More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3998 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3998  putative membrane-associated zinc metalloprotease  100 
 
 
441 aa  870    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.434108 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1498  putative membrane-associated zinc metalloprotease  53.76 
 
 
445 aa  431  1e-120  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.21525  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2148  putative membrane-associated zinc metalloprotease  52.74 
 
 
444 aa  434  1e-120  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2710  putative membrane-associated zinc metalloprotease  52.74 
 
 
444 aa  421  1e-116  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.0608503  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1367  putative membrane-associated zinc metalloprotease  52.97 
 
 
444 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.0141782 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1409  peptidase RseP  48.55 
 
 
450 aa  408  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.139701 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2454  peptidase RseP  51.69 
 
 
443 aa  405  1.0000000000000001e-112  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000129388 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1387  putative membrane-associated zinc metalloprotease  36.83 
 
 
480 aa  241  2e-62  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.204632  normal  0.0100882 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17140  putative membrane-associated zinc metalloprotease  36.82 
 
 
450 aa  239  9e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1490  RIP metalloprotease RseP  36.52 
 
 
450 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1153  membrane-associated zinc metalloprotease  35.95 
 
 
450 aa  229  7e-59  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.386407  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1598  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  35.41 
 
 
452 aa  226  5.0000000000000005e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4179  putative membrane-associated zinc metalloprotease  35.41 
 
 
450 aa  226  6e-58  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.374735  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4075  membrane-associated zinc metalloprotease  35.05 
 
 
450 aa  225  1e-57  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.274449 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1961  membrane-associated zinc metalloprotease  34.31 
 
 
469 aa  223  4.9999999999999996e-57  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_38920  membrane-associated zinc metallopeptidase MucP  35.64 
 
 
450 aa  221  3e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.241633  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1108  peptidase RseP  34.27 
 
 
450 aa  219  6e-56  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.200515  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1541  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  33.7 
 
 
450 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.521262  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2590  peptidase RseP  34.34 
 
 
466 aa  218  2e-55  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0359861  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1689  peptidase RseP  35.23 
 
 
461 aa  217  2.9999999999999998e-55  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.439361  normal  0.213094 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0892  membrane-associated zinc metalloprotease  30.79 
 
 
439 aa  217  4e-55  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  hitchhiker  0.000122441  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3158  zinc metallopeptidase RseP  33.69 
 
 
451 aa  214  2.9999999999999995e-54  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00293978  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2448  membrane-associated zinc metalloprotease  35.85 
 
 
461 aa  213  4.9999999999999996e-54  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.699947  hitchhiker  0.00215564 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0570  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.26 
 
 
451 aa  213  7e-54  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0114456  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1350  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  32.34 
 
 
450 aa  212  1e-53  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.512727  normal  0.377982 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1279  putative membrane-associated zinc metalloprotease  29.98 
 
 
448 aa  211  2e-53  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.196606  normal  0.702874 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0664  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  30.74 
 
 
455 aa  211  2e-53  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.399038  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1490  membrane-associated zinc metalloprotease  33.84 
 
 
453 aa  211  2e-53  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1331  membrane-associated zinc metalloprotease  34.92 
 
 
462 aa  211  3e-53  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2798  membrane-associated zinc metalloprotease  32.37 
 
 
494 aa  210  4e-53  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000647763  normal  0.117018 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2895  membrane-associated zinc metalloprotease  30.85 
 
 
456 aa  209  9e-53  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000920242  normal  0.27342 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1167  membrane-associated zinc metalloprotease  32.02 
 
 
452 aa  209  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1452  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.85 
 
 
456 aa  208  1e-52  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00139274  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1451  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  32.02 
 
 
452 aa  209  1e-52  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3046  putative membrane-associated zinc metalloprotease  35.23 
 
 
450 aa  207  2e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3783  zinc metallopeptidase RseP  31.6 
 
 
451 aa  207  2e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00251012  hitchhiker  0.00253041 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3274  membrane-associated zinc metalloprotease  29.54 
 
 
461 aa  208  2e-52  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000455239  hitchhiker  0.000441416 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2701  peptidase RseP  31.57 
 
 
456 aa  208  2e-52  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.0000971838  hitchhiker  0.00353487 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2808  peptidase RseP  31.01 
 
 
456 aa  208  2e-52  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000246609  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3154  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.51 
 
 
461 aa  207  3e-52  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.000101225  hitchhiker  0.00850689 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2634  peptidase RseP  31.57 
 
 
456 aa  207  3e-52  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000113842  normal  0.0898661 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1457  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.64 
 
 
456 aa  207  4e-52  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00000042456  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03230  protease  30.75 
 
 
452 aa  207  4e-52  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1001  membrane-associated zinc metalloprotease  29.74 
 
 
438 aa  207  4e-52  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1636  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  30.93 
 
 
456 aa  206  6e-52  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1488  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.64 
 
 
456 aa  206  8e-52  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000665578  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1355  putative membrane-associated zinc metalloprotease  31.7 
 
 
456 aa  205  2e-51  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000225455  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2628  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.82 
 
 
453 aa  203  4e-51  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  decreased coverage  0.0000538528  normal  0.548541 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1256  putative membrane-associated zinc metalloprotease  31.53 
 
