More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4399 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_2896  FAD-binding oxidoreductase/transferase  70.02 
 
 
480 aa  694    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1020  putative glycolate oxidase subunit protein  73.56 
 
 
477 aa  688    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0835602  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0690  FAD linked oxidase-like  68.28 
 
 
481 aa  655    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.895548  normal  0.106558 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2502  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  69.12 
 
 
482 aa  683    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.207618  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0208  FAD linked oxidase domain-containing protein  73.77 
 
 
477 aa  707    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.23565 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2680  FAD linked oxidase domain-containing protein  73.35 
 
 
477 aa  685    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.152379 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4399  FAD linked oxidase domain-containing protein  100 
 
 
484 aa  976    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.177563  normal  0.114484 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4582  FAD linked oxidase domain protein  63.19 
 
 
477 aa  601  1e-170  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  decreased coverage  0.000242662  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3033  FAD linked oxidase domain-containing protein  62.98 
 
 
477 aa  596  1e-169  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.491318  normal  0.0473445 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5786  glycolate oxidase subunit GlcD  62.34 
 
 
477 aa  590  1e-167  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0450  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  61.81 
 
 
479 aa  586  1e-166  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0494  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  62.03 
 
 
479 aa  583  1.0000000000000001e-165  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.159289 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4325  FAD linked oxidase domain-containing protein  63.19 
 
 
477 aa  570  1e-161  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.73889  normal  0.0799258 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0394  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  60.13 
 
 
479 aa  569  1e-161  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0534989  normal  0.413776 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2550  FAD linked oxidase domain-containing protein  58.09 
 
 
486 aa  558  1e-158  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0859  FAD linked oxidase domain protein  61.28 
 
 
477 aa  555  1e-156  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.70916 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0884  FAD linked oxidase domain protein  61.06 
 
 
477 aa  551  1e-156  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.931044 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0923  FAD linked oxidase domain-containing protein  60.85 
 
 
477 aa  551  1e-155  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0282812  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0991  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  58.67 
 
 
497 aa  542  1e-153  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.0782856  normal  0.327269 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1321  FAD linked oxidase domain protein  54.16 
 
 
497 aa  520  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4137  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.58 
 
 
497 aa  519  1e-146  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1870  FAD linked oxidase domain-containing protein  55.96 
 
 
502 aa  519  1e-146  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.200444  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1827  FAD linked oxidase-like  54.37 
 
 
497 aa  517  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.049746  normal  0.441033 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4736  FAD linked oxidase-like  54.16 
 
 
497 aa  516  1.0000000000000001e-145  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.369244  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2581  FAD linked oxidase  54.58 
 
 
497 aa  502  1e-141  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.209325 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3010  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  54.24 
 
 
498 aa  503  1e-141  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0180  glycolate oxidase, subunit GlcD  53.81 
 
 
498 aa  499  1e-140  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.74675  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0161  glycolate oxidase, subunit GlcD  54.03 
 
 
498 aa  501  1e-140  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0407483  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1662  glycolate oxidase, subunit GlcD  55.65 
 
 
497 aa  501  1e-140  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1695  FAD linked oxidase domain protein  53.56 
 
 
495 aa  496  1e-139  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.84126 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0364  FAD linked oxidase-like  54.24 
 
 
498 aa  497  1e-139  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3204  FAD linked oxidase-like  54.37 
 
 
497 aa  487  1e-136  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1899  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  52.88 
 
 
496 aa  472  1e-132  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_70690  glycolate oxidase subunit GlcD  51.43 
 
 
499 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1501  glycolate oxidase, GlcD subunit  51.45 
 
 
484 aa  462  1e-129  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0901528  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3555  glycolate oxidase, subunit GlcD  50.88 
 
 
499 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0495  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.56 
 
 
496 aa  460  9.999999999999999e-129  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0997  FAD linked oxidase domain protein  52.13 
 
 
498 aa  458  9.999999999999999e-129  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3331  glycolate oxidase subunit GlcD  50.9 
 
 
499 aa  456  1e-127  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000167182 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1650  glycolate oxidase subunit D  48.93 
 
 
492 aa  458  1e-127  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal  0.054636 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43330  glycolate oxidase subunit GlcD  48.72 
 
 
499 aa  457  1e-127  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2219  glycolate oxidase subunit GlcD  50.77 
 
 
499 aa  458  1e-127  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000941234  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_6132  glycolate oxidase subunit GlcD  51.35 
 
 
499 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2159  glycolate oxidase subunit GlcD  49.89 
 
 
499 aa  453  1.0000000000000001e-126  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.251033 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2037  FAD linked oxidase domain protein  50.11 
 
 
503 aa  454  1.0000000000000001e-126  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.159157  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1885  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  48.07 
 
 
492 aa  449  1e-125  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.78076  hitchhiker  0.00459775 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2018  glycolate oxidase subunit GlcD  49.67 
 
