38 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3538 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3538  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  100 
 
 		 168 aa  333  5e-91  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.174201  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2186  hypothetical protein  48.48 
 
 		 170 aa  129  2.0000000000000002e-29  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0635  TRAP dicarboxylate family transporter DctQ subunit  36.49 
 
 		 172 aa  98.6  3e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.691429  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2288  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  35.81 
 
 		 172 aa  95.5  3e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.212485  normal  0.248733 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1476  hypothetical protein  30.08 
 
 		 178 aa  67  0.0000000001  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.0587792  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7254  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  30.83 
 
 		 209 aa  57.4  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.343633  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3208  hypothetical protein  29.46 
 
 		 183 aa  57  0.0000001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1383  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24.83 
 
 		 241 aa  56.6  0.0000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0125297  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2910  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.2 
 
 		 230 aa  54.7  0.0000006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.293027  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1662  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  24 
 
 		 241 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.964618  normal  0.892075 
 
 
-
 
NC_009959  Dshi_4204  hypothetical protein  30.6 
 
 		 193 aa  53.9  0.000001  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1387  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24 
 
 		 241 aa  53.5  0.000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000495058 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2002  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  26.9 
 
 		 162 aa  53.1  0.000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0151036  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0893  hypothetical protein  33.33 
 
 		 177 aa  51.6  0.000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000529967  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0333  hypothetical protein  27.85 
 
 		 175 aa  50.4  0.00001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_3518  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  29.25 
 
 		 211 aa  48.9  0.00003  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00174485 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6031  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  30.21 
 
 		 245 aa  48.1  0.00006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.492399  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0524  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.49 
 
 		 172 aa  47.8  0.00006  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0672  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.54 
 
 		 179 aa  47.4  0.00009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2293  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  27.5 
 
 		 176 aa  46.2  0.0002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0130  C4-dicarboxylate transporter family protein, DctQ subunit  25.83 
 
 		 173 aa  46.2  0.0002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2942  hypothetical protein  27.34 
 
 		 174 aa  46.2  0.0002  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000148294  decreased coverage  0.00000918436 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2936  hypothetical protein  24.68 
 
 		 182 aa  45.8  0.0003  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4022  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.51 
 
 		 183 aa  45.8  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.000610281  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3751  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.71 
 
 		 170 aa  45.4  0.0004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.602482 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2034  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.08 
 
 		 179 aa  45.1  0.0005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  hitchhiker  0.00133922  normal  0.0453092 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3474  putative TRAP C4-dicarboxylate transport system, DctQ subunit (small permease component)  24.82 
 
 		 179 aa  44.7  0.0005  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1350  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  28.1 
 
 		 171 aa  45.1  0.0005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.810937  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3149  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  24.83 
 
 		 201 aa  44.3  0.0008  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.0190342  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3498  hypothetical protein  26.03 
 
 		 173 aa  43.9  0.001  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.0213858  normal  0.106443 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2812  Tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ component  25.24 
 
 		 183 aa  42.7  0.003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003133  TRAP dicarboxylate transporter DctQ subunit  23.29 
 
 		 179 aa  42  0.004  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00512706  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_04933  TRAP-type C4-dicarboxylate transport system permease component  31.82 
 
 		 180 aa  42  0.004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3569  hypothetical protein  21.85 
 
 		 182 aa  42  0.004  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.549682 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1607  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  23.12 
 
 		 168 aa  41.2  0.006  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.0881746  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2260  TRAP-T family transporter small inner membrane subunit  25.53 
 
 		 175 aa  41.6  0.006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.077758  normal  0.0497776 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3478  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  25.6 
 
 		 181 aa  40.8  0.008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0271  tripartite ATP-independent periplasmic transporter DctQ  21.76 
 
 		 173 aa  40.8  0.009  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>