More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4304 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_4304  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  100 
 
 
123 aa  251  3e-66  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.776051  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2349  putative iron-binding protein iscA  72.57 
 
 
121 aa  177  4.999999999999999e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0909785  normal  0.541435 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0344  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  70.94 
 
 
118 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.316868  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0599  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  70.09 
 
 
118 aa  175  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1948  hypothetical protein  70.09 
 
 
118 aa  174  3e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2525  HesB/YadR/YfhF  67.52 
 
 
126 aa  168  2e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  decreased coverage  0.00201416  normal  0.319126 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0765  HesB/YadR/YfhF  68.14 
 
 
117 aa  163  5.9999999999999996e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.593205 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3257  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  51.33 
 
 
119 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.319112  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0939  HesB/YadR/YfhF family protein  49.53 
 
 
126 aa  117  3.9999999999999996e-26  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.665013  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0934  hesb protein  49.53 
 
 
168 aa  117  4.9999999999999996e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2247  FeS assembly scaffold SufA  50.49 
 
 
126 aa  115  9.999999999999999e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0453155  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1321  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  49.07 
 
 
119 aa  115  1.9999999999999998e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0566987  normal  0.902346 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3325  FeS assembly scaffold SufA  50 
 
 
126 aa  114  3.9999999999999997e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2209  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.02 
 
 
119 aa  113  8.999999999999998e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0997  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.55 
 
 
125 aa  112  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.147129  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4331  FeS assembly scaffold SufA  49.07 
 
 
126 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2442  FeS assembly scaffold SufA  47.27 
 
 
128 aa  113  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.434123  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1776  FeS assembly scaffold SufA  44.95 
 
 
128 aa  110  5e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.641899  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0616  putative FeS assembly scaffold SufA  48.62 
 
 
119 aa  109  1.0000000000000001e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.25627  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1463  FeS assembly scaffold SufA  43.86 
 
 
130 aa  109  1.0000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.0458373 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2101  FeS assembly scaffold SufA  51.11 
 
 
130 aa  108  3e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.181077 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4462  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.55 
 
 
126 aa  107  5e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.155055 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4351  FeS assembly scaffold SufA  45.69 
 
 
126 aa  107  6e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.836672 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3982  FeS assembly scaffold SufA  45.69 
 
 
126 aa  107  6e-23  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1894  FeS assembly scaffold SufA  51.69 
 
 
130 aa  107  7.000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.334137  hitchhiker  0.00505979 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2595  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  48.67 
 
 
130 aa  107  8.000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.912674  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3971  Iron-sulfur cluster assembly protein  46.3 
 
 
134 aa  105  2e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0542987  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0103  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  43.22 
 
 
124 aa  104  3e-22  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2748  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  42.48 
 
 
123 aa  104  4e-22  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.51933  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0620  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.67 
 
 
110 aa  104  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.779082  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0594  HesB/YadR/YfhF  46.67 
 
 
110 aa  104  5e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0629  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.67 
 
 
110 aa  104  5e-22  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2461  FeS assembly scaffold SufA  42.74 
 
 
134 aa  103  6e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0278262  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4614  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  44.25 
 
 
141 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.642683  normal  0.147205 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1659  HesB/YadR/YfhF  44.34 
 
 
134 aa  102  2e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.724674  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2988  HesB/YadR/YfhF  42.48 
 
 
134 aa  101  3e-21  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.0481576 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2323  HesB/YadR/YfhF  45.28 
 
 
134 aa  101  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.654649  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2835  HesB/YadR/YfhF  44.34 
 
 
134 aa  100  7e-21  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0518728  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1847  iron-sulfur cluster assembly scaffold protein  50 
 
 
123 aa  99.8  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.726204  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1741  iron-sulfur cluster assembly scaffold protein  50 
 
 
123 aa  99.4  1e-20  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2594  iron-sulfur cluster assembly scaffold protein  50 
 
 
123 aa  99.4  1e-20  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0639  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  43.69 
 
 
109 aa  98.2  3e-20  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.248132  normal  0.354977 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0675  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.2 
 
 
107 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0824  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.2 
 
 
107 aa  97.4  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0263078  normal  0.761008 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2203  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  42.31 
 
 
107 aa  97.4  6e-20  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.0120838  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0250  HesB/YadR/YfhF family protein  44.23 
 
 
107 aa  96.7  9e-20  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1491  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  42.16 
 
 
107 aa  96.3  1e-19  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2375  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  43.14 
 
 
107 aa  96.7  1e-19  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.230249  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4803  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  46.23 
 
