More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2978 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008687  Pden_2978  putative FecR  100 
 
 
328 aa  644    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.651501  normal  0.224886 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2050  FecR, iron siderophore sensor protein  36.48 
 
 
329 aa  162  8.000000000000001e-39  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2775  anti-FecI sigma factor, FecR  34.71 
 
 
314 aa  143  4e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3602  putative FecR  36.02 
 
 
320 aa  142  7e-33  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.225931 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0724  FecR protein  31.6 
 
 
330 aa  138  1e-31  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.533854  normal  0.985224 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0700  anti-FecI sigma factor, FecR  32.4 
 
 
309 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.747207  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2778  anti-FecI sigma factor, FecR  31.6 
 
 
320 aa  128  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45010  Anti-sigma factor, FecR-like protein  31.53 
 
 
311 aa  127  3e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3700  anti-FecI sigma factor, FecR  32.59 
 
 
321 aa  122  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.176614  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4534  putative FecR  36.58 
 
 
316 aa  121  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.375141 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0895  FecR protein  31.72 
 
 
320 aa  119  6e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.281234  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1339  FecR protein  31.03 
 
 
319 aa  119  9e-26  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3797  putative FecR  32.59 
 
 
319 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.253699  normal  0.359505 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0936  putative FecR  28.44 
 
 
350 aa  114  2.0000000000000002e-24  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2297  FecR protein  31.87 
 
 
327 aa  114  3e-24  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.703309 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1439  putative FecR  32.93 
 
 
328 aa  113  5e-24  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3044  FecR protein  29.38 
 
 
318 aa  111  2.0000000000000002e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.801975  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1969  FecR protein  31.58 
 
 
377 aa  108  1e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.729282  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5130  putative FecR  32.01 
 
 
318 aa  107  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.293737  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0758  anti-FecI sigma factor, FecR  32.61 
 
 
315 aa  107  3e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.845455  normal 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5954  anti-FecI sigma factor, FecR  32.14 
 
 
315 aa  107  3e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0140157 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3758  FecR protein  29.84 
 
 
324 aa  107  4e-22  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.0320078 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1521  putative FecR  28.44 
 
 
336 aa  106  6e-22  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011981  Avi_7284  two component sensor kinase  31.56 
 
 
319 aa  105  7e-22  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2066  anti-FecI sigma factor, FecR  32.93 
 
 
324 aa  105  9e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1204  regulatory protein, putative  27.64 
 
 
320 aa  105  1e-21  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5188  putative FecR  31.63 
 
 
323 aa  104  2e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.639422  normal  0.488195 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4509  putative FecR  31.94 
 
 
338 aa  103  3e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_4193  anti-FecI sigma factor, FecR  29.48 
 
 
329 aa  103  3e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.980346  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2736  putative FecR  28.4 
 
 
326 aa  103  4e-21  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000117212 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4000  FecR-like transmembrane sensor, Fe2+-dicitrate sensor  29.78 
 
 
314 aa  102  8e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0775508  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3281  anti-FecI sigma factor, FecR  31.85 
 
 
307 aa  102  8e-21  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.911043  normal  0.795886 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_06170  putative transmembrane sensor  30.59 
 
 
323 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.202236  normal  0.0195078 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_13450  putative transmembrane sensor  30.75 
 
 
317 aa  102  9e-21  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.315618  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_01110  Anti-sigma factor, FecR family  32.39 
 
 
313 aa  102  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_03880  Anti-sigma factor protein, FecR family  31.44 
 
 
335 aa  100  3e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.936876  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1205  putative transmembrane sensor  30.7 
 
 
317 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.95753  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2780  anti-FecI sigma factor, FecR  31.15 
 
 
320 aa  100  3e-20  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.603267  normal  0.262675 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20000  putative transmembrane sensor  33.33 
 
 
328 aa  100  3e-20  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.145957  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02746  putative regulatory protein  28.65 
 
 
351 aa  100  4e-20  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0896  anti-FecI sigma factor, FecR  29.93 
 
 
320 aa  100  5e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.823331  normal  0.189227 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1733  FecR protein  30.12 
 
 
319 aa  98.6  1e-19  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.204897 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3269  anti-FecI sigma factor, FecR  31.75 
 
 
336 aa  98.6  1e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.349605  hitchhiker  0.00253082 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0786  putative FecR  28.21 
 
 
383 aa  98.6  1e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.0948035  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4053  anti-FecI sigma factor, FecR  29.21 
 
 
324 aa  99  1e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0884  putative FecR  38.43 
 
 
318 aa  97.8  2e-19  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2017  anti-FecI sigma factor, FecR  29.85 
 
 
345 aa  97.4  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.764723 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0866  anti-FecI sigma factor, FecR  29.87 
 
 
328 aa  97.1  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4851  anti-FecI sigma factor, FecR  28.71 
 
 
318 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0701  anti-FecI sigma factor, FecR  26.25 
 
 
359 aa  97.4  3e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.00519502  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4312  anti-FecI sigma factor, FecR  30.23 
 
