98 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4224 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_4224  hypothetical protein  100 
 
 		 226 aa  450  1.0000000000000001e-126  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2399  hypothetical protein  59.17 
 
 		 224 aa  233  1.0000000000000001e-60  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0283392  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4688  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  1.9999999999999998e-50  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.041656  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3784  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.0015085  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04044  hypothetical protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.00616403  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4750  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.020864  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3797  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00000715657  normal  0.850161 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4777  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00129664  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4463  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00510158  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04081  predicted regulator of cell morphogenesis and cell wall metabolism  46.3 
 
 		 220 aa  199  3e-50  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00617951  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3164  hypothetical protein  47.73 
 
 		 240 aa  199  3.9999999999999996e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2511  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  47.27 
 
 		 240 aa  197  1.0000000000000001e-49  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5726  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.83 
 
 		 220 aa  195  4.0000000000000005e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0664368  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3025  hypothetical protein  50.48 
 
 		 223 aa  195  5.000000000000001e-49  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5056  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  48.37 
 
 		 225 aa  194  1e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4677  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.37 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0601381  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4797  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.37 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4817  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.37 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.452254  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4762  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.37 
 
 		 220 aa  193  2e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4667  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.37 
 
 		 220 aa  192  4e-48  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.651941  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0379  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  45.58 
 
 		 220 aa  189  4e-47  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000130602  normal  0.725738 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3632  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.93 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0782  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.93 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0196066  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3777  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.93 
 
 		 221 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3427  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.52 
 
 		 221 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0534408  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3955  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.46 
 
 		 221 aa  182  3e-45  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS02289  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  44.95 
 
 		 223 aa  182  3e-45  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.104095 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1841  hypothetical protein  49.3 
 
 		 242 aa  180  2e-44  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3584  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.06 
 
 		 221 aa  180  2e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  decreased coverage  0.0000456078  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4655  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.4 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.84876  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3578  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.4 
 
 		 223 aa  176  2e-43  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.670531 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0815  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  43.52 
 
 		 222 aa  175  5e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0339092  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1571  hypothetical protein  48.37 
 
 		 249 aa  169  2e-41  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0611813  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03871  regulator of cell morphogenesis and NO signaling  42.38 
 
 		 229 aa  166  2e-40  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5785  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  34.93 
 
 		 312 aa  140  9.999999999999999e-33  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1582  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  37.78 
 
 		 235 aa  137  1e-31  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0492  hypothetical protein  35.02 
 
 		 238 aa  135  4e-31  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_2147  ScdA protein  32.61 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.910173  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK1950  cell division and morphogenesis-related protein  32.61 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0219264  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS1998  ScdA protein  32.61 
 
 		 235 aa  130  2.0000000000000002e-29  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  hitchhiker  0.00228936  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0600  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  48.65 
 
 		 162 aa  129  3e-29  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000000823613 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3161  ScdA protein  32.17 
 
 		 235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.284126  normal  0.196192 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0324  cell wall biosynthesis protein ScdA  32.43 
 
 		 224 aa  129  5.0000000000000004e-29  Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.896  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2294  ScdA protein  31.74 
 
 		 235 aa  128  6e-29  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.208436  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0698  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  35.53 
 
 		 318 aa  128  7.000000000000001e-29  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.249196  normal  1 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1991  hypothetical protein  31.6 
 
 		 235 aa  128  7.000000000000001e-29  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.0217131  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_2178  ScdA protein  32.17 
 
 		 235 aa  128  8.000000000000001e-29  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A2153  ScdA protein  32.17 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_1971  cell division and morphogenesis-related protein  32.17 
 
 		 235 aa  127  1.0000000000000001e-28  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0041532  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4124  hypothetical protein  34.6 
 
 		 236 aa  126  3e-28  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.403684 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0328  hypothetical protein  33.63 
 
 		 238 aa  126  3e-28  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0203423  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0383  hypothetical protein  34.68 
 
 		 240 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4302  hypothetical protein  34.7 
 
 		 222 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3627  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  33.91 
 
 		 248 aa  125  4.0000000000000003e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000046912  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2304  putative regulator of cell morphogenesis and NO signaling  46.31 
 
 		 162 aa  124  8.000000000000001e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.904148  normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0730  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  34.07 
 
