58 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3908 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3908  hypothetical protein  100 
 
 		 265 aa  513  1e-144  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0741095  normal  1 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2142  hypothetical protein  60 
 
 		 273 aa  269  2.9999999999999997e-71  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.363775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1373  hypothetical protein  59.93 
 
 		 273 aa  241  7e-63  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.848143  normal  0.026391 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2715  hypothetical protein  59.93 
 
 		 273 aa  241  1e-62  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1403  hypothetical protein  48.3 
 
 		 262 aa  194  1e-48  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.408064  normal  0.240499 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2449  hypothetical protein  42.31 
 
 		 255 aa  177  2e-43  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.396095  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1503  conserved hypothetical protein DUF1009  47.28 
 
 		 265 aa  169  4e-41  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.217673  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4427  hypothetical protein  37.17 
 
 		 306 aa  150  2e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0476773 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0360  protein of unknown function DUF1009  41.42 
 
 		 282 aa  142  5e-33  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.10118  normal  0.0391564 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2449  hypothetical protein  42.62 
 
 		 287 aa  140  1.9999999999999998e-32  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0491792  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1392  hypothetical protein  38.29 
 
 		 297 aa  140  3e-32  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2792  hypothetical protein  41.15 
 
 		 283 aa  138  1e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.0568081 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1598  hypothetical protein  39.11 
 
 		 286 aa  135  5e-31  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.653331  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2040  hypothetical protein  35.42 
 
 		 299 aa  134  9.999999999999999e-31  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.229443  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1150  hypothetical protein  34.69 
 
 		 300 aa  129  4.0000000000000003e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1142  hypothetical protein  36.2 
 
 		 295 aa  128  1.0000000000000001e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.0304239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1108  hypothetical protein  34.32 
 
 		 300 aa  128  1.0000000000000001e-28  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0593  hypothetical protein  35.64 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.0138266  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2512  hypothetical protein  36.53 
 
 		 290 aa  127  2.0000000000000002e-28  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.101135  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2845  hypothetical protein  34.3 
 
 		 285 aa  124  1e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.761339 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3183  hypothetical protein  41.67 
 
 		 291 aa  123  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.605999  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1787  protein of unknown function DUF1009  38.32 
 
 		 293 aa  123  3e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.240236  normal  0.0198893 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1393  hypothetical protein  44.44 
 
 		 280 aa  121  9e-27  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.78507  hitchhiker  0.00530667 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4505  hypothetical protein  34.57 
 
 		 285 aa  120  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.498461  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1594  protein of unknown function DUF1009  38.01 
 
 		 293 aa  119  4.9999999999999996e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.983213  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1852  hypothetical protein  38.29 
 
 		 278 aa  118  9.999999999999999e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  hitchhiker  0.000781514  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2448  hypothetical protein  32.47 
 
 		 284 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.448088 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5219  protein of unknown function DUF1009  39.71 
 
 		 282 aa  113  3e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.085168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1125  hypothetical protein  34.55 
 
 		 271 aa  112  6e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.33509  decreased coverage  0.00103642 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3256  protein of unknown function DUF1009  33.21 
 
 		 285 aa  112  6e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1375  hypothetical protein  36.2 
 
 		 288 aa  112  9e-24  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.0000000871979  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3376  protein of unknown function DUF1009  33.09 
 
 		 270 aa  111  1.0000000000000001e-23  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_1527  protein of unknown function DUF1009  41.94 
 
 		 281 aa  111  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.254231  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2816  hypothetical protein  34.53 
 
 		 285 aa  107  2e-22  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0897  hypothetical protein  33.33 
 
 		 278 aa  105  1e-21  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0737012  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2226  protein of unknown function DUF1009  35.56 
 
 		 278 aa  104  2e-21  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.212193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4677  hypothetical protein  37.87 
 
 		 282 aa  101  1e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.299114  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5142  protein of unknown function DUF1009  37.5 
 
 		 282 aa  100  3e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424077  normal  0.0362287 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1706  hypothetical protein  33.58 
 
 		 285 aa  99.8  4e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.349467  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1214  protein of unknown function DUF1009  35.16 
 
 		 268 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1145  protein of unknown function DUF1009  35.16 
 
 		 268 aa  99.4  6e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_17540  hypothetical protein  29.86 
 
 		 272 aa  98.6  9e-20  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.0000813715  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1086  hypothetical protein  34.7 
 
 		 268 aa  98.2  1e-19  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_3002  protein of unknown function DUF1009  35.38 
 
 		 281 aa  98.2  1e-19  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3750  hypothetical protein  31.48 
 
 		 649 aa  96.7  3e-19  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.162114  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3435  hypothetical protein  42.31 
 
 		 287 aa  95.9  5e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.853398  normal  0.369907 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1847  hypothetical protein  31.54 
 
 		 288 aa  95.5  9e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.730915  normal  0.19763 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1287  protein of unknown function DUF1009  30.6 
 
 		 269 aa  89.7  5e-17  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0767794  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0079  hypothetical protein  28.57 
 
 		 273 aa  88.6  1e-16  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000676342  hitchhiker  0.00000000000219127 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0884  protein of unknown function DUF1009  29.12 
 
 		 287 aa  87.4  2e-16  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2350  protein of unknown function DUF1009  26.16 
 
 		 268 aa  85.5  8e-16  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.271285  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2839  hypothetical protein  28.74 
 
 		 273 aa  84.7  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0644  hypothetical protein  35.42 
 
 		 280 aa  82.4  0.000000000000007  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.650994  normal  0.611382 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2359  protein of unknown function DUF1009  33.88 
 
 		 294 aa  80.9  0.00000000000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4554  hypothetical protein  29.57 
 
 		 301 aa  73.9  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.679907  normal  0.0581006 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1010  protein of unknown function DUF1009  28.68 
 
 		 261 aa  73.2  0.000000000004  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00304045  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0371  protein of unknown function DUF1009  25.28 
 
 		 267 aa  66.6  0.0000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0143196  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3873  hypothetical protein  36.36 
 
 		 281 aa  63.2  0.000000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.429993  normal  0.0170553 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>