More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3290 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009512  Pput_2738  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  48.37 
 
 
726 aa  638    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0233  oxidoreductase, FAD-binding, putative  66.39 
 
 
734 aa  999    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.166526  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3290  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  100 
 
 
735 aa  1445    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.126941  normal  0.108188 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0272  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  42.47 
 
 
740 aa  603  1.0000000000000001e-171  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1291  flavodoxin/nitric oxide synthase  44.07 
 
 
739 aa  600  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3213  flavodoxin/nitric oxide synthase  44.07 
 
 
739 aa  600  1e-170  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0900  nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component, putative  47.03 
 
 
756 aa  595  1e-169  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.638423  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5389  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding  45.93 
 
 
732 aa  598  1e-169  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5165  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase:oxidoreductase FAD-binding region  47.15 
 
 
736 aa  588  1e-167  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.974018  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0493  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component  45.71 
 
 
779 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1981  oxidoreductase NAD-binding/FAD-binding  45.71 
 
 
779 aa  590  1e-167  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.22456  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2078  oxidoreductase NAD-binding/FAD-binding  45.54 
 
 
782 aa  588  1e-166  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3395  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  47.72 
 
 
732 aa  579  1e-164  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3436  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  45.14 
 
 
725 aa  571  1e-161  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.129354  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4965  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  47.76 
 
 
730 aa  570  1e-161  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.969673 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_4088  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  45 
 
 
725 aa  570  1e-161  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.265737  normal  0.143832 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0226  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  42.15 
 
 
736 aa  550  1e-155  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.180249  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3098  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  43.83 
 
 
728 aa  545  1e-154  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1598  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding subunit  45.93 
 
 
725 aa  537  1e-151  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.80614 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0564  sulfite reductase, alpha subunit  45.64 
 
 
653 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.0948792  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0676  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component  45.64 
 
 
653 aa  489  1e-137  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.273714  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4069  flavodoxin/nitric oxide synthase  28.13 
 
 
727 aa  297  4e-79  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.287082  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1665  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.79 
 
 
732 aa  278  2e-73  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal  0.664708 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1115  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding domain protein  27.92 
 
 
718 aa  251  3e-65  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.95767  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0660  ApbE-like lipoprotein  33.75 
 
 
800 aa  189  1e-46  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.121438 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12440  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component/ iron-regulated membrane protein  28.73 
 
 
783 aa  188  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.91057  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0797  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.96 
 
 
842 aa  157  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.292991 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4318  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.82 
 
 
851 aa  145  3e-33  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00140327 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0903  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.94 
 
 
850 aa  144  5e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.127756  hitchhiker  0.00576689 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0890  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.16 
 
 
850 aa  140  1e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.208883  normal  0.710482 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0578  flavodoxin/nitric oxide synthase  25.03 
 
 
844 aa  139  2e-31  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.142303  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4243  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:PepSY-associated TM helix:flavodoxin/nitric oxide synthase  25.91 
 
 
840 aa  139  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0860  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.99 
 
 
849 aa  135  1.9999999999999998e-30  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4569  iron-uptake factor  26.09 
 
 
822 aa  130  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_12370  sulfite reductase, NADPH flavoprotein alpha-component  32.88 
 
 
513 aa  125  4e-27  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1892  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.95 
 
 
730 aa  124  8e-27  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.161647  normal  0.0178534 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5053  flavodoxin/nitric oxide synthase  30.9 
 
 
461 aa  123  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.183629  normal  0.101243 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5636  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component  30.17 
 
 
533 aa  121  4.9999999999999996e-26  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.926538  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0983  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.45 
 
 
534 aa  115  2.0000000000000002e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.143513 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3726  putative oxidoreductase  30.95 
 
 
466 aa  112  2.0000000000000002e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.388921 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2225  flavodoxin/nitric oxide synthase  36.1 
 
 
509 aa  107  8e-22  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.653659  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0187  flavodoxin/nitric oxide synthase  27.25 
 
 
735 aa  106  1e-21  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5211  oxidoreductase FAD/NAD(P)-binding:flavodoxin/nitric oxide synthase  38.82 
 
 
511 aa  105  3e-21  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5127  oxidoreductase  38.19 
 
 
850 aa  103  1e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0428  flavodoxin/nitric oxide synthase  38.19 
 
 
526 aa  103  1e-20  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_58560  oxidoreductase  39 
 
 
850 aa  100  7e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3143  sulfite reductase subunit alpha  33.33 
 
 
599 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.49504  normal  0.285573 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3102  sulfite reductase subunit alpha  33.49 
 
 
599 aa  98.6  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0271703  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3260  sulfite reductase subunit alpha  33.95 
 
 
599 aa  99  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.25406 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3159  sulfite reductase subunit alpha  33.95 
 
 
599 aa  98.6  4e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.87087  normal  0.534662 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3632  flavodoxin/nitric oxide synthase  38.89 
 
 
840 aa  98.2  5e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.732599 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3078  sulfite reductase subunit alpha  33.95 
 
 
599 aa  98.2  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.282259  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0924  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha chain  33.49 
 
