More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3028 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010511  M446_2348  cytochrome c oxidase, subunit I  60.07 
 
 		 542 aa  645    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.056683  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3458  cytochrome c oxidase, subunit I  61.67 
 
 		 542 aa  652    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0261  cytochrome c oxidase, subunit I  59.71 
 
 		 542 aa  642    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.043486  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1041  cytochrome c oxidase subunit I  64.74 
 
 		 559 aa  666    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.286412  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3586  cytochrome c oxidase, subunit I  61.3 
 
 		 542 aa  648    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.962782  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2383  cytochrome c oxidase subunit 1  79.71 
 
 		 558 aa  893    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0527  cytochrome-c oxidase  78.01 
 
 		 566 aa  899    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.164942  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0729  cytochrome c oxidase, subunit I  60.95 
 
 		 555 aa  661    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.484854  normal  0.0785351 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0032  cytochrome c oxidase, subunit I  62.11 
 
 		 542 aa  654    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.616804 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1877  cytochrome c oxidase, aa3 type, subunit I  77.84 
 
 		 566 aa  898    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3262  cytochrome c oxidase, subunit I  61.3 
 
 		 542 aa  648    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.128586 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0519  cytochrome c oxidase subunit I type  63.28 
 
 		 562 aa  639    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1250  cytochrome-c oxidase  75.52 
 
 		 628 aa  746    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.390629  normal  0.863457 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0664  cytochrome-c oxidase  78.01 
 
 		 566 aa  900    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.182209  normal  0.0365903 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0643  cytochrome c oxidase, subunit I  63.94 
 
 		 567 aa  653    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.365928 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4647  cytochrome c oxidase subunit I type  62.15 
 
 		 540 aa  636    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.608702  normal  0.13111 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2291  cytochrome-c oxidase  77.29 
 
 		 552 aa  891    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.40554  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_2166  cytochrome-c oxidase  59.26 
 
 		 532 aa  647    Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.655768  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1238  cytochrome c oxidase, subunit I  61.83 
 
 		 554 aa  651    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.28366 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1938  cytochrome-c oxidase  91.94 
 
 		 558 aa  1046    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.652657  normal  0.0264724 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3028  cytochrome-c oxidase  100 
 
 		 556 aa  1130    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0603  cytochrome c oxidase, subunit I  63.75 
 
 		 565 aa  652    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0900  cytochrome c oxidase, subunit I  62.08 
 
 		 541 aa  632  1e-180  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.0552276  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0474  cytochrome c oxidase, subunit I  62.83 
 
 		 552 aa  633  1e-180  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.186567  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0670  cytochrome c oxidase subunit I type  62.71 
 
 		 535 aa  633  1e-180  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.154602  normal  0.969161 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0914  cytochrome-c oxidase  60.96 
 
 		 562 aa  630  1e-179  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  decreased coverage  0.00560774  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_1404  cytochrome-c oxidase  61.91 
 
 		 556 aa  628  1e-179  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.29775  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0582  cytochrome c oxidase subunit I type  63.01 
 
 		 552 aa  624  1e-178  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  unclonable  0.000068814  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4788  cytochrome-c oxidase  61.32 
 
 		 540 aa  623  1e-177  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3643  cytochrome-c oxidase  61.84 
 
 		 534 aa  622  1e-177  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4505  cytochrome c oxidase, subunit I  61.64 
 
 		 555 aa  624  1e-177  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.651872 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3876  cytochrome c oxidase, subunit I  60 
 
 		 562 aa  620  1e-176  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.112326  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0742  cytochrome c oxidase, subunit I  61.54 
 
 		 550 aa  619  1e-176  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0108973  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR0468  cytochrome c oxidase, subunit I  63.01 
 
 		 552 aa  616  1e-175  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4587  cytochrome-c oxidase  60.57 
 
 		 541 aa  615  1e-175  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0148874  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2233  cytochrome-c oxidase  60.49 
 
 		 544 aa  615  1e-175  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.321922  hitchhiker  0.00969902 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0829  cytochrome c oxidase, subunit I  60.11 
 
 		 537 aa  613  9.999999999999999e-175  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.12188  normal  0.348177 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0224  cytochrome c oxidase, subunit I  61.09 
 
 		 539 aa  608  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0762  cytochrome c oxidase, subunit I  61.09 
 
 		 539 aa  608  1e-173  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.73829  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0815  cytochrome-c oxidase  60.57 
 
 		 541 aa  607  9.999999999999999e-173  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0856305  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0256  cytochrome-c oxidase  60.71 
 
 		 537 aa  601  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.262463  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3462  cytochrome-c oxidase  60.71 
 
 		 537 aa  601  1e-170  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007799  ECH_1003  cytochrome c oxidase, subunit I  56.27 
 
 		 518 aa  595  1e-169  Ehrlichia chaffeensis str. Arkansas  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002978  WD0301  cytochrome c oxidase, subunit I  56.71 
 
 		 516 aa  591  1e-168  Wolbachia endosymbiont of Drosophila melanogaster  Bacteria  normal  0.249737  n/a   
 
 
-
 
NC_007354  Ecaj_0810  cytochrome-c oxidase  55.17 
 
 		 518 aa  578  1.0000000000000001e-163  Ehrlichia canis str. Jake  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0622  cytochrome c oxidase, subunit I  53.01 
 
 		 519 aa  566  1e-160  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  hitchhiker  0.0000132617  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3819  cytochrome c oxidase, subunit I  53.03 
 
