56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3189 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3189  hypothetical protein  100 
 
 		 173 aa  340  4e-93  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0514  helix-turn-helix protein, CopG  78.1 
 
 		 140 aa  224  3e-58  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.139241  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0811  helix-turn-helix protein, CopG  68.39 
 
 		 156 aa  215  2e-55  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3850  helix-turn-helix protein, CopG  59.42 
 
 		 142 aa  179  2e-44  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  hitchhiker  0.00136711  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2326  CopG-like DNA-binding  56.16 
 
 		 145 aa  165  4e-40  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.17892  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3005  CopG/DNA-binding domain-containing protein  54.2 
 
 		 145 aa  157  8e-38  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.78909  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1680  helix-turn-helix protein, CopG  57.53 
 
 		 149 aa  151  5e-36  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.522229  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3357  hypothetical protein  55.3 
 
 		 145 aa  150  5.9999999999999996e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.800437  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3547  CopG-like DNA-binding  50 
 
 		 154 aa  150  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.715677 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3902  hypothetical protein  55.3 
 
 		 146 aa  149  2e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7439  hypothetical protein  54.55 
 
 		 145 aa  144  9e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2644  CopG domain protein DNA-binding domain protein  50.35 
 
 		 154 aa  139  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.862924 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1732  hypothetical protein  50.72 
 
 		 141 aa  137  8.999999999999999e-32  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2700  CopG/DNA-binding domain-containing protein  51.94 
 
 		 154 aa  136  1e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0802362  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1340  CopG-like DNA-binding  51.16 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.126057  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1549  CopG-like DNA-binding  51.16 
 
 		 154 aa  135  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0162848  normal  0.655156 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_30950  hypothetical protein  51.16 
 
 		 154 aa  135  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000217049  unclonable  2.16388e-22 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4194  CopG/DNA-binding domain-containing protein  50.39 
 
 		 150 aa  135  3.0000000000000003e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2912  CopG/DNA-binding domain-containing protein  50 
 
 		 148 aa  135  4e-31  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1894  CopG domain protein DNA-binding domain protein  51.16 
 
 		 154 aa  135  4e-31  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3707  CopG/DNA-binding domain-containing protein  51.16 
 
 		 154 aa  135  4e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0439  CopG/DNA-binding domain-containing protein  51.16 
 
 		 154 aa  134  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3507  CopG domain protein DNA-binding domain protein  50.38 
 
 		 154 aa  134  6.0000000000000005e-31  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.709312  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1195  hypothetical protein  48.55 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.423858  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3540  hypothetical protein  48.55 
 
 		 149 aa  133  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7740  hypothetical protein  54.14 
 
 		 144 aa  133  9.999999999999999e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.589979 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1281  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.41 
 
 		 154 aa  132  1.9999999999999998e-30  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0700  hypothetical protein  53.68 
 
 		 145 aa  132  1.9999999999999998e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0725  CopG/DNA-binding domain-containing protein  51.16 
 
 		 158 aa  132  1.9999999999999998e-30  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.946674  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1494  CopG family protein  49.61 
 
 		 144 aa  132  1.9999999999999998e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  decreased coverage  0.00276069  normal  0.69135 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3690  hypothetical protein  51.13 
 
 		 139 aa  132  3e-30  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2819  hypothetical protein  52.67 
 
 		 143 aa  131  3.9999999999999996e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2003  CopG/DNA-binding domain-containing protein  50.39 
 
 		 158 aa  131  3.9999999999999996e-30  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.31572  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2349  CopG/DNA-binding domain-containing protein  50.39 
 
 		 158 aa  131  5e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.61469 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35730  hypothetical protein  51.16 
 
 		 154 aa  131  6e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0750  hypothetical protein  51.88 
 
 		 144 aa  129  2.0000000000000002e-29  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.751711  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0967  hypothetical protein  54.41 
 
 		 143 aa  127  5.0000000000000004e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2877  hypothetical protein  50.38 
 
 		 143 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.230975 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0143  hypothetical protein  51.54 
 
 		 136 aa  126  1.0000000000000001e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.802001  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3194  hypothetical protein  50 
 
 		 149 aa  126  2.0000000000000002e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.14235  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1022  hypothetical protein  51.09 
 
 		 144 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3826  hypothetical protein  51.15 
 
 		 144 aa  125  3e-28  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3085  hypothetical protein  52.31 
 
 		 150 aa  125  3e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.835522  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1505  hypothetical protein  51.67 
 
 		 142 aa  123  1e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.738458 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0590  hypothetical protein  50.77 
 
 		 142 aa  122  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1066  putative regulator protein  47.37 
 
 		 144 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.638052  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2617  hypothetical protein  48.89 
 
 		 150 aa  114  6e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2585  hypothetical protein  51.16 
 
 		 158 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4006  hypothetical protein  49.62 
 
 		 144 aa  110  1.0000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.567441 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2257  hypothetical protein  46.56 
 
 		 138 aa  110  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.338715  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0319  hypothetical protein  48 
 
 		 127 aa  107  1e-22  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.0127184  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2026  CopG/DNA-binding domain-containing protein  46.67 
 
 		 136 aa  101  6e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1834  CopG/DNA-binding domain-containing protein  41.67 
 
 		 139 aa  92.8  2e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0687  hypothetical protein  28.47 
 
 		 142 aa  74.3  0.0000000000008  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2345  hypothetical protein  28.36 
 
 		 157 aa  70.1  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1496  hypothetical protein  38.24 
 
 		 461 aa  59.7  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  hitchhiker  0.000950555  normal  0.877787 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>