247 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3897 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3897  deoxyribose-phosphate aldolase  100 
 
 		 314 aa  636    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3739  deoxyribose phosphate aldolase  72.31 
 
 		 324 aa  440  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3471  deoxyribose-phosphate aldolase  72.31 
 
 		 324 aa  438  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.267268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3349  ribokinase  72.96 
 
 		 324 aa  437  9.999999999999999e-123  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.526689 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2837  deoxyribose-phosphate aldolase  69.55 
 
 		 319 aa  434  1e-121  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2688  deoxyribose-phosphate aldolase  68.17 
 
 		 319 aa  416  9.999999999999999e-116  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.499589 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0097  deoxyribose-phosphate aldolase  67.43 
 
 		 351 aa  410  1e-113  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0314  deoxyribose-phosphate aldolase  66.24 
 
 		 333 aa  409  1e-113  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3271  deoxyribose-phosphate aldolase  63.81 
 
 		 328 aa  405  1.0000000000000001e-112  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.370152  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1275  deoxyribose-phosphate aldolase  65.05 
 
 		 336 aa  399  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.085183 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7828  putative deoxyribose-phosphate aldolase (DERA)  63.9 
 
 		 328 aa  399  9.999999999999999e-111  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.109267  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4652  deoxyribose-phosphate aldolase  64.72 
 
 		 357 aa  396  1e-109  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.246771  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3016  deoxyribose-phosphate aldolase  66.56 
 
 		 339 aa  395  1e-109  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0930267  normal  0.304024 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5196  deoxyribose-phosphate aldolase  63.43 
 
 		 336 aa  393  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.583001  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0789  deoxyribose-phosphate aldolase  64.63 
 
 		 341 aa  394  1e-108  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1399  deoxyribose-phosphate aldolase  62.46 
 
 		 336 aa  391  1e-108  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.61762  normal  0.170843 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2232  deoxyribose-phosphate aldolase  64.29 
 
 		 327 aa  385  1e-106  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0991919  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4631  deoxyribose-phosphate aldolase  62.94 
 
 		 334 aa  384  1e-105  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698385  normal  0.34325 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2280  deoxyribose-phosphate aldolase  61.66 
 
 		 322 aa  378  1e-104  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.07821 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3249  deoxyribose-phosphate aldolase  52.08 
 
 		 315 aa  267  2e-70  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0772  deoxyribose-phosphate aldolase  50.84 
 
 		 329 aa  263  4e-69  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.259546 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3528  deoxyribose-phosphate aldolase  51.54 
 
 		 324 aa  261  1e-68  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0208  deoxyribose-phosphate aldolase  52.04 
 
 		 322 aa  258  1e-67  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  1  normal  0.0139396 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_0743  deoxyribose-phosphate aldolase  50 
 
 		 306 aa  257  2e-67  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0828  deoxyribose-phosphate aldolase  50 
 
 		 336 aa  256  3e-67  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.0758191 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0777  Deoxyribose-phosphate aldolase  48.99 
 
 		 322 aa  250  2e-65  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1349  deoxyribose-phosphate aldolase  50.17 
 
 		 327 aa  247  2e-64  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  0.394852 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_05510  deoxyribose-phosphate aldolase  49.16 
 
 		 317 aa  246  4.9999999999999997e-64  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0363  deoxyribose-phosphate aldolase  49.48 
 
 		 313 aa  243  3e-63  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4390  deoxyribose-phosphate aldolase  49.66 
 
 		 337 aa  237  2e-61  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.619878  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0799  deoxyribose-phosphate aldolase  50.34 
 
 		 313 aa  236  3e-61  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0850  deoxyribose-phosphate aldolase  51.29 
 
 		 307 aa  232  6e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1972  deoxyribose-phosphate aldolase  38.02 
 
 		 257 aa  170  3e-41  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0806419  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2811  deoxyribose-phosphate aldolase  41.89 
 
 		 260 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2666  deoxyribose-phosphate aldolase  41.89 
 
 		 260 aa  168  9e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3333  deoxyribose-phosphate aldolase  41.25 
 
 		 259 aa  167  2e-40  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.451413  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1068  deoxyribose-phosphate aldolase  41.89 
 
 		 260 aa  167  2e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03377  deoxyribose-phosphate aldolase  39.42 
 
 		 258 aa  167  2.9999999999999998e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0541  deoxyribose-phosphate aldolase  39.1 
 
 		 259 aa  166  2.9999999999999998e-40  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.491442  normal  0.0440112 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002629  deoxyribose-phosphate aldolase  39.42 
 
 		 258 aa  166  4e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.0982616  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0110  deoxyribose-phosphate aldolase  41.51 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1271  deoxyribose-phosphate aldolase  41.51 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0130  deoxyribose-phosphate aldolase  41.51 
 
 		 260 aa  166  4e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0660  deoxyribose-phosphate aldolase  42.13 
 
 		 259 aa  166  5.9999999999999996e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0831  deoxyribose-phosphate aldolase  40.84 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3498  deoxyribose-phosphate aldolase  40.84 
 