 
499 aa  451  1e-125  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.252442  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3745  glycolate oxidase subunit GlcD  49.23 
 
 
499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.337857  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2306  glycolate oxidase subunit GlcD  48.5 
 
 
499 aa  447  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.354077  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2202  glycolate oxidase subunit GlcD  49.45 
 
 
499 aa  445  1.0000000000000001e-124  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0173  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  49.34 
 
 
485 aa  441  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.155859  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0160  FAD linked oxidase domain protein  47.24 
 
 
483 aa  441  9.999999999999999e-123  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0702  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.91 
 
 
497 aa  435  1e-121  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.138361 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0221  FAD linked oxidase domain-containing protein  49.55 
 
 
501 aa  438  1e-121  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.120176  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6392  glycolate oxidase subunit GlcD  47.46 
 
 
499 aa  438  1e-121  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0650  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.48 
 
 
497 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2219  glycolate oxidase subunit GlcD  47.68 
 
 
499 aa  436  1e-121  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.165204  hitchhiker  0.00964982 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0624  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.48 
 
 
497 aa  436  1e-121  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.864789  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0203  glycolate oxidase subunit GlcD  47.86 
 
 
499 aa  438  1e-121  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.60934 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02848  glycolate oxidase subunit, FAD-linked  47.58 
 
 
499 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.139975  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0717  glycolate oxidase, subunit GlcD  46.72 
 
 
499 aa  432  1e-120  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3820  FAD linked oxidase-like  48.26 
 
 
497 aa  432  1e-120  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0635309  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0721  glycolate oxidase subunit GlcD  47.58 
 
 
499 aa  432  1e-120  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1268  FAD linked oxidase domain protein  48.61 
 
 
497 aa  433  1e-120  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02798  hypothetical protein  47.58 
 
 
499 aa  433  1e-120  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.160001  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0250  FAD linked oxidase-like  48.91 
 
 
497 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.579749  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0734  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.91 
 
 
497 aa  434  1e-120  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.651197  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2652  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.26 
 
 
497 aa  432  1e-120  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0510945 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2666  glycolate oxidase FAD-linked subunit oxidoreductase  46.48 
 
 
497 aa  429  1e-119  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.530486  normal  0.344368 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3257  glycolate oxidase subunit GlcD  47.36 
 
 
496 aa  429  1e-119  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3439  glycolate oxidase subunit GlcD  47.58 
 
 
496 aa  432  1e-119  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2902  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.7 
 
 
497 aa  429  1e-119  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.495619  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3152  glycolate oxidase subunit GlcD  47.58 
 
 
496 aa  432  1e-119  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1637  FAD linked oxidase domain protein  49 
 
 
503 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.114103  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2496  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.7 
 
 
499 aa  430  1e-119  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7454  glycolate oxidase subunit GlcD  47.02 
 
 
499 aa  426  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.108738  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2514  D-lactate dehydrogenase (cytochrome)  46.96 
 
 
501 aa  425  1e-118  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0033  glycolate oxidase subunit GlcD  47.68 
 
 
499 aa  426  1e-118  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2687  glycolate oxidase subunit GlcD  47.68 
 
 
499 aa  428  1e-118  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1894  FAD linked oxidase domain-containing protein  48.46 
 
 
500 aa  428  1e-118  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.140191 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3304  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.44 
 
 
490 aa  425  1e-118  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.563604  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0558  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.02 
 
 
486 aa  424  1e-117  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.517434  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3260  FAD linked oxidase domain-containing protein  47.22 
 
 
512 aa  425  1e-117  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.440454 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2414  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0047  glycolate oxidase, subunit GlcD  48.13 
 
 
483 aa  423  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.424124  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3342  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  425  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1291  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  424  1e-117  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5643  glycolate oxidase subunit GlcD  46.58 
 
 
499 aa  422  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.170782  normal  0.475418 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2926  FAD linked oxidase-like protein  46.83 
 
 
500 aa  422  1e-117  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2601  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5491  glycolate oxidase subunit GlcD  48.18 
 
 
499 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.187915  hitchhiker  0.000688169 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_4091  glycolate oxidase, subunit GlcD  45.71 
 
 
492 aa  423  1e-117  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  normal  0.0296969 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3330  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  422  1e-117  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.510979  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4938  glycolate oxidase subunit GlcD  48.18 
 
 
499 aa  422  1e-117  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.408162  normal  0.0595953 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3296  putative glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  425  1e-117  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0331  glycolate oxidase, subunit GlcD  47.83 
 
 
497 aa  422  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1138  D-lactate dehydrogenase  49.12 
 
 
483 aa  422  1e-117  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.588849 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2369  FAD linked oxidase domain protein  47.58 
 
 
481 aa  421  1e-116  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0720  FAD linked oxidase domain protein  46.74 
 
 
497 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.732845 
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0276  glycolate oxidase subunit GlcD  47.36 
 
 
490 aa  419  1e-116  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>