More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3711 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1069  CTP synthetase  65.15 
 
 
542 aa  718    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.364938  normal  0.721377 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2348  CTP synthetase  64.73 
 
 
544 aa  698    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0530  CTP synthetase  60.88 
 
 
542 aa  689    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1832  CTP synthetase  65.69 
 
 
542 aa  723    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.420502  normal  0.0129696 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0152  CTP synthetase  62.66 
 
 
543 aa  683    Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.899365  normal  0.0316034 
 
 
-
 
NC_004310  BR1134  CTP synthetase  66.24 
 
 
542 aa  733    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.519093  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0510  CTP synthetase  66.97 
 
 
542 aa  728    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.741524 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1094  CTP synthetase  66.61 
 
 
542 aa  737    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.641491  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1452  CTP synthetase  66.24 
 
 
542 aa  726    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3231  CTP synthetase  65.51 
 
 
543 aa  714    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.246122  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1238  CTP synthetase  66.06 
 
 
543 aa  711    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5124  CTP synthetase  65.33 
 
 
542 aa  707    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.143027 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1833  CTP synthetase  65.88 
 
 
543 aa  714    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.392945  normal  0.73431 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0873  CTP synthetase  82.66 
 
 
547 aa  914    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.666117  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0368  CTP synthetase  83.58 
 
 
547 aa  922    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1887  CTP synthetase  65.51 
 
 
542 aa  703    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.424468  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2012  CTP synthetase  83.58 
 
 
547 aa  922    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  decreased coverage  0.00909929  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2790  CTP synthetase  65.33 
 
 
543 aa  712    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.015258  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2017  CTP synthetase  64.73 
 
 
543 aa  699    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0404569  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3181  CTP synthetase  80.29 
 
 
547 aa  892    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.482242  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2473  CTP synthetase  66.24 
 
 
543 aa  728    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4661  CTP synthetase  65.33 
 
 
557 aa  707    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.809186  normal  0.60037 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2054  CTP synthetase  65.69 
 
 
542 aa  731    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2233  CTP synthetase  64.42 
 
 
555 aa  712    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2824  CTP synthetase  65.69 
 
 
543 aa  712    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.831934  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1738  CTP synthetase  66.24 
 
 
545 aa  717    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.845504  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5202  CTP synthetase  65.88 
 
 
542 aa  713    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.893159  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2744  CTP synthetase  81.02 
 
 
547 aa  904    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal  0.0124584 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2029  CTP synthetase  65.69 
 
 
542 aa  720    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1973  CTP synthetase  80.47 
 
 
547 aa  894    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.112708 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1170  CTP synthetase  63.75 
 
 
543 aa  697    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.251518  normal  0.0605368 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1634  CTP synthetase  67.15 
 
 
545 aa  762    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.883771  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3156  CTP synthetase  63.5 
 
 
542 aa  693    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.11737  normal  0.0821196 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4200  CTP synthetase  67.15 
 
 
542 aa  719    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.525149 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3107  CTP synthetase  66.06 
 
 
542 aa  720    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2765  CTP synthetase  65.83 
 
 
550 aa  718    Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000226127 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1408  CTP synthetase  63.69 
 
 
542 aa  721    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0617949  hitchhiker  0.0000124662 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4476  CTP synthetase  66.24 
 
 
543 aa  722    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5568  CTP synthetase  65.33 
 
 
542 aa  703    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3711  CTP synthetase  100 
 
 
547 aa  1123    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.744386  normal  0.344237 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5402  CTP synthetase  64.96 
 
 
542 aa  702    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.150023 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1765  CTP synthetase  56.15 
 
 
548 aa  629  1e-179  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.279833  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1841  CTP synthetase  57.75 
 
 
540 aa  629  1e-179  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.41222  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1439  CTP synthetase  57.93 
 
 
551 aa  624  1e-177  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.0767506  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1472  CTP synthase  57.72 
 
 
555 aa  615  1e-175  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1262  CTP synthetase  56.78 
 
 
543 aa  615  1e-175  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1511  CTP synthetase  56.17 
 
 
547 aa  615  1e-175  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.174656  decreased coverage  0.000112124 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3265  CTP synthetase  57.67 
 
 
543 aa  615  1e-175  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.804111  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0850  CTP synthetase  55.64 
 
 
550 aa  612  9.999999999999999e-175  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1945  CTP synthetase  54.14 
 
 
534 aa  609  1e-173  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000498786  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_0171  CTP synthetase  52.49 
 
 
532 aa  610  1e-173  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0433  CTP synthetase  55.43 
 
