0587  glycerate kinase II  44.06 
 
 		 381 aa  284  2.0000000000000002e-75  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3099  Glycerate kinase  43.8 
 
 		 381 aa  283  3.0000000000000004e-75  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1439  glycerate kinase  48.02 
 
 		 380 aa  283  3.0000000000000004e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.465286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2519  glycerate kinase  43.83 
 
 		 381 aa  283  4.0000000000000003e-75  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.122569 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0812  glycerate kinase  45.29 
 
 		 380 aa  283  5.000000000000001e-75  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0197  glycerate kinase  42.97 
 
 		 381 aa  282  8.000000000000001e-75  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.0775115  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_50760  hypothetical protein  49.86 
 
 		 381 aa  281  1e-74  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0151848 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1470  glycerate kinase  42.16 
 
 		 394 aa  281  1e-74  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2714  glycerate kinase  44.77 
 
 		 384 aa  281  1e-74  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.426289  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06863  glycerate kinase  44.65 
 
 		 377 aa  281  1e-74  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3178  glycerate kinase  45.79 
 
 		 379 aa  281  2e-74  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002976  SERP2012  glycerate kinase 2  41.22 
 
 		 383 aa  281  2e-74  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.197664  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0153  glycerate kinase  42.7 
 
 		 381 aa  281  2e-74  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.430651  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0201  glycerate kinase  45.67 
 
 		 394 aa  280  3e-74  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2773  Glycerate kinase  42.04 
 
 		 402 aa  280  4e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.567771  hitchhiker  0.000390297 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03503  glycerate kinase  49.35 
 
 		 389 aa  278  8e-74  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2685  glycerate kinase  43.57 
 
 		 381 aa  278  9e-74  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.384968 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1896  glycerate kinase  41.87 
 
 		 384 aa  278  1e-73  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2858  glycerate kinase  46.9 
 
 		 379 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.368112  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2726  glycerate kinase  46.9 
 
 		 379 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1575  glycerate kinase  41.44 
 
 		 403 aa  277  2e-73  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2685  glycerate kinase  46.9 
 
 		 379 aa  277  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0148  glycerate kinase  42.43 
 
 		 385 aa  276  6e-73  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.175486  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1604  glycerate kinase  41.54 
 
 		 402 aa  276  6e-73  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.395644  normal  0.145781 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0173  glycerate kinase  45.93 
 
 		 388 aa  276  6e-73  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0262  glycerate kinase 2  45.93 
 
 		 388 aa  275  7e-73  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1637  glycerate kinase 1  45.93 
 
 		 388 aa  275  9e-73  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0176  glycerate kinase  41.41 
 
 		 381 aa  275  9e-73  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.246906 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0146  glycerate kinase  42.16 
 
 		 385 aa  275  1.0000000000000001e-72  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.214827  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000882  glycerate kinase  44.39 
 
 		 378 aa  274  2.0000000000000002e-72  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2538  glycerate kinase  45.53 
 
 		 379 aa  274  2.0000000000000002e-72  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2637  glycerate kinase  46.63 
 
 		 379 aa  273  3e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>