 		 236 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.0000000000123482  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0397  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  33.48 
 
 		 248 aa  124  1e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000185602  normal  0.300688 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3576  hypothetical protein  34.25 
 
 		 259 aa  124  1e-27  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.421101  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0398  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  33.77 
 
 		 248 aa  124  2e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0161377  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3989  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 269 aa  123  2e-27  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0365  protein of unknown function DUF542, ScdA-like  33.62 
 
 		 242 aa  123  3e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.65621  normal  0.814826 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4083  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  33.33 
 
 		 269 aa  121  8e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.0155994 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2133  hemerythrin HHE cation binding protein  36.74 
 
 		 231 aa  121  9e-27  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.270785  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3236  hypothetical protein  36.07 
 
 		 234 aa  120  9.999999999999999e-27  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.891566 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3890  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  32.88 
 
 		 269 aa  120  1.9999999999999998e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00188883 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1824  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  35.35 
 
 		 231 aa  120  1.9999999999999998e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3857  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  41.81 
 
 		 199 aa  120  1.9999999999999998e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1742  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  35.81 
 
 		 231 aa  119  3e-26  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.0584287  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3967  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  32.88 
 
 		 269 aa  118  6e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.348218  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1827  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  33.05 
 
 		 242 aa  117  1.9999999999999998e-25  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.467017 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2769  protein of unknown function DUF542, ScdA-like protein  31.14 
 
 		 251 aa  117  1.9999999999999998e-25  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.381543  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0250  cell wall biosynthesis protein ScdA  32 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  0.887141  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0244  cell wall biosynthesis protein ScdA  32 
 
 		 224 aa  116  3e-25  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1168  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  30.18 
 
 		 232 aa  114  2.0000000000000002e-24  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000104641  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4649  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  32.46 
 
 		 236 aa  112  3e-24  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.0767221  normal  0.343196 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3700  hypothetical protein  28.14 
 
 		 235 aa  112  4.0000000000000004e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1686  hypothetical protein  35.89 
 
 		 231 aa  112  7.000000000000001e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1338  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  29.36 
 
 		 241 aa  110  2.0000000000000002e-23  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.164705  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1188  protein of unknown function DUF542, ScdA-like protein  34.36 
 
 		 234 aa  109  3e-23  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3032  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  29.29 
 
 		 243 aa  108  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1251  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  29.29 
 
 		 243 aa  108  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.964193  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0849  hypothetical protein  28.51 
 
 		 249 aa  107  1e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0199  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  28.88 
 
 		 236 aa  107  1e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0432  hypothetical protein  28.7 
 
 		 236 aa  105  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0203257  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1206  hypothetical protein  27.8 
 
 		 317 aa  102  7e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_2293  protein of unknown function DUF542 ScdA domain protein  34.84 
 
 		 238 aa  99.8  3e-20  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  hitchhiker  0.00571035  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3494  hemerythrin HHE cation binding region  28.51 
 
 		 249 aa  99  5e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2414  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  26.32 
 
 		 243 aa  98.6  6e-20  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.597571  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0574  hypothetical protein  35.29 
 
 		 213 aa  98.2  9e-20  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.157203 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4057  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  25.96 
 
 		 243 aa  95.9  4e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_2035  iron-sulfur cluster repair di-iron protein  29.57 
 
 		 238 aa  90.5  2e-17  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0450  hemerythrin HHE cation binding domain-containing protein  31.63 
 
 		 177 aa  87.4  2e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0753  scdA protein, putative  27.31 
 
 		 232 aa  79  0.00000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00120988  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0777  putative scdA protein  27.71 
 
 		 232 aa  75.1  0.0000000000008  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.0000142333  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0752  hypothetical protein  26.57 
 
 		 270 aa  45.1  0.0008  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  hitchhiker  0.00690211  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1527  Hemerythrin HHE cation binding domain protein  31.08 
 
 		 177 aa  44.3  0.002  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  unclonable  0.00000000000541236  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0776  hypothetical protein  28.42 
 
 		 270 aa  43.5  0.003  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  decreased coverage  0.00000379179  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1698  hypothetical protein  31.47 
 
 		 206 aa  42.7  0.005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.203983  normal  0.249154 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>