 
320 aa  96.3  6e-19  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.0130371 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1078  anti-FecI sigma factor, FecR  30.67 
 
 
339 aa  96.3  7e-19  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.235288 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3665  anti-FecI sigma factor, FecR  30.75 
 
 
311 aa  95.9  9e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.234972 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4014  anti-FecI sigma factor, FecR  32.59 
 
 
320 aa  95.5  1e-18  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.284425 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0379  anti-FecI sigma factor, FecR  29.77 
 
 
318 aa  95.5  1e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.45013  normal  0.45289 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1007  anti-FecI sigma factor, FecR  32.55 
 
 
351 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.737355  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1006  anti-FecI sigma factor, FecR  32.89 
 
 
320 aa  95.1  2e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4400  putative FecR  31.1 
 
 
350 aa  94  3e-18  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.0568232  normal  0.23003 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3477  fec operon regulator FecR  29.07 
 
 
320 aa  94  3e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1718  putative transmembrane sensor  32.48 
 
 
329 aa  94  3e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0657  FecR protein  30.27 
 
 
337 aa  93.2  5e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0577  putative transmembrane sensor  29.7 
 
 
323 aa  92.8  6e-18  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2817  putative regulatory protein  26.58 
 
 
373 aa  92.8  8e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  decreased coverage  0.00787345  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0910  anti-FecI sigma factor, FecR  28.62 
 
 
320 aa  92.4  8e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.0697892 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1586  anti-FecI sigma factor, FecR  30.98 
 
 
311 aa  92.4  9e-18  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.546792  normal  0.198446 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4217  anti-FecI sigma factor, FecR  33.33 
 
 
320 aa  92  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5894  anti-FecI sigma factor, FecR  29.62 
 
 
353 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3275  anti-FecI sigma factor, FecR  28.93 
 
 
327 aa  92  1e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0559044 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2396  putative FecR  30.98 
 
 
331 aa  92  1e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0170576  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4480  anti-FecI sigma factor, FecR  30.35 
 
 
318 aa  91.7  1e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.876181  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4073  anti-FecI sigma factor, FecR  30.89 
 
 
313 aa  91.7  2e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal  0.749827 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1050  putative FecR  31.01 
 
 
318 aa  91.3  2e-17  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5891  anti-FecI sigma factor, FecR  31.27 
 
 
327 aa  90.5  3e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.914486 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_47390  putative transmembrane sensor  28.81 
 
 
327 aa  90.9  3e-17  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00116285  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4378  putative FecR  32.88 
 
 
321 aa  90.1  4e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.620498  normal  0.854602 
 
 
-
 
NC_009040  Rsph17029_4120  putative FecR  33.23 
 
 
324 aa  90.5  4e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0605  anti-FecI sigma factor, FecR  27.81 
 
 
325 aa  89.7  6e-17  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3080  FecR protein  31.83 
 
 
317 aa  89.7  6e-17  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0737  anti-FecI sigma factor, FecR  29.02 
 
 
318 aa  89.7  6e-17  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5452  putative FecR  30.18 
 
 
321 aa  89.4  7e-17  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4612  FecR protein, putative  29.28 
 
 
308 aa  89.4  9e-17  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009008  RSP_4274  FecR protein  36.45 
 
 
324 aa  89.4  9e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1977  putative FecR  29.65 
 
 
334 aa  88.6  1e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.28422  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32720  transmembrane sensor  28.88 
 
 
328 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000433484 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0377  anti-FecI sigma factor, FecR  28.44 
 
 
318 aa  88.6  1e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.435624  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39810  putative transmembrane sensor  31.06 
 
 
316 aa  87.8  2e-16  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0179  anti-FecI sigma factor, FecR  26.06 
 
 
318 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.424869  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0996  anti-FecI sigma factor, FecR  28.23 
 
 
315 aa  87.8  3e-16  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0746  anti-FecI sigma factor, FecR  31.1 
 
 
314 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3359  anti-FecI sigma factor, FecR  29.06 
 
 
327 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.643029  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1044  anti-FecI sigma factor, FecR  32.21 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.645854  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2680  putative FecR  29.6 
 
 
320 aa  87.4  3e-16  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4232  anti-FecI sigma factor, FecR  27.1 
 
 
329 aa  87  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4160  anti-FecI sigma factor, FecR  27.73 
 
 
329 aa  87  4e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0668  transmembrane sensor, putative  30.23 
 
 
321 aa  86.7  5e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_47180  Anti-sigma factor, FecR family  28.21 
 
 
313 aa  86.7  5e-16  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.735537  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0351  anti-FecI sigma factor, FecR  27.36 
 
 
318 aa  86.3  6e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.547847  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4751  anti-FecI sigma factor, FecR  31.52 
 
 
344 aa  86.3  6e-16  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.152327  normal  0.56762 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3323  anti-FecI sigma factor, FecR  30.56 
 
 
315 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3125  putative FecR  30.65 
 
 
315 aa  86.3  7e-16  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.25811 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>