 
550 aa  610  1e-173  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0589327 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4844  CTP synthetase  54.58 
 
 
532 aa  609  1e-173  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00361153  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1610  CTP synthetase  56.64 
 
 
542 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.103111  normal 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0052  CTP synthetase  55.33 
 
 
554 aa  606  9.999999999999999e-173  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.431062 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1182  CTP synthetase  56.75 
 
 
547 aa  607  9.999999999999999e-173  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.154303  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1276  CTP synthetase  55.51 
 
 
538 aa  606  9.999999999999999e-173  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000541143 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4167  CTP synthetase  56.64 
 
 
542 aa  607  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.675672 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1164  CTP synthetase  56.64 
 
 
542 aa  606  9.999999999999999e-173  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.309398  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2075  CTP synthetase  54.6 
 
 
557 aa  605  9.999999999999999e-173  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.138589  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1557  CTP synthetase  57.51 
 
 
547 aa  608  9.999999999999999e-173  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.591143  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1895  CTP synthetase  55.05 
 
 
536 aa  603  1.0000000000000001e-171  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0468  CTP synthetase  53.31 
 
 
529 aa  603  1.0000000000000001e-171  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0341  CTP synthetase  54.23 
 
 
553 aa  602  1.0000000000000001e-171  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.524344  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0156  CTP synthetase  55.29 
 
 
546 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4064  CTP synthetase  56.83 
 
 
542 aa  604  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000300969 
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0114  CTP synthetase  51.66 
 
 
538 aa  604  1.0000000000000001e-171  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  0.462919  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1119  CTP synthetase  56.27 
 
 
543 aa  602  1.0000000000000001e-171  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3670  CTP synthetase  54.28 
 
 
558 aa  604  1.0000000000000001e-171  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2758  CTP synthetase  57.51 
 
 
545 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  unclonable  0.0000000221418  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1607  CTP synthetase  55.15 
 
 
546 aa  603  1.0000000000000001e-171  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal  0.353292 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0919  CTP synthetase  55.31 
 
 
542 aa  601  1.0000000000000001e-171  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1327  CTP synthetase  54.15 
 
 
559 aa  598  1e-170  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0915  CTP synthetase  53.43 
 
 
552 aa  599  1e-170  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3441  CTP synthetase  56.59 
 
 
546 aa  600  1e-170  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4305  CTP synthetase  55.88 
 
 
555 aa  598  1e-170  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03526  CTP synthetase  57.25 
 
 
546 aa  600  1e-170  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5105  CTP synthetase  53.25 
 
 
552 aa  600  1e-170  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.298058 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1236  CTP synthetase  56.96 
 
 
545 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  unclonable  0.000000161678  hitchhiker  0.00000000200253 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4174  CTP synthetase  56.07 
 
 
555 aa  599  1e-170  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_03082  CTP synthetase  57.49 
 
 
543 aa  600  1e-170  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.0000772842  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3280  CTP synthetase  56.96 
 
 
545 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.00000222232  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1114  CTP synthetase  56.96 
 
 
546 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.000000131384  normal  0.869869 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1185  CTP synthetase  57.14 
 
 
546 aa  600  1e-170  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000285694  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1000  CTP synthetase  53.61 
 
 
552 aa  599  1e-170  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3128  CTP synthetase  56.96 
 
 
545 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.00000112535  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1115  CTP synthetase  56.96 
 
 
546 aa  600  1e-170  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.0000891455  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3137  CTP synthetase  56.96 
 
 
545 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  unclonable  0.00000000110473  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002506  CTP synthase  57.25 
 
 
546 aa  597  1e-169  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.0000244608  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_4327  CTP synthetase  55.88 
 
 
555 aa  598  1e-169  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2979  CTP synthetase  56.43 
 
 
534 aa  596  1e-169  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.535852  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4318  CTP synthetase  54.41 
 
 
555 aa  595  1e-169  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal  0.13902 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1563  CTP synthetase  52.32 
 
 
534 aa  597  1e-169  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3443  CTP synthetase  53.62 
 
 
559 aa  597  1e-169  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2026  CTP synthetase  57.06 
 
 
545 aa  596  1e-169  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000406175  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0617  CTP synthetase  56.32 
 
 
548 aa  597  1e-169  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3035  CTP synthetase  56.46 
 
 
543 aa  597  1e-169  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0036123 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2513  CTP synthetase  55.45 
 
 
552 aa  592  1e-168  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.294945  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1502  CTP synthetase  55.35 
 
 
542 aa  593  1e-168  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2648  CTP synthetase  53.08 
 
 
555 aa  592  1e-168  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>