 		 265 aa  165  8e-40  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1929  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 259 aa  164  1.0000000000000001e-39  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.278223  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3627  deoxyribose-phosphate aldolase  40.46 
 
 		 265 aa  164  2.0000000000000002e-39  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0410  deoxyribose-phosphate aldolase  40.36 
 
 		 261 aa  163  4.0000000000000004e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2822  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 256 aa  160  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0142613  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1217  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 256 aa  159  8e-38  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1041  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 256 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.0000759939  hitchhiker  0.0000000245827 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0619  deoxyribose-phosphate aldolase  39 
 
 		 258 aa  158  1e-37  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1025  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 258 aa  157  2e-37  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0327864  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1037  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000255358  hitchhiker  0.00000000038702 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1102  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 256 aa  157  2e-37  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0215015  unclonable  0.0000204974 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4464  deoxyribose-phosphate aldolase  41.87 
 
 		 258 aa  157  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.45684  normal  0.484684 
 
 
-
 
NC_002950  PG1996  deoxyribose-phosphate aldolase  36.48 
 
 		 289 aa  156  5.0000000000000005e-37  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.734647 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B4889  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 271 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00126939  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0264  deoxyribose-phosphate aldolase  41.46 
 
 		 262 aa  156  5.0000000000000005e-37  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C4975  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 259 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.298214  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A4982  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 259 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3227  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 256 aa  156  5.0000000000000005e-37  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.178533  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A4923  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 271 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.188116  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A4821  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 271 aa  156  5.0000000000000005e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.8309  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4176  deoxyribose-phosphate aldolase  40.65 
 
 		 258 aa  155  6e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1140  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 256 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0121446  hitchhiker  0.000000000107327 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3230  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 256 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000791533  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3366  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 256 aa  156  6e-37  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0201919  hitchhiker  0.00182556 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1002  deoxyribose-phosphate aldolase  40.16 
 
 		 257 aa  155  8e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000944927  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3549  deoxyribose-phosphate aldolase  38.85 
 
 		 257 aa  154  2e-36  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0216784  hitchhiker  0.0000418325 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3617  deoxyribose-phosphate aldolase  39.26 
 
 		 259 aa  153  4e-36  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0973  deoxyribose-phosphate aldolase  39.37 
 
 		 257 aa  153  4e-36  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.048409  hitchhiker  0.000997229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3048  deoxyribose-phosphate aldolase  38.46 
 
 		 257 aa  152  8.999999999999999e-36  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000145781  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_04257  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.707451  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_04223  hypothetical protein  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.856476  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4980  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3675  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.635596  normal  0.0472404 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5896  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0599  deoxyribose-phosphate aldolase  39.58 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4616  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  1e-35  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4930  deoxyribose-phosphate aldolase  38.84 
 
 		 259 aa  151  2e-35  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3147  deoxyribose-phosphate aldolase  41.53 
 
 		 252 aa  151  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3452  deoxyribose-phosphate aldolase  41.91 
 
 		 259 aa  150  2e-35  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.477088  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3378  deoxyribose-phosphate aldolase  38.08 
 
 		 257 aa  150  2e-35  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00000747392  hitchhiker  0.00551238 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4928  deoxyribose-phosphate aldolase  38.43 
 
 		 259 aa  150  4e-35  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2815  deoxyribose-phosphate aldolase  37.69 
 
 		 257 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00272907  unclonable  0.00000280431 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3191  deoxyribose-phosphate aldolase  41.87 
 
 		 257 aa  146  4.0000000000000006e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.208123  normal  0.448305 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2186  deoxyribose-phosphate aldolase  38.68 
 
 		 241 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.446123  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0140  deoxyribose-phosphate aldolase  38.68 
 
 		 241 aa  146  4.0000000000000006e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2862  deoxyribose-phosphate aldolase  37.82 
 
 		 257 aa  144  2e-33  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_2965  deoxyribose-phosphate aldolase  41.46 
 
 		 257 aa  142  6e-33  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.422208 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3924  deoxyribose-phosphate aldolase  39.75 
 
 		 243 aa  139  4.999999999999999e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.973311  normal  0.560793 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0831  deoxyribose-phosphate aldolase  42.34 
 
 		 257 aa  134  9.999999999999999e-31  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0640  deoxyribose-phosphate aldolase  39.68 
 
 		 248 aa  127  3e-28  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0839  deoxyribose-phosphate aldolase  34.44 
 
 		 261 aa  103  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.000295758  decreased coverage  0.000077294 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0973  deoxyribose-phosphate aldolase  34.58 
 
 		 259 aa  99.4  7e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  decreased coverage  0.00000205356  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3216  deoxyribose-phosphate aldolase  37.21 
 
 		 220 aa  97.1  3e-19  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.840655 
 
 
-
 
NC_011025  MARTH_orf239  deoxyribose-phosphate aldolase  33.71 
 
 		 217 aa  95.9  8e-19  Mycoplasma arthritidis 158L3-1  Bacteria  hitchhiker  0.000190899  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1222  deoxyribose-phosphate aldolase  31.17 
 
 		 248 aa  95.1  1e-18  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>