More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3071 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
CP001509  ECD_01253  aconitate hydratase  47.23 
 
 		 891 aa  716    Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0525201  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2371  aconitate hydratase 1  47.23 
 
 		 891 aa  716    Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.00215516  n/a   
 
 
-
 
CP001800  Ssol_2068  aconitate hydratase 1  42.46 
 
 		 855 aa  696    Sulfolobus solfataricus 98/2  Archaea  normal  0.461258  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0846  aconitate hydratase  44.19 
 
 		 935 aa  667    Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2112  aconitate hydratase  47.2 
 
 		 913 aa  719    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.0880837 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2336  aconitate hydratase  43.49 
 
 		 862 aa  638    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000568872 
 
 
-
 
NC_002976  SERP0921  aconitate hydratase  45.03 
 
 		 901 aa  730    Staphylococcus epidermidis RP62A  Bacteria  normal  0.446396  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0105  aconitate hydratase  45.41 
 
 		 861 aa  727    Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.227514  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2003  aconitate hydratase  44.57 
 
 		 901 aa  680    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.158915 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0452  aconitate hydratase  45.82 
 
 		 894 aa  736    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.694166  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0330  aconitate hydratase  59.55 
 
 		 877 aa  904    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.00865335  normal  0.101223 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3635  aconitate hydratase  43.45 
 
 		 907 aa  726    Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.533912  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2820  aconitate hydratase  42.26 
 
 		 868 aa  648    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.551214  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0093  aconitate hydratase  46.85 
 
 		 895 aa  706    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0343  aconitate hydratase  44.14 
 
 		 867 aa  653    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2016  aconitate hydratase 1  46.76 
 
 		 914 aa  704    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.644961  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1145  aconitate hydratase  43.7 
 
 		 972 aa  665    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3408  aconitate hydratase  43.34 
 
 		 907 aa  725    Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.741284  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3370  aconitate hydratase  43.34 
 
 		 907 aa  725    Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3320  aconitate hydratase  43.34 
 
 		 907 aa  725    Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1755  aconitate hydratase  45.02 
 
 		 905 aa  672    Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1664  aconitate hydratase  42.35 
 
 		 874 aa  635    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1659  aconitate hydratase  47.02 
 
 		 891 aa  719    Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1653  aconitate hydratase  47.02 
 
 		 891 aa  719    Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2127  aconitate hydratase 1  45.9 
 
 		 903 aa  715    Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  0.760339 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3404  aconitate hydratase  47.24 
 
 		 914 aa  704    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.342513  normal  0.354094 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1112  aconitate hydratase  42.82 
 
 		 885 aa  648    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.58218 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_2061  aconitate hydratase  42.75 
 
 		 939 aa  689    Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_1925  aconitate hydratase  44.09 
 
 		 916 aa  693    Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.128572  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1358  aconitase  44.23 
 
 		 909 aa  660    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2331  aconitate hydratase  45.71 
 
 		 901 aa  685    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.35381  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0828  aconitate hydratase  45.12 
 
 		 883 aa  736    Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  decreased coverage  0.00982227  n/a   
 
 
-
 
NC_007355  Mbar_A0714  aconitate hydratase  44.62 
 
 		 934 aa  697    Methanosarcina barkeri str. Fusaro  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0891  aconitase  46.12 
 
 		 939 aa  684    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0323  aconitate hydratase  45.35 
 
 		 905 aa  712    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0800  aconitate hydratase  45.02 
 
 		 905 aa  671    Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1282  aconitate hydratase  45.32 
 
 		 895 aa  693    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.14403  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1788  aconitate hydratase 1  46.88 
 
 		 907 aa  697    Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.83905  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1766  aconitate hydratase  43.18 
 
 		 864 aa  643    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3890  aconitate hydratase  46.84 
 
 		 913 aa  706    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0185515 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1806  aconitate hydratase  45.82 
 
 		 914 aa  738    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_1583  aconitate hydratase  46.66 
 
 		 873 aa  706    Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2158  aconitate hydratase  44.91 
 
 		 905 aa  671    Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1016  aconitate hydratase  44.93 
 
 		 937 aa  660    Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.827465 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3677  aconitate hydratase  43.34 
 
 		 907 aa  725    Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3511  aconitate hydratase  46.94 
 
 		 891 aa  708    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0654  aconitate hydratase  45.14 
 
 		 905 aa  679    Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1823  aconitate hydratase  45.02 
 
 		 905 aa  672    Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3665  aconitase  44.42 
 
 		 945 aa  706    Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.258951  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1312  aconitase  44.87 
 
