140 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3274 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3274  amidohydrolase 2  100 
 
 		 343 aa  715    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000324384 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3705  4-oxalomesaconate hydratase  65.59 
 
 		 341 aa  481  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.0366284 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3888  amidohydrolase 2  64.41 
 
 		 339 aa  476  1e-133  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4320  amidohydrolase 2  65.1 
 
 		 342 aa  473  1e-132  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.648445  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2697  4-oxalomesaconate hydratase  63.64 
 
 		 341 aa  474  1e-132  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.745573  normal  0.611025 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0338  amidohydrolase 2  63.74 
 
 		 342 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.959905  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6375  amidohydrolase 2  61.58 
 
 		 341 aa  464  9.999999999999999e-131  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  hitchhiker  0.00192983  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2032  amidohydrolase 2  63.74 
 
 		 342 aa  464  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6039  amidohydrolase 2  64.52 
 
 		 341 aa  465  9.999999999999999e-131  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0698551  normal  0.185903 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0168  amidohydrolase 2  63.72 
 
 		 345 aa  462  1e-129  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.370789  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5915  amidohydrolase 2  63.56 
 
 		 395 aa  463  1e-129  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.366016  normal  0.0743655 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2814  amidohydrolase 2  63.82 
 
 		 341 aa  459  9.999999999999999e-129  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.162302  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2314  putative 4-oxalomesaconate hydratase  64.09 
 
 		 349 aa  457  9.999999999999999e-129  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.44483  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03238  4-oxalomesaconate hydratase  63.56 
 
 		 340 aa  461  9.999999999999999e-129  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6117  amidohydrolase 2  64.09 
 
 		 349 aa  459  9.999999999999999e-129  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0877  amidohydrolase 2  62.28 
 
 		 342 aa  457  1e-127  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.51327  normal  0.385928 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3632  amidohydrolase 2  62.9 
 
 		 342 aa  457  1e-127  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.784005 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7570  amidohydrolase 2  61.88 
 
 		 341 aa  453  1.0000000000000001e-126  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.142682  normal  0.87929 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3208  amidohydrolase 2  62.87 
 
 		 342 aa  452  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0987  amidohydrolase 2  60.82 
 
 		 342 aa  451  1e-125  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0849631  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5743  amidohydrolase 2  62.46 
 
 		 342 aa  450  1e-125  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.311436  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5178  amidohydrolase 2  60.82 
 
 		 342 aa  448  1e-125  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4449  amidohydrolase 2  60.12 
 
 		 342 aa  449  1e-125  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.163224  normal  0.0432187 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_3361  amidohydrolase 2  61.29 
 
 		 341 aa  445  1.0000000000000001e-124  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008538  Arth_4376  amidohydrolase 2  61.11 
 
 		 342 aa  437  1e-121  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_3915  amidohydrolase 2  58.62 
 
 		 353 aa  424  1e-117  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0150149  normal  0.256454 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3943  amidohydrolase 2  57.14 
 
 		 335 aa  413  1e-114  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4794  amidohydrolase 2  38.92 
 
 		 334 aa  226  5.0000000000000005e-58  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0707579  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5776  amidohydrolase 2  36.5 
 
 		 337 aa  210  2e-53  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3063  amidohydrolase 2  36.09 
 
 		 333 aa  195  1e-48  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.249503 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3833  amidohydrolase 2  33.63 
 
 		 336 aa  192  1e-47  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.183747  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1931  amidohydrolase 2  26.74 
 
 		 342 aa  82.8  0.000000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.502037  normal  0.58926 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2603  hypothetical protein  24.93 
 
 		 339 aa  77  0.0000000000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3785  amidohydrolase 2  25.25 
 
 		 320 aa  75.9  0.000000000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2061  amidohydrolase 2  26.73 
 
 		 326 aa  75.5  0.000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  decreased coverage  0.00000112186  normal  0.166362 
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2240  aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase  26.84 
 
 		 339 aa  73.2  0.000000000005  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2313  amidohydrolase 2  26.67 
 
 		 353 aa  73.2  0.000000000006  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.0234215 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1788  amidohydrolase 2  26.48 
 
 		 364 aa  72.8  0.000000000008  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3105  amidohydrolase 2  24.26 
 
 		 317 aa  72.8  0.000000000009  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0508507  normal  0.867387 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2152  2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase  24.52 
 
 		 345 aa  71.6  0.00000000002  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_5726  amidohydrolase 2  29.23 
 
 		 326 aa  71.6  0.00000000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3500  amidohydrolase 2  26.74 
 
 		 339 aa  71.2  0.00000000003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0215706 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0594  hypothetical protein  27.78 
 
 		 361 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.114324  normal  0.2203 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1616  amidohydrolase 2  26.14 
 
 		 323 aa  68.2  0.0000000002  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0621  putative hydrolase  24.93 
 
 		 341 aa  68.2  0.0000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.148858 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_1564  amidohydrolase 2  27.64 
 
 		 391 aa  67.8  0.0000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.302749  normal  0.45285 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0060  amidohydrolase 2  25.08 
 
 		 358 aa  67  0.0000000004  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1036  amidohydrolase 2  29.39 
 
 		 340 aa  67  0.0000000005  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.105862  normal  0.443407 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0799  amidohydrolase 2  24.14 
 
 		 351 aa  66.2  0.0000000008  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0650  putative hydrolase  26.91 
 
 		 364 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.60927  normal  0.264449 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4525  amidohydrolase 2  24.76 
 
 		 319 aa  64.7  0.000000002  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.273896  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3331  amidohydrolase 2  27.86 
 
