More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3955 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_3955  integral membrane protein MviN  100 
 
 
514 aa  997    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.106574  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1810  putative virulence factor, MviN  64.65 
 
 
513 aa  628  1e-179  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0457  integral membrane protein MviN  64.65 
 
 
513 aa  629  1e-179  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00421085  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0468  integral membrane protein MviN  65.23 
 
 
513 aa  624  1e-177  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  normal  0.108337 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2834  putative virulence factor  60.34 
 
 
534 aa  557  1e-157  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00622591  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0896  integral membrane protein MviN  60 
 
 
543 aa  556  1e-157  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal  0.474692 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0445  integral membrane protein MviN  57.78 
 
 
515 aa  517  1.0000000000000001e-145  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3604  integral membrane protein MviN  49.03 
 
 
512 aa  416  9.999999999999999e-116  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.277865  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR0143  virulence factor MviN  41.76 
 
 
529 aa  369  1e-100  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_3023  integral membrane protein MviN  43.24 
 
 
514 aa  354  2e-96  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0156  integral membrane protein MviN  42.15 
 
 
529 aa  350  5e-95  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.365768  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0137  integral membrane protein MviN  41.57 
 
 
555 aa  346  7e-94  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.381572  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_4034  integral membrane protein MviN  43.48 
 
 
528 aa  342  1e-92  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.419875  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0029  integral membrane protein MviN  41.54 
 
 
528 aa  338  1.9999999999999998e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.286969  normal  0.951937 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0044  integral membrane protein MviN  41.49 
 
 
526 aa  337  3.9999999999999995e-91  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.579561 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0032  integral membrane protein MviN  42.97 
 
 
535 aa  334  3e-90  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.819948  hitchhiker  0.0000209824 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0425  integral membrane protein MviN  45.13 
 
 
532 aa  330  4e-89  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1166  integral membrane protein MviN  39.18 
 
 
520 aa  314  1.9999999999999998e-84  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0298  integral membrane protein MviN  42 
 
 
522 aa  313  3.9999999999999997e-84  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.136204  normal  0.705854 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3538  virulence factor MVIN-like  42.58 
 
 
513 aa  310  5e-83  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.32091  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3297  integral membrane protein MviN  43.53 
 
 
509 aa  294  2e-78  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3620  integral membrane protein MviN  43.53 
 
 
509 aa  293  7e-78  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.834109  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4498  integral membrane protein MviN  44.12 
 
 
508 aa  285  1.0000000000000001e-75  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3828  integral membrane protein MviN  40.79 
 
 
525 aa  285  2.0000000000000002e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.831164  normal  0.0288471 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3425  integral membrane protein MviN  40.43 
 
 
529 aa  274  3e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0587  integral membrane protein MviN  39.81 
 
 
523 aa  270  4e-71  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.354322  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1019  integral membrane protein MviN  44.36 
 
 
510 aa  264  3e-69  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3497  integral membrane protein MviN  43.29 
 
 
509 aa  264  3e-69  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.319117  normal  0.680185 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1651  integral membrane protein MviN  41.41 
 
 
509 aa  255  2.0000000000000002e-66  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal  0.330651 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5900  integral membrane protein MviN  43.76 
 
 
509 aa  253  6e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0011  integral membrane protein MviN  37.33 
 
 
518 aa  251  2e-65  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0453851  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0860  integral membrane protein MviN  38.31 
 
 
495 aa  250  5e-65  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.259397  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2558  integral membrane protein MviN  41.06 
 
 
522 aa  249  6e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.900363  normal  0.0167676 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2014  integral membrane protein MviN  40.27 
 
 
525 aa  249  9e-65  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00478097 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0850  integral membrane protein MviN  38.26 
 
 
522 aa  246  6e-64  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3214  integral membrane protein MviN  36.12 
 
 
518 aa  245  9.999999999999999e-64  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4232  integral membrane protein MviN  37.39 
 
 
522 aa  243  7e-63  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.0229332  hitchhiker  0.00000767469 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5302  integral membrane protein MviN  43.06 
 
 
509 aa  241  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00880768 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2182  integral membrane protein MviN  37.53 
 
 
573 aa  241  2.9999999999999997e-62  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.219689  normal  0.591704 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4500  integral membrane protein MviN  37.5 
 
 
509 aa  240  4e-62  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.305851  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1289  integral membrane protein MviN  33.21 
 
 
519 aa  240  4e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000157421  normal  0.416972 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1306  integral membrane protein MviN  39.76 
 
 
508 aa  239  8e-62  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2083  integral membrane protein MviN  34.63 
 
 
511 aa  239  1e-61  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.244759  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0372  integral membrane protein MviN  40.82 
 
 
519 aa  238  1e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.23269 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1436  integral membrane protein MviN  38.09 
 
 
509 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1610  integral membrane protein MviN  37.43 
 
 
534 aa  237  3e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.758716  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1806  integral membrane protein MviN  33.91 
 
 
511 aa  237  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0960933  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0479  integral membrane protein MviN  40.05 
 
