More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4243 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4243  GntR domain-containing protein  100 
 
 		 175 aa  353  6.999999999999999e-97  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.318263 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3401  GntR domain-containing protein  62.94 
 
 		 235 aa  223  8e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5755  GntR domain protein  55.62 
 
 		 234 aa  191  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.166483  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5756  GntR domain protein  55.56 
 
 		 236 aa  189  2e-47  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.294858  normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3974  GntR family transcriptional regulator  47.65 
 
 		 231 aa  165  2e-40  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3756  GntR domain protein  47.65 
 
 		 234 aa  159  1e-38  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3543  GntR family transcriptional regulator  46.43 
 
 		 242 aa  152  2e-36  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1298  GntR domain protein  47.56 
 
 		 242 aa  145  2.0000000000000003e-34  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.0878835  normal  0.515032 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2067  GntR domain protein  27.57 
 
 		 252 aa  72.8  0.000000000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000610321  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_1996  GntR domain protein  31.69 
 
 		 250 aa  71.6  0.000000000006  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  0.482445  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2188  GntR domain-containing protein  30.29 
 
 		 240 aa  70.1  0.00000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.030411  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2675  transcriptional regulator GntR  33.7 
 
 		 245 aa  65.5  0.0000000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.159035  normal  1 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0177  GntR family transcriptional regulator  31.87 
 
 		 270 aa  64.7  0.0000000007  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.285008  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0365  GntR family transcriptional regulator  34.12 
 
 		 230 aa  64.7  0.0000000007  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_2607  GntR domain protein  34.57 
 
 		 234 aa  63.9  0.000000001  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0794563 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_7371  transcriptional regulator NanR  34.38 
 
 		 260 aa  63.5  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2241  GntR domain protein  28.14 
 
 		 227 aa  62.8  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  0.328409 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0156  GntR family regulatory protein  31.32 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  unclonable  0.000005482  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2589  GntR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 270 aa  63.2  0.000000002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  hitchhiker  0.000313005  normal  0.0123827 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1078  transcriptional regulatory DNA-binding transcription regulator protein  32.12 
 
 		 255 aa  62.4  0.000000003  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1464  GntR domain protein  36.42 
 
 		 249 aa  62  0.000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.232072 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1522  GntR domain-containing protein  32.39 
 
 		 245 aa  62  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0133617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1891  GntR family transcriptional regulator  33.13 
 
 		 265 aa  62  0.000000004  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  decreased coverage  0.00390754  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1915  GntR domain-containing protein  30.12 
 
 		 227 aa  61.6  0.000000005  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  0.249377 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2304  GntR family transcriptional regulator  32.77 
 
 		 233 aa  60.5  0.00000001  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0527  GntR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 252 aa  60.8  0.00000001  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.0000211713  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3254  transcriptional regulator, GntR family  32.54 
 
 		 244 aa  59.7  0.00000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.785  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1948  GntR family transcriptional regulator  36.21 
 
 		 255 aa  59.7  0.00000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0263216  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5703  transcriptional regulator GntR family  30.59 
 
 		 246 aa  59.3  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0749  GntR family transcriptional regulator  29.61 
 
 		 236 aa  59.3  0.00000003  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2818  GntR domain-containing protein  32.93 
 
 		 249 aa  59.3  0.00000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.325191  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4412  GntR domain protein  31.11 
 
 		 243 aa  58.9  0.00000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  0.99492 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3905  GntR domain-containing protein  31.76 
 
 		 235 aa  59.3  0.00000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2313  GntR domain-containing protein  34.3 
 
 		 249 aa  58.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.146544  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3305  GntR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 251 aa  58.9  0.00000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1263  GntR domain protein  28.65 
 
 		 229 aa  58.9  0.00000004  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5064  regulatory protein GntR HTH  33.33 
 
 		 242 aa  58.9  0.00000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6525  GntR domain-containing protein  35.09 
 
 		 253 aa  58.9  0.00000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.223773  normal  0.0260964 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2680  GntR family transcriptional regulator  33.54 
 
 		 229 aa  58.5  0.00000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.224385  normal  0.117444 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0307  GntR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 234 aa  58.2  0.00000005  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1727  GntR domain protein  32.35 
 
 		 273 aa  58.2  0.00000006  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  unclonable  0.000000957079  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0362  GntR domain-containing protein  28.81 
 
 		 261 aa  58.2  0.00000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0156  GntR domain protein  31.43 
 
 		 230 aa  58.2  0.00000006  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  0.108623 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3102  GntR domain-containing protein  34.3 
 
 		 249 aa  57.8  0.00000007  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.616915  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1426  GntR domain-containing protein  31.76 
 
 		 253 aa  57.8  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3603  GntR family transcriptional regulator  34.3 
 
 		 254 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.180217  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1888  GntR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 257 aa  57.8  0.00000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.146862  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3118  transcriptional regulator GntR  32.34 
 
 		 237 aa  57.8  0.00000008  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3977  GntR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 245 aa  57.8  0.00000008  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.355862  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0661  GntR domain-containing protein  32.14 
 