 
599 aa  97.8  7e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3066  sulfite reductase subunit alpha  33.49 
 
 
599 aa  97.8  7e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.944096  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0948  sulfite reductase subunit alpha  33.49 
 
 
599 aa  97.8  7e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.404353 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3111  sulfite reductase subunit alpha  33.02 
 
 
599 aa  96.7  1e-18  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4018  sulfite reductase subunit alpha  33.02 
 
 
599 aa  97.1  1e-18  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.104123  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02609  sulfite reductase, alpha subunit, flavoprotein  33.02 
 
 
599 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4232  sulfite reductase  34.4 
 
 
539 aa  95.9  2e-18  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3992  flavodoxin/nitric oxide synthase  29.24 
 
 
521 aa  96.7  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.968504 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2904  sulfite reductase subunit alpha  33.02 
 
 
599 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02572  hypothetical protein  33.02 
 
 
599 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2892  sulfite reductase subunit alpha  33.02 
 
 
599 aa  95.9  2e-18  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1395  molybdopterin oxidoreductase  37.33 
 
 
1384 aa  95.5  3e-18  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.427794  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0810  sulfite reductase subunit alpha  34.42 
 
 
599 aa  94.7  5e-18  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4788  flavodoxin/nitric oxide synthase  39.41 
 
 
892 aa  94.4  6e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_1381  molybdopterin oxidoreductase  34.26 
 
 
1232 aa  94.4  8e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002620  TC0719  oxidoreductase, FAD-binding  36.65 
 
 
350 aa  93.2  1e-17  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3527  sulfite reductase subunit alpha  30.71 
 
 
609 aa  93.6  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.400097  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3227  sulfite reductase subunit alpha  31.63 
 
 
601 aa  93.2  2e-17  Enterobacter sp. 638  Bacteria  decreased coverage  0.000595634  normal  0.150506 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3365  sulfite reductase subunit alpha  30.36 
 
 
609 aa  92.8  2e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.834699  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02819  iron-uptake factor  26.31 
 
 
844 aa  92  3e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0530  flavodoxin/nitric oxide synthase  38.83 
 
 
885 aa  92.4  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000016747 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_1331  molybdopterin oxidoreductase  34.43 
 
 
1342 aa  91.3  5e-17  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.0643917 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_4122  molybdopterin oxidoreductase  35.65 
 
 
1405 aa  91.7  5e-17  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0706903  normal  0.0956254 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0793  flavodoxin/nitric oxide synthase  26.14 
 
 
843 aa  91.3  7e-17  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1753  sulfite reductase  35.19 
 
 
539 aa  90.5  9e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.274813  normal  0.0164644 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1752  nitrate reductase, putative  34.2 
 
 
1418 aa  90.1  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0512469  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2696  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  32.09 
 
 
600 aa  90.1  1e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2839  sulfite reductase subunit alpha  34.58 
 
 
602 aa  90.1  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1784  sulfite reductase  30.56 
 
 
526 aa  89.4  2e-16  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4136  sulfite reductase  32.56 
 
 
535 aa  88.6  3e-16  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.292197 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4759  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein alpha-component  29.3 
 
 
612 aa  88.6  4e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3748  sulfite reductase  42.18 
 
 
540 aa  88.6  4e-16  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  normal  0.0282506 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2866  sulfite reductase  34.42 
 
 
537 aa  88.2  4e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0890512  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1084  putative nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component  33.77 
 
 
1418 aa  88.2  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0241  FdhF  33.77 
 
 
1398 aa  88.2  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.322572  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0340  putative nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component  33.77 
 
 
1418 aa  88.2  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.270767  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1247  putative nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component  33.77 
 
 
1418 aa  88.2  5e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.845678  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1663  nitrate reductase, putative  33.77 
 
 
1418 aa  88.2  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0080  putative nitrate reductase/sulfite reductase flavoprotein alpha-component  33.77 
 
 
1418 aa  88.2  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.567377  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2212  sulfite reductase (NADPH) alpha subunit  34.26 
 
 
1401 aa  87.8  6e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.022132  normal  0.0161111 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1770  molybdopterin oxidoreductase  35.48 
 
 
1394 aa  87.8  7e-16  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.0309544  normal  0.0148137 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1172  nitrate reductase  34.58 
 
 
1427 aa  87.4  8e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0614569  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3311  sulfite reductase subunit alpha  35.02 
 
 
612 aa  87.4  9e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2720  flavodoxin/nitric oxide synthase  34.5 
 
 
588 aa  87  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.893392  unclonable  0.0000000000726752 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0975  sulfite reductase subunit alpha  35.02 
 
 
600 aa  87  0.000000000000001  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3121  sulfite reductase (NADPH) flavoprotein, alpha component  34.5 
 
 
588 aa  87  0.000000000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.500128  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002350  sulfite reductase [NADPH] flavoprotein alpha-component  29.74 
 
 
623 aa  87.4  0.000000000000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5661  molybdopterin oxidoreductase  32.33 
 
 
1400 aa  86.7  0.000000000000001  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>