 		 927 aa  668    Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.0948394  normal  0.862178 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0291  aconitate hydratase  45.31 
 
 		 905 aa  723    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.0448672 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0425  aconitase  46.61 
 
 		 890 aa  717    Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.128588  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0600  aconitate hydratase 1  41.14 
 
 		 905 aa  666    Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.778708  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1031  aconitate hydratase  44.62 
 
 		 875 aa  729    Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2646  aconitate hydratase  43.69 
 
 		 931 aa  702    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.581556  decreased coverage  0.00838168 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1991  aconitase  46.05 
 
 		 937 aa  679    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0204  aconitate hydratase  45.74 
 
 		 906 aa  734    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.0875867 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3871  aconitate hydratase  60.72 
 
 		 888 aa  942    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.309785  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2301  aconitate hydratase  44.35 
 
 		 865 aa  667    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.22008 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2903  aconitate hydratase  44.68 
 
 		 905 aa  676    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.864497  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2120  aconitate hydratase 1  45.8 
 
 		 891 aa  691    Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.731402  normal  0.0663463 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0525  aconitate hydratase  45.44 
 
 		 905 aa  724    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.123163  normal  1 
 
 
-
 
NC_007959  Nham_4079  aconitate hydratase 1  45.3 
 
 		 984 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2962  aconitase  45.71 
 
 		 910 aa  719    Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0408  aconitate hydratase  45.11 
 
 		 905 aa  721    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0914  aconitate hydratase 1  45.3 
 
 		 984 aa  682    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.239942  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1309  aconitate hydratase  42.38 
 
 		 885 aa  639    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2384  aconitate hydratase  42.89 
 
 		 935 aa  682    Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  0.780528 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1406  aconitate hydratase 1  45.42 
 
 		 914 aa  703    Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2492  aconitate hydratase  44.49 
 
 		 901 aa  682    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4240  aconitate hydratase 1  47.71 
 
 		 884 aa  727    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0224  aconitase  44.37 
 
 		 907 aa  670    Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1682  aconitate hydratase  47.17 
 
 		 906 aa  718    Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00945136  normal  1 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1006  aconitate hydratase  42.97 
 
 		 915 aa  717    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.304321  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2096  aconitate hydratase 1  46.15 
 
 		 891 aa  705    Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.931453  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4439  aconitate hydratase  45.1 
 
 		 905 aa  674    Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.604056  n/a   
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2745  aconitate hydratase 1  40.93 
 
 		 954 aa  637    Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  1  normal  0.65057 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1284  aconitate hydratase 1  43.61 
 
 		 907 aa  693    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1615  aconitate hydratase  45.02 
 
 		 905 aa  672    Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3357  aconitate hydratase  48.01 
 
 		 896 aa  726    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3631  aconitate hydratase  43.94 
 
 		 863 aa  658    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0313  aconitate hydratase  43.94 
 
 		 863 aa  658    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1454  aconitate hydratase 1  45.53 
 
 		 914 aa  682    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.293979  normal  0.11612 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2603  aconitate hydratase  43.06 
 
 		 872 aa  638    Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.120412  hitchhiker  0.000028644 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0230  aconitate hydratase 1  44.88 
 
 		 908 aa  687    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1342  aconitate hydratase 1  44.66 
 
 		 939 aa  652    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  hitchhiker  0.00303441  hitchhiker  0.00141005 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2861  aconitase  46.14 
 
 		 891 aa  717    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.509308  normal  0.643421 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3305  aconitate hydratase  44.79 
 
 		 905 aa  674    Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.877438 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4049  aconitate hydratase  44.06 
 
 		 863 aa  657    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44290  aconitate hydratase  46.43 
 
 		 910 aa  708    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_53970  aconitate hydratase  43.88 
 
 		 868 aa  645    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008532  STER_1246  aconitate hydratase  44.51 
 
 		 887 aa  676    Streptococcus thermophilus LMD-9  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1644  aconitase  42.62 
 
 		 936 aa  663    Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.417591  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3928  aconitate hydratase  45.1 
 
 		 905 aa  674    Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3674  aconitate hydratase 1  46.39 
 
 		 920 aa  778    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3827  aconitate hydratase  44.3 
 
 		 863 aa  663    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1394  aconitase  46.09 
 
 		 926 aa  728    Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.295353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0106  aconitase  46.89 
 
 		 922 aa  719    Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3071  aconitate hydratase  100 
 
 		 854 aa  1704    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.146254 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4301  aconitate hydratase  43.81 
 
 		 919 aa  716    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>