 
121 aa  95.9  2e-19  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.901063 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1793  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  43.69 
 
 
107 aa  95.1  3e-19  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.872961  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2180  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  44.12 
 
 
107 aa  95.1  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.000819662  normal  0.343263 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1640  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  42.16 
 
 
107 aa  94  6e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.894847  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2142  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  42.16 
 
 
107 aa  94  6e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00782593 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2288  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  43.14 
 
 
107 aa  94  7e-19  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.0828937  normal 
 
 
-
 
BN001307  ANIA_10237  iron-sulfur cluster assembly accessory protein Isa1, putative (AFU_orthologue; AFUA_4G10690)  39.62 
 
 
242 aa  93.6  8e-19  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  0.0808107  hitchhiker  0.00613418 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1021  hypothetical protein  41.18 
 
 
106 aa  93.6  8e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.31629  normal  0.456711 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0283  HesB-family protein  40 
 
 
107 aa  93.6  9e-19  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1166  Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  40.38 
 
 
107 aa  93.2  1e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0148248  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_40380  Iron-sulfur biogenesis protein  42.31 
 
 
107 aa  92.8  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.741715  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2445  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  39.22 
 
 
107 aa  92.8  1e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.300922  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0951  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.2 
 
 
106 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.031021 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2057  iron-sulfur cluster assembly protein  40.38 
 
 
107 aa  92  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.0583672  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1060  HesB/YadR/YfhF:Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  41.18 
 
 
106 aa  92  2e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.63683  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0886  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.2 
 
 
106 aa  92.4  2e-18  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.62045  normal  0.0717209 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3939  HesB/YadR/YfhF  42.06 
 
 
123 aa  92  3e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal  0.0246542 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1650  HesB/YadR/YfhF  39.22 
 
 
107 aa  92  3e-18  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0736804  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1027  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.74 
 
 
113 aa  91.3  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00699408  normal  0.267382 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1045  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  41.18 
 
 
110 aa  91.3  4e-18  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0806  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  39.22 
 
 
107 aa  90.9  5e-18  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  hitchhiker  0.00435641  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1555  Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
111 aa  90.9  5e-18  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0428449  normal  0.141626 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2141  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.629588 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5953  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
107 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2124  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
115 aa  90.9  5e-18  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4257  HesB/YadR/YfhF  38.32 
 
 
123 aa  90.5  6e-18  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2568  HesB/YadR/YfhF  42.99 
 
 
113 aa  90.5  7e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1146  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.140642  normal  0.130277 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1480  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  39.42 
 
 
110 aa  90.5  7e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.692508  normal  0.631943 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3509  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.38 
 
 
107 aa  90.5  7e-18  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.684527  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0471  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.2 
 
 
107 aa  90.1  9e-18  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.0506099  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2577  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  38.24 
 
 
107 aa  90.1  9e-18  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.271604  hitchhiker  0.00215564 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2144  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  41.18 
 
 
107 aa  90.1  9e-18  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.253252  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2034  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  37.25 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1952  HesB/YadR/YfhF:Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  38.46 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.000360593  normal  0.334037 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5430  Iron-sulphur cluster assembly protein IscA  37.25 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.14101  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2260  hypothetical protein  41.18 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.510827 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3589  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  39.45 
 
 
127 aa  89.4  1e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00200335 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2179  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  43.14 
 
 
107 aa  89.7  1e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  hitchhiker  0.00700081  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2161  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  37.25 
 
 
122 aa  89.4  1e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0844  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.38 
 
 
107 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0408  HesB/YadR/YfhF  43.36 
 
 
141 aa  89  2e-17  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0874  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.38 
 
 
107 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.301762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0887  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  40.38 
 
 
107 aa  89  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.553032  hitchhiker  0.000153818 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1247  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  40.38 
 
 
108 aa  89  2e-17  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1456  iron-sulfur cluster assembly protein IscA  37.25 
 
 
118 aa  89.4  2e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.726926  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02420  iron-sulfur cluster assembly protein  38.46 
 
 
107 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1149  iron-sulfur cluster assembly protein  38.46 
 
 
107 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0396578  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2813  iron-sulfur cluster assembly protein  38.46 
 
 
109 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0693876  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3760  iron-sulfur cluster assembly protein  38.46 
 
 
109 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00394135  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1915  iron-sulfur cluster assembly accessory protein  42.16 
 
 
109 aa  88.2  3e-17  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2679  iron-sulfur cluster assembly protein  38.46 
 
 
109 aa  88.6  3e-17  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>