 		 544 aa  540  9.999999999999999e-153  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.247666 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0311  cytochrome c oxidase, subunit I  51.81 
 
 		 535 aa  540  9.999999999999999e-153  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1094 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0326  cytochrome c oxidase subunit I  52.18 
 
 		 526 aa  535  1e-151  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.283481  normal  0.0134906 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2850  cytochrome c oxidase, subunit I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0880  cytochrome c oxidase, subunit I  53.02 
 
 		 541 aa  533  1e-150  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0363  cytochrome C oxidase polypeptide I  52.59 
 
 		 534 aa  532  1e-150  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2859  cytochrome c oxidase, subunit I  52.17 
 
 		 544 aa  533  1e-150  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.605233  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3196  cytochrome c oxidase, subunit I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3536  cytochrome-c oxidase  52.55 
 
 		 544 aa  534  1e-150  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0238  cytochrome c oxidase, subunit I  52.22 
 
 		 534 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0213097 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0508  cytochrome c oxidase, subunit I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0673  cytochrome c oxidase polypeptide I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0425547  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1423  cytochrome c oxidase, subunit I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0490  cytochrome c oxidase, subunit I  52.11 
 
 		 535 aa  531  1e-150  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.428765  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0181  cytochrome c oxidase subunit I  51.52 
 
 		 530 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0219  cytochrome c oxidase, subunit I  52.22 
 
 		 534 aa  532  1e-150  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.886427 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0294  cytochrome-c oxidase  50.92 
 
 		 526 aa  533  1e-150  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  decreased coverage  0.00647712  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04020  cytochrome c oxidase, subunit I  51.57 
 
 		 534 aa  535  1e-150  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_01300  cytochrome c oxidase, subunit I  51.7 
 
 		 530 aa  532  1e-150  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.324911  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4391  cytochrome c oxidase, subunit I  52.17 
 
 		 543 aa  530  1e-149  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0879  cytochrome-c oxidase  52.35 
 
 		 544 aa  529  1e-149  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3180  cytochrome-c oxidase  52.92 
 
 		 539 aa  531  1e-149  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.462772  normal  0.644585 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3906  cytochrome-c oxidase  51.8 
 
 		 547 aa  530  1e-149  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.701239  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1939  cytochrome-c oxidase  50.47 
 
 		 543 aa  529  1e-149  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.0346979  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1776  cytochrome-c oxidase  53.51 
 
 		 529 aa  530  1e-149  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.142128  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0427  cytochrome c oxidase, subunit I  51.74 
 
 		 535 aa  530  1e-149  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1246  cytochrome-c oxidase  52.16 
 
 		 544 aa  528  1e-149  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.871742  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0169  cytochrome c oxidase, subunit I  51.93 
 
 		 535 aa  529  1e-149  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.98257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0457  cytochrome c oxidase, subunit I  51.55 
 
 		 535 aa  526  1e-148  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6175  cytochrome-c oxidase  52.16 
 
 		 535 aa  527  1e-148  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0120  cytochrome c oxidase, subunit I  50.95 
 
 		 529 aa  525  1e-148  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0184  cytochrome-c oxidase  53.51 
 
 		 526 aa  525  1e-148  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.169622  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1381  cytochrome-c oxidase  51.8 
 
 		 543 aa  527  1e-148  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.442131  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1681  cytochrome-c oxidase  51.89 
 
 		 539 aa  528  1e-148  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.793322  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0143  cytochrome-c oxidase  51.7 
 
 		 527 aa  526  1e-148  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0277  cytochrome c oxidase, subunit I  51.47 
 
 		 537 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2857  cytochrome c oxidase, subunit I  52.35 
 
 		 535 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.978045  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0118  cytochrome c oxidase, subunit I  51.14 
 
 		 529 aa  526  1e-148  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0122351 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2901  cytochrome-c oxidase  52.35 
 
 		 535 aa  526  1e-148  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2763  cytochrome c oxidase, subunit I  52.53 
 
 		 535 aa  528  1e-148  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.281014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2846  cytochrome-c oxidase  52.35 
 
 		 535 aa  526  1e-148  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.591708  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0104  cytochrome c oxidase, subunit I  50.76 
 
 		 529 aa  525  1e-147  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0543399  normal  0.340951 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0123  cytochrome c oxidase, subunit I  50.76 
 
 		 529 aa  524  1e-147  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1593  cytochrome c oxidase polypeptide I  50.18 
 
 		 531 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.195458  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0078  cytochrome-c oxidase  50.95 
 
 		 530 aa  523  1e-147  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0262  cytochrome c oxidase subunit I  53.03 
 
 		 536 aa  524  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3557  cytochrome-c oxidase  51.51 
 
 		 569 aa  524  1e-147  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0159482  normal  0.969865 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2232  cytochrome-c oxidase  52.16 
 
 		 535 aa  525  1e-147  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0137  cytochrome c oxidase, subunit I  50.18 
 
 		 531 aa  524  1e-147  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1644  cytochrome c oxidase, subunit I  50.47 
 
 		 535 aa  523  1e-147  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.336541  normal  0.908171 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1675  cytochrome c oxidase, subunit I  51.52 
 
 		 556 aa  525  1e-147  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01010  cytochrome c oxidase, subunit I  50.76 
 
 		 530 aa  520  1e-146  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.113343  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0112  cytochrome c oxidase, subunit I  50 
 
 		 524 aa  521  1e-146  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0037  cytochrome-c oxidase  51.23 
 
 		 516 aa  519  1e-146  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.857978 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>