More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3709 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3709  hypothetical protein  100 
 
 		 302 aa  619  1e-176  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.557269  normal  0.783471 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5283  hypothetical protein  80.34 
 
 		 306 aa  508  1e-143  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.193037  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3630  hypothetical protein  77.08 
 
 		 305 aa  487  1e-137  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.0975997 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4078  hypothetical protein  67.8 
 
 		 310 aa  422  1e-117  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6349  protein of unknown function DUF344  66.01 
 
 		 304 aa  417  1e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1311  hypothetical protein  68.94 
 
 		 359 aa  416  9.999999999999999e-116  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.833916  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4287  hypothetical protein  66.44 
 
 		 324 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.322073  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4575  protein of unknown function DUF344  65.78 
 
 		 304 aa  414  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.0554102  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4178  hypothetical protein  65.77 
 
 		 324 aa  417  9.999999999999999e-116  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.622827  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2997  hypothetical protein  74.42 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.628972  normal  0.723362 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2424  protein of unknown function DUF344  74.42 
 
 		 304 aa  412  1e-114  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1067  hypothetical protein  67.45 
 
 		 337 aa  411  1e-114  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.37617  normal  0.971255 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4422  hypothetical protein  66.55 
 
 		 338 aa  412  1e-114  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.195856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_34890  hypothetical protein  68.94 
 
 		 305 aa  407  1.0000000000000001e-112  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0574306  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1572  hypothetical protein  67.7 
 
 		 322 aa  405  1.0000000000000001e-112  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0713736  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1583  hypothetical protein  65.41 
 
 		 301 aa  404  1e-111  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.60862  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0273  hypothetical protein  66.21 
 
 		 307 aa  403  1e-111  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.890327  normal  0.327592 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1416  hypothetical protein  74.61 
 
 		 305 aa  402  1e-111  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  decreased coverage  0.0078754  normal  0.193293 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1774  hypothetical protein  72.09 
 
 		 309 aa  399  9.999999999999999e-111  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3567  protein of unknown function DUF344  65.08 
 
 		 300 aa  394  1e-109  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.383646  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3855  hypothetical protein  64.16 
 
 		 308 aa  389  1e-107  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.438495  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2825  hypothetical protein  64.65 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.243756  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33240  hypothetical protein  64.98 
 
 		 304 aa  389  1e-107  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.476246  normal  0.0402084 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4019  protein of unknown function DUF344  69.77 
 
 		 306 aa  387  1e-106  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4413  hypothetical protein  64.51 
 
 		 314 aa  384  1e-106  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4069  hypothetical protein  64.85 
 
 		 316 aa  385  1e-106  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  hitchhiker  0.00361553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2560  hypothetical protein  61.39 
 
 		 304 aa  382  1e-105  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1834  hypothetical protein  64.85 
 
 		 316 aa  381  1e-105  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4264  hypothetical protein  70.87 
 
 		 310 aa  381  1e-105  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0632  hypothetical protein  62.46 
 
 		 308 aa  384  1e-105  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0780387  normal  0.0234683 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3594  hypothetical protein  64.51 
 
 		 316 aa  382  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.894473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4304  protein of unknown function DUF344  62.12 
 
 		 308 aa  383  1e-105  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.326932 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1142  hypothetical protein  64.29 
 
 		 310 aa  378  1e-104  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.780408  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4175  hypothetical protein  64.16 
 
 		 316 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.860714  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3326  hypothetical protein  64.16 
 
 		 316 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.225853  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4191  hypothetical protein  64.16 
 
 		 316 aa  380  1e-104  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.354968 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3148  hypothetical protein  68.99 
 
 		 305 aa  374  1e-103  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.664678  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1274  hypothetical protein  67.44 
 
 		 305 aa  375  1e-103  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.6439  normal  1 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1813  polyphosphate kinase 2 family protein  63.61 
 
 		 308 aa  372  1e-102  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.563855  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0614  hypothetical protein  69.69 
 
 		 307 aa  371  1e-102  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.665009  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0278  polyphosphate kinase 2  63.95 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0915897  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1318  putative transcriptional regulator  63.95 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1729  putative transcriptional regulator  63.95 
 
 		 308 aa  374  1e-102  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0830363  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3243  protein of unknown function DUF344  65.08 
 
 		 300 aa  370  1e-101  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0286  polyphosphate kinase 2 family protein  63.82 
 
 		 513 aa  370  1e-101  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.520623  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0550  hypothetical protein  68.9 
 
 		 316 aa  369  1e-101  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.154723 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0262  hypothetical protein  62.15 
 
 		 258 aa  337  1.9999999999999998e-91  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.322774  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0146  hypothetical protein  61.11 
 
 		 288 aa  332  3e-90  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.805007 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4669  protein of unknown function DUF344  60.08 
 
 		 320 aa  327  1.0000000000000001e-88  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.320669  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01037  hypothetical protein  62.55 
 
 		 256 aa  327  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004376  hypothetical protein  61.07 
 
 		 258 aa  326  2.0000000000000001e-88  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.106116  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3879  hypothetical protein  58.69 
 