 		 232 aa  57.8  0.00000009  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.2652  normal  0.118681 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3404  GntR domain protein  31.32 
 
 		 245 aa  57  0.0000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  unclonable  0.00000000000000285286  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0403  GntR family transcriptional regulator  32.07 
 
 		 261 aa  57.4  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2876  GntR domain protein  29.78 
 
 		 245 aa  57.4  0.0000001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2132  GntR family transcriptional regulator  31.43 
 
 		 246 aa  57  0.0000001  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3283  transcriptional regulator, GntR family  31.74 
 
 		 237 aa  56.6  0.0000002  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0945  GntR domain protein  31.52 
 
 		 251 aa  56.2  0.0000002  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.280817  normal  0.0677412 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0625  transcriptional regulator, GntR family  35.71 
 
 		 223 aa  56.6  0.0000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.699085  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0306  FCD domain-containing protein  25.66 
 
 		 228 aa  56.2  0.0000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.438434  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2187  GntR domain-containing protein  29.73 
 
 		 239 aa  56.6  0.0000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00327996  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2141  GntR domain-containing protein  33.53 
 
 		 253 aa  56.2  0.0000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3306  GntR domain-containing protein  30.17 
 
 		 253 aa  56.6  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0977  GntR domain protein  28.49 
 
 		 244 aa  55.8  0.0000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.243501  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3007  GntR domain-containing protein  29.38 
 
 		 270 aa  56.2  0.0000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.012307  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43060  GntR family transcriptional regulator  28.65 
 
 		 258 aa  55.8  0.0000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.145133  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4519  GntR domain protein  31.03 
 
 		 240 aa  55.8  0.0000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_63070  GntR family transcriptional regulator  29.03 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.142439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5489  putative transcriptional regulator  29.03 
 
 		 257 aa  55.8  0.0000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0971  GntR family transcriptional regulator  32.54 
 
 		 248 aa  55.8  0.0000003  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0558982  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2734  GntR domain protein  32.37 
 
 		 254 aa  55.5  0.0000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.341989  normal  1 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0208  GntR family transcriptional regulator  32.61 
 
 		 229 aa  55.5  0.0000004  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  decreased coverage  0.00667385  n/a   
 
 
-
 
NC_008243  Meso_4518  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 234 aa  55.5  0.0000004  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2629  GntR domain protein  31.9 
 
 		 240 aa  55.5  0.0000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7351  transcriptional regulator GntR family  33.33 
 
 		 284 aa  55.1  0.0000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.307061  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1034  GntR family transcriptional regulator  33.15 
 
 		 255 aa  55.1  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.369271  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1359  GntR family transcriptional regulator  31.55 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0317585 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2473  GntR family transcriptional regulator  33.14 
 
 		 240 aa  55.1  0.0000005  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0301  hypothetical protein  25.66 
 
 		 228 aa  55.1  0.0000005  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2670  GntR domain-containing protein  31.38 
 
 		 243 aa  55.1  0.0000005  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.015323  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2695  GntR domain-containing protein  33.15 
 
 		 255 aa  55.1  0.0000005  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  0.0648967 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4228  transcriptional regulator GntR  32.34 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000006  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4276  GntR family transcriptional regulator  32.93 
 
 		 253 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0786169  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_0553  GntR domain protein  32.6 
 
 		 253 aa  55.1  0.0000006  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0685  GntR-like  32.93 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1140  GntR domain-containing protein  32.93 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1164  GntR domain-containing protein  32.93 
 
 		 249 aa  54.7  0.0000006  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4862  GntR domain protein  32.34 
 
 		 247 aa  54.7  0.0000007  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.105448 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0744  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.24 
 
 		 258 aa  54.7  0.0000007  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1010  GntR domain protein  31.52 
 
 		 251 aa  54.7  0.0000007  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_4063  GntR family transcriptional regulator  33.12 
 
 		 242 aa  54.7  0.0000007  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3372  GntR domain-containing protein  32.54 
 
 		 299 aa  54.3  0.0000008  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2500  GntR transcriptional regulators family  27.93 
 
 		 243 aa  54.3  0.0000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4550  transcriptional regulator, GntR family  32.34 
 
 		 249 aa  54.3  0.0000009  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1700  GntR-like protein  27.7 
 
 		 164 aa  54.3  0.0000009  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  hitchhiker  0.000000597096  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3548  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  28.66 
 
 		 258 aa  53.5  0.000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.701913 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5438  transcriptional regulator GntR family  30.69 
 
 		 251 aa  53.9  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0299  transcriptional regulator GntR  29.19 
 
 		 234 aa  53.9  0.000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1787  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 		 239 aa  53.9  0.000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0160831  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0194  GntR domain-containing protein  33.7 
 
 		 255 aa  53.5  0.000001  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0527  DNA-binding transcriptional repressor ExuR  29.24 
 
 		 258 aa  53.9  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5344  GntR domain protein  32.93 
 
 		 242 aa  54.3  0.000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.509013 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>