69 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3414 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3414  hypothetical protein  100 
 
 		 285 aa  553  1e-156  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2357  cytochrome c oxidase subunit I  49.04 
 
 		 263 aa  231  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.2304  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6089  hypothetical protein  53.25 
 
 		 263 aa  229  4e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.666814  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5347  hypothetical protein  52.44 
 
 		 264 aa  228  6e-59  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.13446  normal  0.0426067 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0330  cytochrome c oxidase subunit I  47.15 
 
 		 270 aa  226  3e-58  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2726  hypothetical protein  48.58 
 
 		 300 aa  219  5e-56  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.255984  normal  0.243579 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2771  hypothetical protein  47.97 
 
 		 300 aa  217  1e-55  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.439667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3166  hypothetical protein  51.22 
 
 		 298 aa  217  2e-55  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.370375  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1494  hypothetical protein  44.98 
 
 		 269 aa  213  3.9999999999999995e-54  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.452839  normal  0.118134 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1805  hypothetical protein  45.25 
 
 		 307 aa  207  2e-52  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2770  hypothetical protein  48.78 
 
 		 318 aa  206  4e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.20072 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1763  hypothetical protein  48.78 
 
 		 309 aa  206  5e-52  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.168162  normal  0.0214362 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2479  cytochrome c oxidase subunit I  42.91 
 
 		 275 aa  201  9.999999999999999e-51  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3899  cytochrome c oxidase subunit I  47.04 
 
 		 268 aa  196  3e-49  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2132  conserved hypothetical conserved membrane protein  41.5 
 
 		 268 aa  195  9e-49  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0978779 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1194  cytochrome c oxidase subunit I  41.5 
 
 		 278 aa  195  9e-49  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.25451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1923  conserved hypothetical conserved membrane protein  42.13 
 
 		 267 aa  192  4e-48  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2775  integral membrane protein-like protein  41.3 
 
 		 284 aa  192  6e-48  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0621  cytochrome c oxidase subunit I  40.65 
 
 		 265 aa  184  2.0000000000000003e-45  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0229619 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4394  hypothetical protein  47.76 
 
 		 303 aa  183  3e-45  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0476176 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1866  hypothetical protein  39.36 
 
 		 273 aa  160  3e-38  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.31982 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0963  hypothetical protein  38.87 
 
 		 307 aa  154  1e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0089568 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6788  hypothetical protein  39.11 
 
 		 247 aa  146  4.0000000000000006e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.101471  normal  0.0851978 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1855  integral membrane protein-like protein  34.55 
 
 		 258 aa  145  1e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.636824 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3447  hypothetical protein  36.69 
 
 		 265 aa  141  1.9999999999999998e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0848304  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2976  hypothetical protein  33.33 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1622  hypothetical protein  33.33 
 
 		 258 aa  140  3e-32  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.559223  normal  0.211497 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0153  hypothetical protein  33.88 
 
 		 268 aa  140  3.9999999999999997e-32  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.242338 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1473  hypothetical protein  37.35 
 
 		 282 aa  137  2e-31  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4475  hypothetical protein  35.63 
 
 		 287 aa  135  7.000000000000001e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4138  hypothetical protein  35.08 
 
 		 282 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2531  hypothetical protein  38.15 
 
 		 267 aa  130  2.0000000000000002e-29  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.849481  normal  0.0611922 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3983  hypothetical protein  34.68 
 
 		 282 aa  130  3e-29  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1174  hypothetical protein  38.21 
 
 		 269 aa  129  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0226472  normal  0.695138 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0871  hypothetical protein  31.33 
 
 		 269 aa  124  1e-27  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.99358  normal  0.512198 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2254  integral membrane protein-like  37.24 
 
 		 263 aa  121  9.999999999999999e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.065811  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1233  integral membrane protein  33.46 
 
 		 289 aa  107  2e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1482  hypothetical protein  30.08 
 
 		 257 aa  107  3e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3771  integral membrane protein  36.65 
 
 		 272 aa  105  9e-22  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1270  integral membrane protein  34.08 
 
 		 283 aa  105  9e-22  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.731901  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1524  integral membrane-like protein  38.38 
 
 		 262 aa  103  4e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3048  integral membrane protein  34.27 
 
 		 275 aa  99.4  5e-20  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.702381  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1602  integral membrane protein  37.13 
 
 		 278 aa  99.8  5e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5921  hypothetical protein  35.27 
 
 		 268 aa  99  8e-20  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.206113  normal  0.388668 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2272  integral membrane protein  36.63 
 
 		 278 aa  97.8  2e-19  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.297737  normal  0.474606 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1797  integral membrane-like protein  36.75 
 
 		 260 aa  95.5  8e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.797303  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1050  integral membrane protein  35.64 
 
 		 291 aa  94.7  2e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3045  integral membrane protein  28.57 
 
 		 261 aa  94.4  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.319119  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3645  integral membrane protein  33.98 
 
 		 257 aa  92.4  7e-18  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.258813  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2727  hypothetical protein  29.6 
 
 		 263 aa  90.5  3e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.366469  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0257  hypothetical protein  33.68 
 
 		 257 aa  86.3  5e-16  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0044951 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3410  integral membrane protein  34.85 
 
 		 242 aa  86.3  5e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.16233  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2133  Protein of unknown function DUF2189, transmembrane  30.53 
 
 		 284 aa  82.4  0.000000000000007  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.147717  normal  0.148345 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1157  integral membrane protein  29.91 
 
 		 248 aa  80.5  0.00000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.0522859  normal  0.049297 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2413  integral membrane protein  26.86 
 
 		 263 aa  80.1  0.00000000000004  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.696522  hitchhiker  0.0019684 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002466  putative cytochrome c oxidase subunit I  29.95 
 
 		 265 aa  77.8  0.0000000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2564  integral membrane protein  30.48 
 
 		 277 aa  77.4  0.0000000000003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.479216  normal  0.124593 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1576  integral membrane protein  33.16 
 
 		 281 aa  75.9  0.0000000000007  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00371521 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_03569  hypothetical protein  27.97 
 
 		 273 aa  75.5  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0009  integral membrane protein  32.5 
 
 		 283 aa  73.9  0.000000000003  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.191887  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2035  putative cytochrome c oxidase, subunit I  31.44 
 
 		 264 aa  70.9  0.00000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1998  integral membrane protein  27.27 
 
 		 272 aa  68.9  0.00000000009  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4241  integral membrane protein  32.26 
 
 		 252 aa  68.2  0.0000000002  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01073  putative cytochrome c oxidase, subunit I  27.69 
 
 		 264 aa  64.7  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4036  integral membrane protein  32.68 
 
 		 269 aa  63.2  0.000000005  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.141664 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_1737  putative cytochrome c oxidase, subunit I  25.21 
 
 		 260 aa  58.5  0.0000001  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1053  integral membrane protein  32.31 
 
 		 288 aa  55.8  0.0000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.143905 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2731  hypothetical protein  25.6 
 
 		 243 aa  47.4  0.0003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.471338  normal  0.518668 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3013  hypothetical protein  26.12 
 
 		 261 aa  45.4  0.001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>