 		 280 aa  319  3e-86  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.006631 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2784  hypothetical protein  60.24 
 
 		 269 aa  318  7.999999999999999e-86  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.36222  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1708  protein of unknown function DUF344  60.08 
 
 		 281 aa  314  9.999999999999999e-85  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00000362162  normal  0.0572402 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_14980  hypothetical protein  58.47 
 
 		 305 aa  313  2.9999999999999996e-84  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.151535  normal  0.621032 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_14061  hypothetical protein  51.54 
 
 		 309 aa  308  5.9999999999999995e-83  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.230834 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_1841  hypothetical protein  55.78 
 
 		 318 aa  307  1.0000000000000001e-82  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  decreased coverage  0.0091091  normal  1 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0814  hypothetical protein  53.96 
 
 		 292 aa  305  5.0000000000000004e-82  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0703207  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4075  hypothetical protein  53.28 
 
 		 271 aa  303  2.0000000000000002e-81  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2647  hypothetical protein  57.09 
 
 		 274 aa  302  4.0000000000000003e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13261  transcriptional regulatory protein pvdS  54.78 
 
 		 295 aa  299  3e-80  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  0.422206 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0123  protein of unknown function DUF344  57.25 
 
 		 296 aa  299  4e-80  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  1  normal  0.30296 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3838  protein of unknown function DUF344  57.96 
 
 		 310 aa  297  1e-79  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.314507  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2784  protein of unknown function DUF344  57.43 
 
 		 276 aa  298  1e-79  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.669041  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5508  hypothetical protein  55.17 
 
 		 283 aa  298  1e-79  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.980211 
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_24090  hypothetical protein  60 
 
 		 301 aa  296  4e-79  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.160014  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4701  hypothetical protein  57.38 
 
 		 285 aa  292  4e-78  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.44507  decreased coverage  0.00228171 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6914  protein of unknown function DUF344  53.31 
 
 		 280 aa  292  5e-78  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0409  hypothetical protein  59.24 
 
 		 338 aa  292  5e-78  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2934  hypothetical protein  57.79 
 
 		 318 aa  291  7e-78  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  0.367284 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2051  hypothetical protein  58.01 
 
 		 273 aa  291  1e-77  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.699312  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4100  protein of unknown function DUF344  51.36 
 
 		 280 aa  290  2e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2307  hypothetical protein  56.02 
 
 		 276 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.127828 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4684  hypothetical protein  57.98 
 
 		 367 aa  290  3e-77  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.700414 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1833  hypothetical protein  61.06 
 
 		 263 aa  290  3e-77  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.795184  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1297  protein of unknown function DUF344  51.75 
 
 		 280 aa  289  4e-77  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1846  hypothetical protein  59.29 
 
 		 297 aa  289  4e-77  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.259888  normal  0.104135 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1138  hypothetical protein  51.75 
 
 		 280 aa  289  4e-77  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.923086 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_09420  hypothetical protein  57.55 
 
 		 304 aa  289  4e-77  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5190  hypothetical protein  55.56 
 
 		 285 aa  289  5.0000000000000004e-77  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19577  normal  0.463568 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1910  hypothetical protein  56.56 
 
 		 324 aa  288  9e-77  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0751  protein of unknown function DUF344  57.87 
 
 		 314 aa  287  1e-76  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.000000230323  normal  0.562288 
 
 
-
 
NC_010511  M446_1564  hypothetical protein  48.96 
 
 		 279 aa  287  1e-76  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0832655  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1377  hypothetical protein  52.53 
 
 		 274 aa  287  1e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3502  hypothetical protein  51.88 
 
 		 273 aa  287  2e-76  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1835  hypothetical protein  60.62 
 
 		 340 aa  286  2e-76  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.384152 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0766  hypothetical protein  57.98 
 
 		 336 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.08603  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2425  hypothetical protein  57.98 
 
 		 340 aa  285  5.999999999999999e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.832144  normal  0.152197 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6987  protein of unknown function DUF344  56.97 
 
 		 327 aa  285  7e-76  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.839871 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0772  hypothetical protein  54.58 
 
 		 303 aa  285  9e-76  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.861555  normal  0.621258 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0712  hypothetical protein  51.71 
 
 		 271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.86825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0746  hypothetical protein  51.71 
 
 		 271 aa  284  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.430861  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4120  protein of unknown function DUF344  52.65 
 
 		 277 aa  284  1.0000000000000001e-75  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.794478  hitchhiker  0.00182923 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0750  hypothetical protein  53.72 
 
 		 272 aa  283  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2513  protein of unknown function DUF344  60.09 
 
 		 405 aa  282  5.000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.197532  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1707  hypothetical protein  54.98 
 
 		 272 aa  282  6.000000000000001e-75  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.00527204  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1858  hypothetical protein  53.05 
 
 		 375 aa  281  7.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0141  hypothetical protein  50 
 
 		 393 aa  280  2e-74  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_0730  protein of unknown function DUF344  54.8 
 
 		 316 aa  280  2e-74  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1170  protein of unknown function DUF344  50.59 
 
 		 278 aa  280  2e-74  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0866985 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>