 
530 aa  236  7e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2272  integral membrane protein MviN  36.63 
 
 
511 aa  236  8e-61  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2892  integral membrane protein MviN  33.72 
 
 
524 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.620395  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0212  MviN protein  34.91 
 
 
525 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000338413  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2176  integral membrane protein MviN  34.68 
 
 
511 aa  234  2.0000000000000002e-60  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0217  virulence factor MVIN-like  37.84 
 
 
533 aa  234  3e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1078  virulence factor MVIN-like  41.62 
 
 
508 aa  234  4.0000000000000004e-60  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.342174 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0277  integral membrane protein MviN  32.48 
 
 
508 aa  233  6e-60  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1192  integral membrane protein MviN  33.78 
 
 
519 aa  233  7.000000000000001e-60  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  decreased coverage  0.0000262812  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0601  MviN family membrane protein  34.82 
 
 
512 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0642  integral membrane protein MviN  34.82 
 
 
512 aa  232  1e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.180976 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2123  integral membrane protein MviN  35.04 
 
 
545 aa  232  1e-59  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0227966  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0922  integral membrane protein MviN  34.29 
 
 
521 aa  232  1e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.000000322348  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0714  integral membrane protein MviN  35.94 
 
 
517 aa  231  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000185253 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0559  integral membrane protein MviN  35.94 
 
 
517 aa  231  3e-59  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2202  integral membrane protein MviN  33.53 
 
 
524 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.582397  hitchhiker  0.00351914 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2018  integral membrane protein MviN  33.53 
 
 
524 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1282  integral membrane protein MviN  33.53 
 
 
524 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.226684 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1267  integral membrane protein MviN  33.53 
 
 
524 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.0487336 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1238  integral membrane protein MviN  33.53 
 
 
524 aa  230  4e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.196455 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0011  integral membrane protein MviN  38.36 
 
 
529 aa  230  5e-59  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0295348  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1168  integral membrane protein MviN  38.42 
 
 
545 aa  229  6e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1097  integral membrane protein MviN  34.29 
 
 
519 aa  229  7e-59  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000276911  normal  0.0876862 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1180  integral membrane protein MviN  32.9 
 
 
531 aa  228  2e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.70364  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4561  integral membrane protein MviN  37.19 
 
 
512 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.434356  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1119  integral membrane protein MviN  35.84 
 
 
519 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000138654  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1583  integral membrane protein MviN  33.72 
 
 
511 aa  228  2e-58  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1052  integral membrane protein MviN  35.84 
 
 
519 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.0000209979  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0647  integral membrane protein MviN  35.21 
 
 
512 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0843167 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3237  integral membrane protein MviN  35.84 
 
 
519 aa  228  2e-58  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000353864  normal  0.701129 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2959  integral membrane protein MviN  33.33 
 
 
519 aa  228  2e-58  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000122374  normal  0.858488 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2046  integral membrane protein MviN  33.33 
 
 
511 aa  227  4e-58  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.234316  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0578  virulence factor MviN homolog  32.63 
 
 
519 aa  227  5.0000000000000005e-58  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  unclonable  0.000238357  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1154  integral membrane protein MviN  35.39 
 
 
519 aa  227  5.0000000000000005e-58  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.0012618  normal  0.115609 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3041  integral membrane protein MviN  33.14 
 
 
519 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000507063  normal  0.815511 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2158  integral membrane protein MviN  33.2 
 
 
542 aa  226  7e-58  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.33814  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2725  integral membrane protein MviN  33.46 
 
 
519 aa  226  7e-58  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000329749  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0951  integral membrane protein MviN  37.65 
 
 
513 aa  226  8e-58  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.979751  normal  0.521611 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1192  integral membrane protein MviN  34.05 
 
 
511 aa  226  1e-57  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2531  integral membrane protein MviN  34.05 
 
 
511 aa  226  1e-57  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.415764  normal  0.0831768 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2060  integral membrane protein MviN  34.05 
 
 
511 aa  226  1e-57  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.178549 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1192  integral membrane protein MviN  34.05 
 
 
511 aa  226  1e-57  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2257  integral membrane protein MviN  34.05 
 
 
511 aa  226  1e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01065  predicted inner membrane protein  33.85 
 
 
511 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2577  integral membrane protein MviN  33.85 
 
 
511 aa  225  2e-57  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01073  hypothetical protein  33.85 
 
 
511 aa  225  2e-57  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1448  integral membrane protein MviN  33.85 
 
 
511 aa  225  2e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00196842 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1855  virulence factor MVIN-like protein  38.21 
 
 
512 aa  225  2e-57  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1621  integral membrane protein MviN  36.91 
 
 
509 aa  224  2e-57  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3026  putative transmembrane protein  39.3 
 
 
521 aa  225  2e-57  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1057  integral membrane protein MviN  33.4 
 
 
519 aa  225  2e-57  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0994487  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0510  integral membrane protein MviN  31.64 
 
 
516 aa  224  4e-57  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.721239  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3138  integral membrane protein MviN  33.14 
 
 
519 aa  223  6e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000568418  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>