 
450 aa  203  6e-51  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  decreased coverage  0.000401781  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0261  zinc metallopeptidase RseP  32.29 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.522145 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0263  zinc metallopeptidase RseP  32.29 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0154737  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01380  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  31.28 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0248  zinc metallopeptidase RseP  32.29 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0245  zinc metallopeptidase RseP  32.29 
 
 
450 aa  202  9.999999999999999e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.249878 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1874  peptidase RseP  33.76 
 
 
463 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1459  putative membrane-associated zinc metalloprotease  32.75 
 
 
455 aa  201  1.9999999999999998e-50  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1146  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  30.9 
 
 
456 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0106908  normal  0.442954 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5322  peptidase RseP  33.33 
 
 
456 aa  200  3e-50  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.430006  normal  0.522456 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2878  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.49 
 
 
456 aa  200  3e-50  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.0000126252  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2045  putative membrane-associated zinc metalloprotease  33.69 
 
 
462 aa  201  3e-50  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1914  membrane-associated zinc metalloprotease  33.69 
 
 
462 aa  200  3.9999999999999996e-50  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.344578 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1560  membrane-associated zinc metalloprotease EcfE  28.97 
 
 
452 aa  199  1.0000000000000001e-49  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.294155  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1561  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  31.06 
 
 
456 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.00000461405  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_6065  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.26 
 
 
457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2012  putative membrane-associated zinc metalloprotease  33.26 
 
 
457 aa  199  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2032  membrane-associated zinc metalloprotease  33.04 
 
 
457 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1442  peptidase RseP  34.34 
 
 
463 aa  198  2.0000000000000003e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000104376 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002753  membrane-associated zinc metalloprotease  30.47 
 
 
452 aa  197  3e-49  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.422522  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0178  zinc metallopeptidase RseP  31.77 
 
 
450 aa  197  3e-49  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000111428  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0245  zinc metallopeptidase RseP  31.85 
 
 
450 aa  197  3e-49  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00582579  normal  0.54526 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1277  putative membrane-associated zinc metalloprotease  30.3 
 
 
456 aa  197  3e-49  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.358202  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1844  hypothetical protein  29.12 
 
 
452 aa  197  4.0000000000000005e-49  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000000001193  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0187  zinc metallopeptidase RseP  31.61 
 
 
450 aa  196  5.000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000756829  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01122  membrane-associated Zn-dependent protease  32.91 
 
 
448 aa  196  6e-49  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.496446  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00174  zinc metallopeptidase  31.54 
 
 
450 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0881068  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3427  membrane-associated zinc metalloprotease  31.54 
 
 
450 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000034207  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0186  zinc metallopeptidase RseP  31.54 
 
 
450 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00000411751  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00173  hypothetical protein  31.54 
 
 
450 aa  196  8.000000000000001e-49  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.131717  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1166  membrane-associated zinc metalloprotease  33.33 
 
 
454 aa  196  9e-49  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.351032  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0180  zinc metallopeptidase RseP  31.54 
 
 
450 aa  195  1e-48  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000000271457  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0948  zinc metallopeptidase RseP  32.03 
 
 
451 aa  195  1e-48  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  unclonable  0.000214354  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3353  zinc metallopeptidase RseP  32.24 
 
 
451 aa  194  3e-48  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.0274947  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3484  zinc metallopeptidase RseP  31.32 
 
 
450 aa  194  4e-48  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00175231  normal  0.0731606 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2443  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  31.42 
 
 
383 aa  194  4e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.267885  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0169  zinc metallopeptidase RseP  31.17 
 
 
450 aa  194  4e-48  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.000438283  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0792  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  33.33 
 
 
454 aa  193  5e-48  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.534623  normal  0.220664 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1447  membrane-associated zinc metalloprotease  29.69 
 
 
469 aa  192  7e-48  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.843225  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2541  putative membrane-associated zinc metalloprotease  33.33 
 
 
449 aa  192  7e-48  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2171  membrane-associated zinc metalloprotease  33.7 
 
 
454 aa  192  9e-48  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.661507  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2973  zinc metallopeptidase RseP  31.24 
 
 
451 aa  192  1e-47  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0120  membrane-associated zinc metalloprotease  30.21 
 
 
453 aa  191  2e-47  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1073  zinc metallopeptidase RseP  30.55 
 
 
451 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.00125076  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3428  zinc metallopeptidase RseP  30.55 
 
 
451 aa  190  4e-47  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000803412  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1020  zinc metallopeptidase RseP  30.55 
 
 
451 aa  190  4e-47  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  decreased coverage  0.000000000000073944  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1856  peptidase RseP  32.26 
 
 
454 aa  190  5e-47  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2969  putative membrane-associated zinc metalloprotease  31.9 
 
 
458 aa  189  7e-47  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.3628  normal  0.340979 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2420  protease EcfE  29.27 
 
 
452 aa  188  1e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0697135  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1523  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  31.6 
 
 
455 aa  189  1e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.24636  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2429  membrane-associated zinc metalloprotease, putative  31.91 
 
 
463 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0781389  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1852  peptidase M50, putative membrane-associated zinc metallopeptidase  31.36 
 
 
383 aa  187  2e-46  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.0681454 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>