36 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2880 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_2880  hypothetical protein  100 
 
 		 113 aa  226  1e-58  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.737806  normal  0.211367 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2595  ATP synthase F0, subunit I  55 
 
 		 113 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00463887 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0766  ATP synthase F0, subunit I  54.95 
 
 		 120 aa  99.4  2e-20  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3031  ATP synthase F0  48.57 
 
 		 110 aa  94.4  5e-19  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.285856 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0189  hypothetical protein  48.39 
 
 		 111 aa  91.7  3e-18  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_1039  FoF1 ATP synthase, subunit I  46.67 
 
 		 111 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2700  FoF1 ATP synthase, subunit I  46.67 
 
 		 111 aa  89.4  2e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.571975  normal  0.0892291 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1980  FoF1 ATP synthase, subunit I  34.86 
 
 		 127 aa  57.8  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.596839  normal  0.0599038 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6943  hypothetical protein  38.24 
 
 		 125 aa  57.4  0.00000006  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0327018 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7656  hypothetical protein  38.83 
 
 		 126 aa  56.2  0.0000001  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.120785  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0446  putative FOF1 ATP synthase, subunit I transmembrane protein  33.64 
 
 		 119 aa  53.9  0.0000006  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.912309  normal  0.120038 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_0499  ATP sythase I  33.71 
 
 		 132 aa  53.5  0.0000008  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.417293  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0698  hypothetical protein  43.64 
 
 		 141 aa  53.5  0.0000009  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4570  FoF1 ATP synthase, subunit I  30.71 
 
 		 128 aa  52.8  0.000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0695  hypothetical protein  35.51 
 
 		 143 aa  52.4  0.000002  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0239  FoF1 ATP synthase, subunit I  38.38 
 
 		 127 aa  52  0.000003  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3673  hypothetical protein  33.98 
 
 		 111 aa  52  0.000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.000000387976  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0270  FoF1 ATP synthase, subunit I  33.33 
 
 		 127 aa  51.2  0.000004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0831  FoF1 ATP synthase, subunit I  33.07 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.101619 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0915  FoF1 ATP synthase, subunit I  29.13 
 
 		 128 aa  50.1  0.00001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.668534  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1894  putative ATP synthase  28.04 
 
 		 108 aa  49.3  0.00002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  0.0232779 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0715  hypothetical protein  31.13 
 
 		 124 aa  48.5  0.00003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.631945  normal  0.508769 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0511  ATP synthase protein, subunit I  30.48 
 
 		 110 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.277873  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3247  hypothetical protein  41.27 
 
 		 123 aa  47.8  0.00005  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2797  ATP synthase protein I  32.35 
 
 		 87 aa  47.4  0.00007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.0200156  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4482  hypothetical protein  31.91 
 
 		 106 aa  45.8  0.0002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.597175 
 
 
-
 
NC_004310  BR0381  ATP sythase protein I, putative  33.71 
 
 		 132 aa  45.4  0.0002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_0928  ATP synthase subunit I  26.42 
 
 		 115 aa  45.1  0.0003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.826917  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0553  ATP synthase protein, subunit I  28.3 
 
 		 112 aa  44.7  0.0004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3500  hypothetical protein  31.18 
 
 		 122 aa  45.1  0.0004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2089  ATP synthase protein I  36.92 
 
 		 101 aa  44.3  0.0005  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0218096  normal  0.87278 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3176  hypothetical protein  31.18 
 
 		 122 aa  44.7  0.0005  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.984172  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0393  putative ATP sythase protein I  33.71 
 
 		 132 aa  44.7  0.0005  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3371  conserved hypothetical proteinn  29.79 
 
 		 121 aa  43.9  0.0008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0949448  normal  0.745909 
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_2252  hypothetical protein  38.18 
 
 		 118 aa  43.1  0.001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  hitchhiker  0.00019318  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0744  hypothetical protein  29.47 
 
 		 123 aa  42  0.003  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.32586  normal  0.360588 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>