 		 391 aa  64.7  0.000000002  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  1  normal  0.550336 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1929  amidohydrolase 2  27.27 
 
 		 358 aa  65.1  0.000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.51746  normal  0.799765 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2054  amidohydrolase 2  26.8 
 
 		 336 aa  64.3  0.000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.452903  normal  0.40157 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1749  amidohydrolase 2  23.41 
 
 		 397 aa  63.5  0.000000005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.393606  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3061  amidohydrolase 2  26.32 
 
 		 330 aa  63.2  0.000000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.491062  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3915  amidohydrolase 2  26.32 
 
 		 391 aa  62.4  0.00000001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.130175  normal  0.0967044 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2293  amidohydrolase 2  25.1 
 
 		 312 aa  61.2  0.00000002  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2759  amidohydrolase 2  27.45 
 
 		 278 aa  59.3  0.00000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.82576  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_2602  amidohydrolase 2  23.34 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_2656  amidohydrolase 2  23.34 
 
 		 336 aa  59.7  0.00000008  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2274  amidohydrolase 2  25 
 
 		 335 aa  59.3  0.0000001  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.345046  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4912  amidohydrolase 2  23.39 
 
 		 316 aa  57.4  0.0000003  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2147  amidohydrolase 2  30 
 
 		 286 aa  57.4  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0847  aminocarboxymuconate-semialdehyde decarboxylase  22.55 
 
 		 350 aa  57.8  0.0000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4331  amidohydrolase 2  23.89 
 
 		 326 aa  57  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.639652  normal  0.0344092 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2954  amidohydrolase 2  24.12 
 
 		 316 aa  56.6  0.0000006  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013744  Htur_4417  amidohydrolase 2  26.11 
 
 		 286 aa  56.6  0.0000006  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_4702  amidohydrolase 2  25.08 
 
 		 374 aa  56.2  0.0000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  decreased coverage  0.00593918  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0258  amidohydrolase 2  24.41 
 
 		 326 aa  55.5  0.000001  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3521  amidohydrolase 2  24.47 
 
 		 361 aa  55.8  0.000001  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4292  amidohydrolase 2  24.03 
 
 		 331 aa  54.7  0.000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12326  antibiotic-resistance protein  31.62 
 
 		 307 aa  55.1  0.000002  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_2032  amidohydrolase 2  27.62 
 
 		 283 aa  54.3  0.000003  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5311  amidohydrolase 2  24.41 
 
 		 325 aa  54.3  0.000003  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.523586  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3896  amidohydrolase 2  25.71 
 
 		 336 aa  53.5  0.000005  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.271019 
 
 
-
 
NC_002936  DET1455  hypothetical protein  26 
 
 		 282 aa  52.8  0.000008  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  hitchhiker  0.00169486  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13544  hypothetical protein  29.41 
 
 		 278 aa  52.8  0.000008  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  1.70136e-92  hitchhiker  0.000000875537 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_5929  amidohydrolase 2  23.02 
 
 		 338 aa  52.4  0.00001  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.901897  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2721  metal-dependent hydrolase  24.12 
 
 		 356 aa  51.2  0.00002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.277634  normal  0.08915 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1435  amidohydrolase 2  29.2 
 
 		 282 aa  51.6  0.00002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001301  ANIA_06723  amidohydrolase family protein (AFU_orthologue; AFUA_7G05840)  23.62 
 
 		 338 aa  51.2  0.00003  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2163  amidohydrolase  25.19 
 
 		 297 aa  51.2  0.00003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
BN001302  ANIA_07911  conserved hypothetical protein  28.25 
 
 		 331 aa  50.4  0.00004  Aspergillus nidulans FGSC A4  Eukaryota  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6458  amidohydrolase 2  21.74 
 
 		 366 aa  50.1  0.00005  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.0823861  normal  0.151509 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0495  amidohydrolase 2  23.1 
 
 		 278 aa  50.1  0.00006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  0.274836 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2987  amidohydrolase 2  24.63 
 
 		 315 aa  50.1  0.00006  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.390637  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_2856  amidohydrolase 2  29.03 
 
 		 270 aa  50.1  0.00006  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  normal  0.156395 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5506  twin-arginine translocation pathway signal  23.16 
 
 		 363 aa  49.7  0.00007  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_0292  metal-dependent hydrolase of the TIM-barrel fold  23.48 
 
 		 341 aa  49.7  0.00007  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.951151  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2820  amidohydrolase 2  24.74 
 
 		 313 aa  49.7  0.00007  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9109  tryptophan 2,3-dioxygenase  24.05 
 
 		 323 aa  49.7  0.00008  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2819  amidohydrolase 2  36.36 
 
 		 282 aa  49.3  0.00009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6846  amidohydrolase 2  23.63 
 
 		 401 aa  49.3  0.00009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.206422  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0338  amidohydrolase 2  24.5 
 
 		 311 aa  49.3  0.0001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1278  amidohydrolase family protein  21.96 
 
 		 276 aa  48.9  0.0001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  hitchhiker  0.00759688  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7141  amidohydrolase 2  27.03 
 
 		 308 aa  49.3  0.0001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.35944  normal  0.367426 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_07440  2-amino-3-carboxymuconate-6-semialdehyde decarboxylase  26.17 
 
 		 362 aa  48.5  0.0001  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.723165  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1683  amidohydrolase 2  22.26 
 
 		 372 aa  48.5  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.617368  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3998  amidohydrolase 2  28.14 
 
 		 310 aa  48.5  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.166388  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>